再一点是他不善于用人之长。世上没有全才，军事将领也是这样。用将之道也要扬长避短，这样才能多打胜仗。而诸葛亮明知这个浅显道理，却难做到这点。
最典型的例子是就是对待马谡和魏延。刘备曾对诸葛亮有过专门交待：“马谡言过其实，不可大用，君其察之!”可是诸葛亮听了当耳旁风，“犹谓不然，以谡为参军，每引见谈论，自昼达夜”。(引见《三国志·蜀志·马良传附谡传》)。以为马谡可当大任，让他守卫街亭，败得一塌糊涂。诸葛亮只好挥泪斩杀，承认有失先帝知人之明。实事求是地说，马谡也是杰出人才，他是战略家，而非领兵打仗的将领。诸葛亮南征，马谡提出了“攻心为上，攻城为下”的策略，获得了巨大成功。
又比如魏延，是刘备通过战场严酷考验，亲自提拔起来的将才，对于领兵打仗很有经验。刘备迁治成都，需要有位大将镇守汉川，众人以为必是张飞，张飞也以心自许。谁知刘备任命魏延“为督汉中镇远将军，领汉中太守”，众人无不吃惊。可见魏延在刘备心目中的位置。可是到了诸葛亮时期，“延每随亮出，辄欲请兵万人，……亮制而不许。延常谓亮为怯，叹恨己才用之不尽。”诸葛亮自己短于奇略，放着有奇略的人不用，打了这么多败仗也就不奇怪了。
摆不正自己的位置，对部属放松批评教育
诸葛亮身为丞相，总理全国各方面政务，应办好丞相应该办的事情。但他事必躬亲，不分巨细，连公文校簿都要自己校对，对别人总是不信任。蒋琬、费礻韦都是他看重的人才，诸葛亮对他俩也不放心，从未让蒋、费负责一个区域或一支军队的全面工作。他本人也以为统一天下的工作舍我其谁，因而连续五次率军北伐，不辞劳瘁，万事包揽，部下积极性难以发挥，造成从上到下的迷信和普遍依赖心理，每个步骤都要依靠丞相的所谓“锦囊”妙计，而且不能提前打开，只能临时抱抱佛脚。像这样的军队，怎能有机动灵活性可言?怎能随机处置问题?这种教条主义者指挥的军队，怎能不打败仗呢?
诸葛亮向以赏罚严明著称，可是他也区别对象，并不是对谁都严格要求。像对刘备的铁哥们儿关羽，就格外迁就姑息，使他愈加骄傲自大，把谁也不放在眼里。马超归汉之后位列“五虎上将”，关羽很不服气，写信给诸葛亮，问马超“人才可谁类比?”对于这种不利于团结的言行，诸葛亮不仅不加批评教育，反而无原则奉承关羽，说马超“当与翼德(张飞)并驱争先，犹未及髯(关羽)之绝伦逸群也!”关羽得了这顶高帽，愈加目中无人，大意失了荆州，造成千古之恨。
还有，诸葛亮无视部属之间的矛盾，明知有碍工作也不管不问。最明显的要算魏延、杨仪这对搭档。他俩一文一武，才能都很出众，可是两人互不买账，闹得不可开交。对此，连东吴的孙权都看得很清楚，预言他俩相处日久必为祸乱。诸葛亮对此睁一只眼，闭一只眼，既不加以调解，又不批评教育。在他死后，杨、魏二人终于火并，魏延被人冤杀，并夷灭三族，杨仪也遭流放。这种自相残杀，比打败仗还要可怕。
关于诸葛亮的败绩及其原因，在学术界引起了争议。有人认为尽管这些败绩是难以否定的历史事实，但要放到当时的客观环境下进行具体分析，诸葛亮是人不是神，要充分考虑各方面的因素，力求作出比较公正的评价。
关于对局势把握的问题。《隆中对》是千古奇策，不论前期后期都没大的问题。三国初期的益州是大有用武之地，荆州是进军基地，两者地位如同鸟之双翼，车之两轮，缺一不可，诸葛亮并未主观地颠倒轻重次序。对策中关于主力出秦川、偏师出宛洛的钳形攻势，是基于荆、益二州的实际情况作出的决策，但是刘备没有很好地落实这一战略方针，加之关羽发生的重大失误，导致《隆中对》后期难以实行。把诸葛亮的整个战略方针放到三国时期特有的战争环境中考察，是蜀汉统一天下所能采取的最佳方案，只是由于在具体环节(如失荆州、失街亭等)上出现了差失，才使整个形势发生逆转，但不能因此说成是战略方面的错误。同时，诸葛亮对于形势的把握和判断也无可指责。对形势判断错误并因感情用事导致惨重失败的是刘备(如东征之役)。诸葛亮屡屡北伐，是为了完成先主之托，且有成功希望，对形势的分析判断是有分寸的。
关于过于谨慎小心，不用奇谋妙计之失。诸葛亮确实事事小心谨慎，从本身原因来说是性格使然。从客观上说，蜀汉国小民少，兵员有限，经不起大的损失，诸葛亮不能不谨慎行事。他不用魏延提出的“子午谷奇谋”，是认为此计太“悬危”了。在此之前，曾发生过孟达掉以轻心而被司马懿所擒之事，使诸葛亮好不容易进行的策反工作付之东流。魏延提出的设想，“悬危”处是过低估计了对手，若是夏侯闭城拒战、以逸待劳，蜀军则必败无疑。诸葛亮明白自己的实力，清楚后勤保障情况，在没有绝对把握的情况下决不冒险。再说，“子午谷奇谋”效果究竟如何，没有经过实践检
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