皇帝宠信司礼时，司礼尽夺内阁权力，如刘瑾、魏忠贤时；否则就是权相出现，如严嵩、张居正时。
严嵩、张居正之显赫，还得讨好司礼监，就是明证。
综观有明一代，内阁对宦官之干政，虽亦起过一点制衡作用，如成化年间，由于阁臣一再坚持，汪直主持的西厂一度被撤。
但总的来说，内阁是越来越受制于司礼。内阁为司礼监扼制，以致明代成了宦官为祸最烈的朝代。
内阁不光与司礼监有矛盾关系，与六部的关系也不咋滴，经常互争雄长，矛盾重重。
历代及明初，六部均隶属于丞相，凡事必须秉承宰相的意志，自撤中书省、提高六部品秩后，六部变成直接对皇帝负责，职权完整，而且在内阁之上。
但随着内阁品位的提高，又有票拟权，内阁比六部更接近皇帝，部权便在不同时候、不同程度上为内阁所侵。
但是，内阁毕竟不同于中书省。从制度上说，六部不必听命于内阁，而内阁则“凡百政事，非下部必不可行，不能行”。
于是内阁借位尊势崇而力图控制六部，六部则钻内阁没有法定地位和权力的空子，力图摆脱控制。
因而阁部经常争权，尤其是争夺人事权。
内阁与六部这种职权界限不清，工作上彼此失调，大大影响了明政府的行政效率。
在客观上，则有利于司礼监的擅权乱政。
内阁中矛盾激烈。尤其嘉靖以后，阁臣间的倾轧突出由于阁臣的任用、权力大小、去留，均没有明确规定，又由于首辅与次辅间权力悬殊，在天启以前一直无明确的职责分工。
所以阁臣间争夺权势的斗争激烈，尤其是“嘉靖以来之首辅，莫不由倾轧排挤而得之”，如严嵩拉拢科道弹劾翟銮，使翟被“削籍为氓”。
严嵩与夏言互相排挤，致夏言被弃市。
在阁内的纷争中，阁臣不但各自培植自己的势力，致使明中叶以后的政治日益腐败。
从明代内阁制度的种种特点，可见内阁制度在当时并未能成为与君主专制政体完全适应的辅政制度。
内阁地位的特殊又使它成了矛盾辐辏之所，各种矛盾的发展，无一不是加剧了政治的腐败。
明朝内阁制强化了君主专制制度。
内阁制度随着皇权的高度强化而建立，权利的来源，由君主所授予，对君权的制约作用有限。
事无大小，内阁都要秉承君主的旨意行事，遂成为君主加强专制的工具，因此明代的君主专制比前代尤甚，助长了君主专制。
同时也形成了明代宦官的专权。
明代内阁因缺乏法定的地位和权力，只是政务的辅助机构，通过票拟、修旨来辅政，但大学士的票拟最终要通过皇帝的朱批，而明代的司礼监秉笔太监掌章奏文书，宣宗时大臣章奏除皇帝亲批数本外，皆由司礼监秉笔太监参照内阁的票拟批红。
宣宗以后，人主怠荒，深居内宫，不亲政事，不见大臣，又把太监当作心腹委以重任，朱批便由秉笔太监处理。
司礼监便凌驾于内阁之上，内阁权力仅止于票拟。
无论皇帝亲自掌权或者是假手于司礼监代批，大学士只能承旨办事，由是司礼监便趁机窃柄专权。
明之阁臣即使有理想，有主张者，也必须先勾结宦官不可，否则一切政事都受到宦官阻梗，不能上达皇帝，如张居正为有明一代能臣，其任首辅时亦要密结司礼太监冯保，才能策动当时的政事。
至于阁臣之不肖者，更争相谄媚逄迎宦官，助阉为虐，狼狈为奸，助长宦官的气焰。
综观明代宦官为祸之烈，实与废相后，内阁无实权，加上君主过于宠信宦官，使宦官得以居中用事所使然。
这种三权分立的政治架构还容易演成朋党倾轧。
明之内阁上受君主箝制，内受宦官操纵，阁臣之欲握权柄者，皆不免以不光明之手段得之。
一方面要交结内监；另一方面则又须倾轧同列之大学士，遂演成朋党之祸。
即在明代内阁权任处于最高峰时，阁臣间为争夺首辅地位，往往互相倾轧，愈演愈烈，甚至不惜朋党台谏，依傍宦官，世宗时之严嵩任首辅，威权不可一世，但却为阁僚徐阶所推翻。
张居正在万历元年出任首辅，也是因为内结司礼监冯保，逐高拱得来的。
阁臣倾轧之剧烈皆因明代内阁没有正式的权力，没有合法的地位而引生的流弊。
这种体制还导致政风因循。
明代阁臣绝大多数是由进士而翰林，而拜命入阁，他们大都是十年窗下，久在翰林苑，舞文弄墨之士，并无实际的政治经验，一旦入阁，大都昏庸而无识见，阁臣为保官秩，大都庸庸碌碌，而很少勇于任事，敢作敢为。
由于明代内阁受所处的地位和职权的限制，权力由皇帝授予，而宦官又居中窃柄，阁臣于是只能对皇帝唯唯诺诺，对宦官俯首听命而不敢有违，一辈阁臣都碌碌无能，遂使政风因循腐化。
再至张居正之循名责实，积极有为，却不免被目为越权专政，非议四起，死后更落得削爵抄家的下场。
继之为政者，惩张居正之败，多随俗浮沉以求免祸，唯取媚皇帝以巩固权力，于政事则无所主张，政治遂因
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