李自成余部在湖南抗清失败后，转移到川、鄂山区进行活动，在夔州府以东地区继续抗清，称为夔东十三家军，清军开始攻打到首领李来亨被杀而亡。
郑成功在南京之战失败后退回金门与厦门，率军攻占荷兰占据的台湾，定都东宁。他的儿子郑经曾经参与三藩之乱，率军参与反攻失利。康熙帝命施琅进攻明郑，施琅大败刘国轩攻克澎湖，给台湾造成战略的威胁，最终郑克塽剃发投降清朝，明朝宁靖王朱术桂携领五妃自杀殉国，最后一股抗清势力覆灭。
郑成功率领十万北伐军向南京进军，一路士气高昂的北伐大军攻克宁波、突袭江阴、攻陷瓜州、克复镇江，兵锋直抵南京城的郊外。郑成功亲自来到明孝陵拜祭朱元璋，并写下了豪气冲天的诗句：“缟素临江誓灭胡，雄师十万气吞吴，试教天堑投鞭渡，不信中原不信朱。”
不久，已经无力抵抗的清政府江南提督管效忠写信给郑成功，表示愿意投降，但必须等三十天。因为清政府有规定，凡是守城将领，坚持三十天以上的，即便失守，妻子可以不治罪。郑成功料定清军必败，居然没有怀疑，真的按兵不动。
管效忠写信的目的其实是缓兵之计，他在等待援军，果然郑军还没有来得及动手攻城，清军苏松水师的大队人马就已经杀到，并炮轰北伐军的前锋，在城内的清军经过战备后也拚死冲出城外，两下夹击，令防备不及的郑成功手忙脚乱，惊慌失措，前锋崩溃，全军败退。
郑成功肠子都后悔到青了，他向手下将领检讨，说这都是我轻敌之过。郑成功失败之后，清军乘势进剿，并且颁布禁海令，将福建沿海民居全部烧毁，片石不留。大火燃烧了两个月，被迫搬家流离失所的难民死亡过半，惨不忍睹。
清政府的迁界禁海对郑成功而言简直是釜底抽薪，他为了支撑下去，必须开辟新的抗清基地。郑成功没有别的选择，只有竭尽全力收复台湾。
郑成功命令世子郑经留守金门、厦门等诸岛，自己率领二万五千多人，分乘几百艘战船，浩浩荡荡从金门出发，越过台湾海峡，到澎湖休整后准备直取台湾。侵占台湾的荷兰人一看，大事不妙，他们自恃武器先进，将军队集中于台湾和赤嵌两座城堡，并且用沉船封堵港口，企图阻拦郑成功的船队登陆。
另一方面，他们又希望能够通过和谈让郑成功退兵，郑成功严正告诫荷兰人：“我没有别的要求，这是我家的土地，还我。”
他还给荷兰人的头目揆一下达了最后通牒：“台湾，中国的土地，久为贵国所踞，今天我既来索讨，则土地当归我。”
谈不拢就只有打，荷兰人有一个荒谬的看法，叫做荷军一人可抵中国人二十五人，他们认为郑成功的军队同样不堪一击。郑成功的军队从鹿耳门驶向台湾港，二百多艘战船迅速入港，分布于广阔的海湾中，岛上居民纷纷涌出来利用各种工具帮助郑军登陆，仅仅两个小时，两万人马悉数上岸。
第二天，荷军二百四十人一分为二向郑军发起攻击，结果被打得抱头鼠窜，仅有八十人逃回，主帅被当场击毙。
与此同时，在热兰遮海面上也爆发了激战，双方战舰互相炮击。荷军最大的战舰赫克托号被炸成粉碎，船上一百多人被全部打死，另一艘大舰格拉弗兰号遭受郑军火攻燃烧起火，逃亡日本。随后郑成功下令包围荷兰人所在的热兰遮城，以长期围困迫使荷兰人投降，揆一代表荷兰军队签署了投降书，离开了台湾。
击败荷兰的郑成功军队威震东南亚，郑成功致信给菲律宾总督，霸气十足。郑成功收复台湾后，盘踞在菲律宾的西班牙人傻眼了，牛逼的荷兰军队都不是郑成功的对手，遑论是西班牙人在菲律宾的这点实力，总共六百人的西班牙驻军，二百人被派去守城墙，能够调动的不到四百人。郑成功此时战舰如云，艨艟千里，大军数十万，挟战胜之威，一旦大举南下，菲律宾简直是唾手可得。
郑成功派遣的传教士李科罗特作为特使来到了菲律宾的马里拉，向西班牙驻菲律宾总督递交了郑成功的信，在信中，郑成功描述了自己击败荷兰人的经过，他说：“可恶的荷兰人不知天高地厚，竟敢虐我百姓，劫夺商船，形同盗贼。他们执迷不悟，让我震怒，于是我辛丑四月率师亲讨，兵抵台湾捕杀荷兰人不计其数，荷兰人奔逃无路脱衣乞求投降，顷刻之间，城池库藏尽归我所有。”
他警告西班牙人：“你们跟荷兰人没有分别，我今日平定台湾，拥有精兵数十万人，战舰数千艘，原本想要率师亲讨。况且从台湾到你国，水路快捷，早上出发晚上就可以到达；如果你们知道利害，每年来俯首纳贡，那我们还可以做做生意，如果你们一味玩狡猾，那我的战舰立马就可以到位，希望你们尽快决断，不要过期后悔。”可以说是霸气十足。
关键时刻，郑经丑事的消息传来，令郑成功大受刺激，噩耗连连，终于猝死。郑经是郑成功的长子，郑成功收复台湾的时候，郑经只有十九岁，他和南明兵部尚书唐显悦的女儿成婚，但是婚后感情不好，郑经的四弟有一个姓陈的奶妈，也不知道怎么两个人就在一起了，郑经很喜欢陈氏，不久陈氏就怀孕，并生下一子。
郑成功在外征战，治家虽严，也力所不能及。郑经把自己得了儿子的消息告诉郑成功，还谎称是夫人唐氏
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