清廷收到信后，对这份从天而降的大礼，欣喜过望，立即派兵接收德州。六月二十一日，巴哈纳等带领的清军进抵德州。卢世榷、程先贞等人仍准备抵抗，朱师锨亦有心抗清，无奈谢升已与清军密通，不遵从号令，还纵容士绅们反对。闻香教干脆派人暗中活动，威胁坚持抗清的官员和士绅。南明朝廷任命的德州知州等官员，惟恐清兵祸害地方，以免除刀兵之灾为借口，到处游说，力主投降。朱师锨万般无奈，被迫解散起义军，拜表归顺清廷。多尔衮授朱师锨为知州，召谢升入京师，官复原职。
清廷遂改变武力征讨为主的策略，代之以招抚之策，派出文臣武将分赴各地招抚。那些曾经投降大顺的地方官吏，或明或暗地投降大清。部分受过拷掠的士绅，更是成为投降的急先锋。淄博豪绅孙之獬俯首乞降，带头与家人奴仆一起剃发易服，散尽家财，组织民团武装，疯狂镇压抗清义军。清廷得知后，立即将孙之獬招入北京，任命他为礼部右侍郎。清廷招抚甚为顺利，相继占领山东、山西、河南等大部分土地。
却说德州起义的发起人卢世榷、赵继鼎、程先贞，本意是要驱逐大顺军，匡扶大明。可是德州起义的果实竟为大清所摘取，并且带来连锁反应，整个山东地区沦入清廷之手，为大清入主中原奠定了基础。如此结局让他们愤愤不平，却又无可奈何，徒留遗憾。
清军占领德州后，将卢世榷、程先贞等士绅官复原职。但是他们心灰意冷，称病归隐，不问政事。赵继鼎与李氏兄弟耐不住寂寞，应召到大清朝廷做官。见德州起义虎头蛇尾，葛明、戚玉愤然离开德州，沿着运河，向南京赶去。
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