为了防止走私透漏，海船必须经发舶港检查登记人员货物，直接发往贸易地，回舶时必须回“元发舶地“接受检查抽税。只有市舶司港才能发放海外贸易公凭及商船必须回发舶港抽解的政策从哲宗朝期逐步确立，到目前一直得到延续，也说明法的远洋航路就是几个设置市舶司的港口联系海外诸国的航路。明州往高丽的航路是从定海出发，经舟山群岛东部海城直通高丽，即“由明州定海放洋，绝海而北”。往高丽时，从招宝山、虎头山，经沈家门、梅岑、浪港山，出大洋。回明州则自人浪港山，过潭头，过苏州洋，到栗港、蛟门、招宝山、定海，抵达明州国。从日本到明州，“贾舶乘东北风至”,也是直出舟山群岛以东的大洋。成寻来宋朝，经高丽耽罗，到苏州洋石帆山，经明州徐翁山、烈港、虎头山、招宝山，到明州。这是走日本与我朝交通的北线。
往南海诸国的远洋航路有泉州和广州两个起点。商船自泉州往东南亚的航路直出海南岛东部的深海“七洲洋”，七洲洋在琼岛万州之东南，即海南岛东面，昆仑洋在“七洲洋之南”。昆仑洋在真腊国外海，从温州往南海诸国，过七洲洋、交趾洋，经占城，由昆仑洋入真腊国海港。交趾洋在海南岛之南至占城一带大洋，昆仑洋即近柬埔寨和泰国之南大洋。泉州往南海的商船“以冬月发船，盖藉北风之便，顺风昼夜月余可到阇婆国。从泉州直航东南亚，并不停靠闽粤沿海港口，从泉州经深海诸洋直达爪哇岛。
广州往南海诸国的航路是从珠江口经海南岛东部到东南亚。广州自小海至得洲七百里、得洲有望舶巡检司，广州远洋航路是从珠江口入大海，所谓“东风西南行”，从屯门趋南海岛东部之七洲洋，直达东南亚。自泉州和广州通往南海诸国的航路有两个交集点，一是海南岛南面的交趾洋，二是三佛齐国。三佛齐以西的国家与中国交通则都经过三佛齐。三佛齐国在南海之中，诸蕃水道之要冲也。
通过明州、泉州和广州的远洋航路都不是循岸而行的近海航路，它们与近海航路的只交汇于明州港、泉州港和广州港三个点上。
海船航行则主要依靠风帆，视风之顺逆，特别是远洋航行主要依靠季节性信风。航海中即使用桨櫓，也多是风帆的辅助手段。南海诸国与我朝间是冬季乘东北季风去，夏季乘西南季风回，广州和泉州在冬、夏海船发舶和归航时会举行祈风仪式。明州到高丽则是五月乘南风发舶，七月中旬自高丽乘北凤归。自日本到明州是三月中旬乘东风和东北风航行，海船在航行中利用正帆、利蓬等多种帆，利用不同方向的风力，只有当头风不可利用。有些大型海船完全用风帆，而不设桨情，也有海船在近海航行，或远洋船进出港时则常用桨槽。
船只的导航方法主要有地表目标、牵星术，以及判断水情三种。到了我朝增加了指南针导航的手段，但主要作为阴夜导航手段。此外还有灯塔导航等方法。这些方法都依赖于长期的经验积累。船舶出海常有多艘组队航行。已形成用旗帜、火炬，喝唱、锣鼓乐器等传递信息，相互联络的方法。有专门负责联络的人员。这些联络方式保证了船队不相离散，或能散而复聚。
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