顺治帝亲赐汤若望通玄教师这么一个荣誉称号，并颁发诏令褒奖汤若望，又亲赐天主堂立碑，御制碑文，南堂，他们天主教堂搞了一个碑文，由顺治帝给他做的碑文，并赐教堂匾额为通玄佳境。
顺治帝在赐给汤若望通玄教师的诏令中，只字未提宗教的事，而是肯定汤若望的历法之功。因为摄政王和朝中大臣一致认为靠洋教来统治中国是不行的，还得靠儒教文化。
就在汤若望受宠之时，厄运正向他一步步地走来。所谓的历狱就是因为历法之争而造成一场冤案，中公历法之争由来已久，早在顺治十六年，朝中有一个大臣叫吴明烜，这个人就上疏说汤若望的历法不行，不管用，错误很多。
吴明烜为什么上疏呢？他和汤若望结下了怨恨，因为在这之前，吴明烜原来这个人，他就在钦天监任职，力推回回历。这个人他是力推他们的回回历，但弄得不准。汤若望上疏指出他的错误，所以这个人比较恼火，当时是被革职回家了。
到了顺治十六年的时候，他上疏弹劾汤若望，他说：“你汤若望这个历法也不行。”
结果顺治让手下大臣到观象台去验证，结果吴明烜的推算有误，按照清朝的律法，本应该杀头，但是顺治赦免他，并没有治罪。到了顺治十七年，钦天监的官员，也是个回回人，叫杨光先，又上疏对汤若望进行非难，说汤若望等传教士有三大罪状，潜谋造反、邪说惑众、历法荒谬。
杨光先还说：“汤若望这个人在澳门屯兵不少，汤若望就是这些屯兵的头目，不可不防。在澳门屯兵这么多，不可不防。”
这三条罪状都是很狠的，哪一条都可以置汤若望于死地。但是顺治皇帝看了这个奏书以后，他觉得杨光先这个奏书有点太勉强，所以对他这些无稽之谈置之不理，于是杨光先这次也没有得逞。
顺治死了，八岁的康熙登基，朝政掌握在辅政四大臣手中。这四人比较保守，没一个开明的，对西方这一套都不感兴趣，甚至反对西洋学说，这样朝中有关历法之争的双方力量发生了重大的变化。康熙三年的时候，杨光先就又上疏了，因为觉得把握大些，控告汤若望等为职官谋造反，造传妖书惑众，如不现在扫除他，后患无穷。
在这个上疏中，除大力贬斥天主教教义和新的历法之外，杨光先还抓住荣亲王葬期择日一事。当时荣亲王死了，看看哪一天下葬比较好，有关人员找汤若望去讨教，结果汤若望没弄准，不符合中国人的习惯，被指责选择的葬期很不吉利，以致连累了荣亲王的母亲和顺治皇帝先后去世。
这可不得了，这就形成涉及重大问题的大案要案了，皇帝、荣亲王及他的母亲是因为汤若望没弄准而死的。苏克萨哈和鳌拜也对顺治生前的政策早有不满，但是他们也没办法，这次就利用杨光先的上疏下令礼部和吏部要会审汤若望。
清廷会审了汤若望，还把在钦天监任职的外国传教士一块抓来了。这一年的冬天鳌拜把新历给废除了，同时逮捕关押了已经中风瘫痪的汤若望，同时被打入狱中的还有一些传教士，像利类斯、安文思这些人。
北京王府井的天主教东堂就是这两个人建的，受连累的还有钦天监一些中国人，像李祖白、许之渐这些经徐光启培养的学者。这时候汤若望已经瘫痪了，说话也说不清楚，由著名的传教士南怀仁来为他辩护，一审就把汤若望判了死刑。
之后又做一次实验，由中国、回回和西洋三种历法来观测，同时预测日蚀的时间。结果南怀仁等人根据西洋历法预测的日蚀时间和事实相符，他预测得很准，最为准确，要说是这件事情应该给汤若望带来好运，结果是并没有带来好运，反而加重了他的刑法，由绞刑变成了最残酷的凌迟。
但就是在判决的当天，北京发生了地震，接着宫中又有大火，同时天上又出现了彗星，中国人迷信，说彗星不好，所以京城民众、大臣议论纷纷，朝中不少大臣都认为这是上天的警告，这可能是朝廷办了什么不好的事了。这下是救了汤若望的命，当时孝庄太皇太后还健在，四大臣把这个案子审定情况向孝庄做了汇报，谁知道孝庄勃然大怒，斥责四大臣不该如此对待先帝的宠臣。
于是鳌拜这四位大臣改变了原判，让汤若望无罪释放，李祖白等五名钦天监官员处斩。徐光启在崇祯年间培养的一批汉人、西方天文专家被斩杀干净，所幸中国官员许之渐等人被罢黜，脑袋保住了。这就是历史上有名的康熙历狱，到现在传教士在中国的活动跌到了低谷，中西文化交流面临着中断的危险。
年逾古稀的汤若望虽然被释放了，回到了宣武门他的教堂里去养病，但是本来身体就不好，又经过这一番折腾，身体状况是越来越糟糕，出狱以后大概两个多月，在华生活了四十多年的汤若望在痛苦中辞逝，享年七十五岁。因为他所赐的墓地当时已经被没收了，他的尸体没地方放，所以别的传教士也不知道葬在什么地方了，反正是不敢明目张胆地葬。
这个案子以后不久，杨光先、吴明烜被任命为钦天监的监正、监副，回回历取代了西洋历法。然而多行不义必自毙，就在杨光先等人得意洋洋之时，朝中的政局正在悄然发生了变化。
康熙六年，十四岁的康熙皇帝亲政，
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