台湾实行班兵制，大部分军队都是从大陆遣戍而来，只有少部分是当地人，叶枫以抽调精锐整训的名义，将其中的当地人和部分大陆士兵组成一个五百人的新营进行训练，并新募士兵五百人，与原本的护卫队组成新军，共计四个新营，两千余人。新营以外其它军队的任务是进行治安和巡查，也不指望他们有多大的战斗力。
本来这些军队的定位就是对内防范盗匪，叶枫则彻底让他们变成防盗队，至于当地的匪患，以兵备道名义进行招抚，不肯就范地，调用新军在练兵地过程中予以征剿，在平灭匪患的同时，也锻炼军队，起到实战作用。
孔昭慈被叶枫气得昏迷，醒来后长途跋涉回到府治，病情更加眼中，他向福建巡抚、闽浙总督处报告叶枫地情况，正逢石达开从浙江撤军，猛攻福建，自然无暇处理这样的事情。
孔昭慈在病榻上等待消息，没想到等来的却得到了朝廷的申斥，说他身为台湾兵备道不知掌兵，导致美**队登陆鸡笼，差点害死上差性命，罢免他台湾知府，回家思过，同时任命叶枫兼台湾知府，从此，叶枫集台湾军政大权于一身，全面开启台湾岛的垦殖和开发，实现自己计划的第一步。
七月中旬，福建方面传来消息，清廷终于起复曾国藩，与此同时，福建前线的战事也突然安静下来，李世贤停止了对福建的攻击。
随即，华尔那边也和石达开联系上，据华尔送回的信件，石达开正在从浙江撤军，似有退往福建的迹象。
华尔向石达开转送了叶枫的信函，叶枫在信中主要是向石达开提出三个问题：首先根据地问题，叶枫认为石达开的军队要逐步发展壮大，必须建立自己的根据地，辎重和士兵才能有保证，而不能像流寇一样，打一把就走。
其次是和天朝的关系，石达开在与洪秀全分裂以后，并没有公开表明独立的态度，还是奉太平天国的旗号和官爵，叶枫认为，这会弱化他对军队的控制力，如果军事行动一旦不顺，很可能分崩离析。
第三是双方合作的可能性，叶枫表达了自己对中国未来的展望和政治态度，旧朝必须推翻，但不是由太平天国某个人当皇帝，而是建立一个新式的共和国家，“在国家处于内忧外患的情况下，当团结一切可以团结的力量，打倒主要的敌人，建立新式政权，复兴中华，而不是重复一家一姓之天下，兴亡盛衰之轮回”，如果石达开能够认同，双方可以展开合作，叶枫将帮助石达开攻取福建，建立根据地。
在石达开的回信中，叶枫惊讶地发现，自己提出的前面两个问题，石达开早已经认识到，他说“余攻闽浙，本欲建闽浙根据地，期与天京连成一片，夹攻江南大营，奈何成为空谈。今将取福建，君若能相助，当亲往台岛共商大计。”
对于第二个问题，石达开不愿意公开与天朝分裂，一是这样做会伤了手下老太平军战士的感情，他自己不到万不得已，也不愿意这样做；另外，他还担心自己这样做了，会成为很不好的先例，损害天国大业，但是他对于叶枫提出的一些治理主张，表现出很浓厚的兴趣，“当勉力一试”。
石达开在征战安徽、江西的时候，就比较注重占领区的建设，颇有些成效，曾国藩等人说石达开是收买人心，便证明石达开是做了些得人心的事情，他来信所表达的态度也深得叶枫赞赏。
是该行动的时候了！。
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