而湘系大员因鲍超并非曾国藩嫡系，不但不为其开脱，反而迎合李鸿章落井下石。曾国荃奏称接战捻军为南北两队，北强南弱，而贸然出战之淮军敌北，霆军敌南故战绩不同。
鲍超哪受得了这个忧愤成疾，执意告退所部三十二营以遣散了之。霆军重要将领唐仁廉挑其精壮，由李鸿章“酌立营制，重整规模”，立仁字营，成为淮军的一支，从而削弱了湘军增强了淮军的实力。
三月东捻军又在蕲水歼灭湘军彭毓橘所部，阵斩彭毓橘，至此曾国荃新湘军主力全部覆没。这一阶段李鸿章实行的主要是陆路蹙围，但并未能有效地扼制住捻军的流动。
同时，他也成功的将配合作战之湘军瓦解，淮军一家独大引来不少湘军大佬不满和眼红，为以后的湘淮之争埋下伏笔。
第二阶段从16年6月至16年1月部署实施运河、胶莱河之防，主战场在鲁东地区。
东捻军乘湘淮军齐集湖北之际，依靠强大的机动能力跳出包围圈进入河南，因鉴于陕西就食困难四川路途遥远，遂放弃原定西进川陕的计划改向山东挺进，于六月在鲁军防守的戴庙附近突破运河防线，趋胶东半岛。
山东巡抚丁宝桢疏于运防，奉旨交部严加议处。一时言路汹汹。曾国藩认定“大局日坏”，担心言路不仅纠弹丁宝桢，也可能波及李鸿章，致书劝其忍辱负重徐徐图之，叮嘱其“若遇棘手之际，请从耐烦二字痛下功夫”。
其实，在吴可这等打老了仗的优秀统帅看来，东捻军进入运东正是一大战略失策，给了李鸿章利用河防蹙之于绝地以良机。
李鸿章所部淮军将领一致提出“倒守运河”（即由原来自东岸设防移至西岸设防）之策，李鸿章经过慎重研究决定采纳。
鉴于捻军深入胶莱一带，他不但部署倒守运河，而且又在胶莱河两岸增设了内层防线，缩兜剿圈企图把捻军聚歼于胶莱海隅，万一捻军突破胶莱防线，还有运河防线以资保障。
在胶莱河防线上，他安置了沈宏富、董凤高几军四十六个营和鲁军三十一个营分段防守，每营防地三里多长。另外还设有机动的后援部队，全部兵力近五万人。运河防线则由淮军刘秉璋、杨鼎勋、李昭庆等部和豫军张曜部、皖军黄秉钧、程文炳部负责。
而为了保障运、胶防线，李鸿章还奏准三口通商大臣崇厚、隶总督刘长佑率军防守黄河，由漕运总督张之万率军防守苏北六塘河。这样东西南北四面就各以河为险构成了一个包围圈。
但是，东捻军却于八月在胶莱防线北端海神庙一带鲁军防地冲破防线，渡过潍河使得李鸿章苦心经营的胶莱防线告溃。
如此一来，李鸿章精心经营的运河防线，在机动实力强悍的捻匪跟前再次栽了大跟头，李某人为此也遭致不少闲言碎语，有那不对付的朝堂言曾国藩都干不过捻匪，作为学生的李鸿章又有何德何能做出成绩？
所幸李鸿章的处境要比老实曾国藩好得太多，至少不用担心朝廷忌惮过甚，只需应付少少一些不满声音即可……
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