六月初二，迎崇焕登岛，束江将官行礼毕。袁崇焕各赏银一两，米一石，布一匹。入席，文龙健儿，带刀环侍绕，崇焕叱退。舆文龙密语’，三更辞去。
六月初三，文龙设宴，迎崇焕。袁崇便服登岛，又密语至晚。文龙有傲慢色，意悒悒不乐。当晚，崇焕传副将汪翥密谈，二更方出。
六月初四，袁崇焕颁东江三千五百七十五员名赏，军官每员自三两至五两，士兵每名一钱。并将饷银十万两发于东江。袁崇焕传徐旗鼓王副将谢叁将商谈。随后要命令，今后旅顺以东公文用印，以西用袁崇焕印。又命令制定东江营制，同时命令准备收复镇江旅顺。均不同意。
六月初五，袁崇焕传东江各兵登岸，较射给赏。问“袁崇焕何日行?”。袁崇焕云：“宁远重地，来日行。今邀贵镇岛山盘桓，观兵角射。”又说：“来日不能踵拜，国家海外重寄，合受余一拜。”交拜毕，登岛山。谢叁将暗传合营兵，四面密布，将文龙于随行官百余员，绕围内，兵丁截营外。袁崇焕询问随行各官姓名，俱曰姓毛。曰：“俱是敞户小孙。”袁崇焕曰：“岂有俱姓毛之理?似尔等如此好汉，人人可用。我宁前官兵，俸粮多于尔等，倘然不能深(饱)暖。尔等海外劳苦，每月领米一斛，且家人分食此米，言之可为痛心。尔等亦受我一拜，为国家出力，此后不愁无饷。”各官垂泣叩首。
随后对文龙说：“余节制四镇，严海禁者，恐天津莱登，受心腹之患。今设东江饷部，钱粮由宁远运来，亦无不便。昨与贵镇相商，必欲取道登莱，又议移镇，定营制，分旅顺东西节制，并设道厅，稽兵马钱粮，俱不见允。岂国家费许多钱粮，终置无用?余披沥肝胆，讲至三日。望尔回头是岸，谁知尔狠子野心，欺诳到底，目中无我犹可，圣夫子英武天纵，国法岂能相容?”说完，向西请命，缚，去冠裳。尚倔强，不肯就擒。袁崇焕又说：“尔疑我为书生，不知我乃朝廷一员大将。尔欺君罔上，冒兵克饷，屠戮辽民，残破高丽，扰登莱，害客商，掠民，变人姓名，淫人子女，尔罪岂不应死?今日杀，我若不能恢复辽东，愿领尚方以谢尔。”
随后对东江各官说：“如此罪恶，尔等以为应杀不应杀?若我屈杀文龙，尔等就来杀我”。来官俱相对失色，叩首哀告。语塞，但云文龙应死，叩首乞生。袁崇焕说：“尔不知国法久了，若不杀尔。东江一块土，以非皇上有也。”请尚方剑，合水营都司赵不歧，何麟图监斩，令旗牌官张国柄执尚方剑斩首级于帐前。又令将首级，备好棺木安葬。围外兵丁汹汹，见袁崇焕兵严整，不敢犯。
崇焕又谕东江各官云：”今日斩文龙一人，以安海外兵民，乃杀人安人，尔等照旧供职，复原姓，为国报効，罪不及尔。“
又分东江兵二万八千为四协,用文龙子承祚管一协，用旗鼓徐敷奏管一协。其余二协，东江各官举游击刘兴祚，副将陈继盛二员分管。又将带来饷银十万，分给各岛官民,令冯旗鼓，往旅顺宣抚。又令将将剑，东江事权，让陈继盛代管。谕毕,离岛登舟,发牌晓谕，安抚各岛军民。又檄承祚偿所欠各商银两。又发四协扎副，又差官查岛中寃狱，并抢来各商船只。俱即发商人洪秀等。
六月初六，被祭礼，到文龙棺前拜祭。云“昨日斩尔，乃朝廷大法，今日祭尔，乃我辈私情”。遂下泪，各将官俱下泪戚叹。
六月初九，往旅顺，官军迎，宣谶毕，扬帆以归。
崇祯虽然不满袁崇焕先斩后奏杀死，但由于曾经两次带兵到山东抢掠钱粮，狂言“牧马登州，取南京如反掌”，劣迹斑斑，又在给皇太极的书信中说：“汗凡有旨来，我皆领受，无不遵行”，“尔取山海关，我取山东，若从两面夹攻，则大事可定矣”，“尔牵兵前来，我为内应，如此则取之易如反掌”，已经有投敌的趋势，崇祯自己也对早有不满，认为“通夷有迹”，故而对之死甚喜，对袁督师斩嘉谕倍至。
据《明季北略》记载：“辽民苦虐于北，时欲窜归中朝，归路甚艰，百计疾走，数日方抵关，文龙必掩杀之，以充虏报功，是其大恶。又骄恣，所上事多浮举，索饷又过多，朝论多疑而厌之，以方握重兵，又居海岛中，莫能难也。崇焕初斩文龙，上甚喜，嘉谕倍至。”
明末时事小说《镇海春秋》则把袁崇焕杀说成是袁崇焕与后金议和的条件之一，并被当时的一些史书传抄，但在袁崇焕与后金往来的书信中并没有与此相关的内容。
史学大家孟森认为：
“东江之兵，始以朝廷无的饷而借口通商，以违禁物与敌为市，敌乃大得其助，而崇焕治兵，请管东江之饷，而文龙拒之，以与敌通市为利，又不欲以领饷而暴露其兵额也。崇焕斩文龙，编制其兵，核实其饷，东江正可有为，乃身即被戮，毛兵亦无所依赖，自相屠杀，相率降清。论者又以此为崇焕之罪，不以为杀
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