金元以来，王重阳创立全真道，将内丹仙学与佛教禅宗相融，以清净孤修功法传道度人。清净孤修之术亦为王乔、赤松之真传，古称行炁之术，它和男女双修的合炁之术本来相互承接，仅是步骤不同，在功理上并无分歧。此术盖由古人受恒温动物（如熊）的冬眠现象启发而来。
清净功夫在“采大药”时有“大死七日”之景，此时人的基础代谢率降到最低点，有如冬眠，仙家称“若要人不死，须是死过人”，认为经此冬眠阶段，便可超脱生死了。另外，内丹家还留心于蛇的蜕皮现象，想通过修炼象节肢动物和爬行动物蜕皮那样脱胎换骨，得道成仙。
因之，清净丹法在得大药时有丹田火炽、两肾汤煎、眼吐金光、耳后生风、脑后鹫鸣、身涌鼻搐等“六根震动”之景，便被视为脱胎换骨的征兆。这种功法能在开发元意识的过程中产生顿悟现象，故不但与禅宗功夫有异曲同工之妙，且可得神炁交媾、性命双修、结胎成丹的效果。
然而自宋代以来，程朱理学在意识形态领域占据主导地位，封建礼教对人民的束缚越来越严，男女双修派的阴阳栽接功夫渐被社会舆论所不容。
这时，清净派的传人日益同阴阳派对立起来，斥男女双修为伤风败俗的邪道，斥阴阳栽接术为舍己求人，并以清净派的功法重新注释了《参同契》和《悟真篇》。
特别是清代以来，全真道中的龙门派极为兴盛，佛教禅宗中的临济宗亦兴旺起来，有“临济、龙门半天下”之说。龙门派为王重阳之徒邱处机所创，他十九岁出家，二十六岁从王重阳、马丹阳学道，年正少壮，不必象老年人那样靠阴阳栽接搭桥铺路，完全靠孤修自证的清净丹法成道。
而后伍冲虚和柳华阳开伍柳派丹法，着《天仙正理直论》、《仙佛合宗语录》、《金仙证论》、《慧命经》，为合会禅宗的清净功夫，在社会上流传甚广，遂使清净孤修派的丹法在社会舆论上压倒阴阳双修派，成为内丹仙学的主流派。清净派亦奉《参同契》、《悟真篇》为祖经，但给以清净功法的解释，同时对《入药镜》、《无根树词》、《敲爻歌》等丹经也重新作了解释。
这些丹经，例如《入药镜》，在明代收入《道藏》时作了删节，再加上许多年来各派丹家都以自己的观点注释这些书，使现在局外人很少能知道这些丹经的真面目了。
然而，清净功法不用彼家外鼎，不靠金钱权势，亦有其独到之处。清净丹法牢牢抓住“人能常清净，天地悉皆归”之旨，以“静极则阳生”为成功关键，以“回光返照”为宗门真诀，直至神归气复，三花聚顶，五气朝元，亦非等闲之辈所能修得！[bookid=2871585,bookname=《灵时代》]
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