以御史李应升为首的众位大臣先后上疏，共同揭发魏忠贤犯下的种种罪行，可是熹宗却没有看到大臣们的奏章，因为所有的奏章都需先由魏忠贤过目后转呈熹宗。
魏忠贤发现有弹劾自己的奏章便扣留下来，然后以熹宗的名义责备朝中大臣。魏忠贤指使党羽给事中傅樾和自己的外甥傅应星向熹宗诬告汪文言，熹宗偏听偏信，将汪文言捉拿入狱，交掌镇抚司刘侨审理，最后汪文言遭到廷杖，并被革职。魏忠贤认为刘侨对汪文言的处罚太轻，一怒之下将刘侨革职，把自己的心腹之一许显纯推到了掌镇抚司的职务上。
副都御史杨涟见魏忠贤无法无天，非常的愤慨，杨涟将魏忠贤的所作所为整理成二十四条罪状，冒着生命危险上奏熹宗。
奏章中写道：“其罪一，魏忠贤原本是市井无赖，中年净身进入宫中，在博取皇上信任后，擅权乱政，破坏祖宗的内阁票拟制度。其罪二，为了翦除异己，魏忠贤指使党羽孙杰陷害顾命大臣刘一燎、周嘉谟，导致二人离位，皇上因此落下了驱逐先朝老臣的罪名。其罪三，魏忠贤赏罚不明，颠倒是非，排斥公正无私的忠臣孙慎行、邹元标，袒护制造混乱的方从哲……”
“上述所言句句属实，只是皇上左右的人畏惧阉贼的权势不敢上奏，外廷百官静观事态发展也无人上奏。虽然有人揭发阉贼的罪行，但客氏又在皇上面前为他开脱，致使无法无天的阉贼依然我行我素。”
“如今阉贼依托门墙，宫中府中大事小事，无一不是忠贤专擅。宫廷之内都只知道有忠贤，不知有皇上，皇上的尊严何在？皇上年富力强，岂能受制于宦官小人？请皇上召集文武百官，将他严惩，以正国法，并将客氏遣出皇宫，以清除隐患。若能为国除此大害，臣就算一死也在所不惜……”
杨涟在奏章中提出的任何一条罪状都可将魏忠贤和客氏置于死地，杨涟上奏章的事情很快就在百官中传开，所有的正直大臣都很敬佩他。魏忠贤看到奏章后，认为此事非同小可，于是他利用奏章尚未交给熹宗的机会，急忙将客氏和王体干等心腹召集到一起，商讨应对之策。
一番密谋之后，众人一起去找熹宗，魏忠贤来到皇上面前哭诉：“奴才一心为皇上办事，没想到反遭到了杨涟等人的恶意诽谤。奴才就算是死也无法报答皇上的恩情，怎能做出对皇上不利的事情呢？恳请皇上免去奴才的职务，让我可以专心侍奉皇上。”
客氏趁机也在一旁说魏忠贤忠心为主，从没做过违法的事情，杨涟等人是在诬陷魏忠贤。此时的熹宗并没有阅看奏章，而是命一旁的王体干念给他听，王体干依照事先制定好的计划，在宣读杨涟的奏章时故意歪曲原意，并将要害处略去不念。每念完一条，魏忠贤便为自己辩护一番，在他们的迷惑下，熹宗不仅没有责怪魏忠贤，反而认为杨涟捕风捉影，下旨将杨涟训斥了一顿。
皇上斥责杨涟的事情令满朝的大臣非常的气愤，佥都御史左光斗、屯田司郎中万璟、都给事魏大中、给事中陈良训、御史袁化中等七十多名大臣联名上奏，请求弹劾魏忠贤。
河南道御史袁化中在奏章中写道：“魏忠贤障日蔽月，逞威作福，视大臣如奴隶，斥言官若孤雏……朝野共危，人神共愤。”
李应升也在奏章中义正词严地写道：“杨涟弹劾太监魏忠贤的二十四大罪，并非杨涟一人所言，而是朝中百官的共同心声。”
在接下来的几天中有百多份奏章上呈朝廷，内阁重臣叶向高、礼部尚书翁正春也极力主张将魏忠贤赶出皇宫。但是昏庸的熹宗不但没有采纳众人的意见，反而替魏忠贤辩护：“政事是朕所亲裁。”
并将此事交由魏忠贤自己处理，魏忠贤知道熹宗有意偏袒自己，便在熹宗离朝之后，立刻以熹宗名义训责众位大臣。随后指使手下党羽搜集与自己为敌的大臣名单，开始计划如何处置他们。
没过多久，工部郎中万燎又上疏：“魏忠贤生性狡猾，贪得无厌，无事生非，陷害忠良……皇上怎能将他留在身边呢？”
奏疏呈上去后，魏忠贤勃然大怒。他将先前百官弹劾自己时的满腔怒火都发在万燎身上，当即派党羽到万燎的家中捉拿万燎，随后将万燎带到宫中，打了他一百廷杖，以致万燎被活活打死。
万燎死后，巡城御史林汝翥因处治犯罪的宦官而得罪了魏忠贤，林汝翥怕遭到魏忠贤的报复，急忙逃到遵化。因为林汝翥是内阁大学士叶向高的外甥，魏忠贤便趁此机会，诈称叶向高将林汝翥匿藏在自己府上，并派大批党羽包围叶宅，强行搜府。
叶向高是三朝元老，怎能受此侮辱，他立即上疏请皇上罢免魏忠贤。但是熹宗毫不理会，叶向高无奈之下请求回乡养老，昏庸的熹宗竟然当即点头同意。叶向高走后，魏忠贤加快了打击东林党等正直人士的步伐，杨涟、魏大中等十几位忠于朝廷的大臣因为受到迫害相继辞官。魏忠贤趁此时机，将自己的心腹们安插到了各个重要的职位上。
在魏忠贤的威胁之下，许多贪生怕死、见利忘义的朝中大臣都投靠在他的门下，从朝廷到地方，共有八十多位大臣投靠他。在魏忠贤众多的干儿义孙中，以五虎、五彪、十狗、十孩儿、四十孙等人最出名。他们为虎作伥，无恶不作，是魏忠贤迫害反对者的得力助手，在这些走狗手下还有数不清的爪牙。
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