洪武二十五年太子朱标病死，朱元璋立朱目标次子朱允炆为皇太孙。朱允炆因为生性颖慧好学，性至孝，而深得朱元璋的喜爱，称赞他：“而诚纯孝，顾不忘我乎。”
不过对于这位仁柔少断的皇太孙将来要继任帝位，朱元璋并不十分的满意，曾经一度打算更换太子，后来因为翰林学士刘三吾的劝谏，才没有这样做。尽管如此，朱元璋对朱允炆的继位仍放心不下。
洪武三十一年，朱元璋病故，庙号太祖，皇太孙朱允炆即位为帝。在临终前，朱元璋立下遗诏：“皇太孙允炆仁明孝友，天下归心，宜登大位。内外文武臣僚同心辅政，以安吾民。”
朱允炆即位，是为明惠帝，改元建文。尽管有朱元璋的遗诏，不许诸王入临、会葬，但是燕王朱棣仍然直奔京城建康，朱允炆闻讯后，立刻派人持敕，命令朱棣返回燕京，对此朱棣十分的不悦。
当时镇守北部边疆的诸王已经有很大的权势，宁王朱权带甲兵士八万人，革车六千辆，燕王朱棣更握有节制沿边兵马的重权，朱允炆却对这些皇叔们感到忧心忡忡。
朱允炆即位不久，燕王朱棣即派遣长史葛诚入朝奏事。朱允炆于是向葛诚密问燕王府的事，葛诚如实禀告，于是派他返回燕王府，作为内应。葛诚回到燕王府，朱棣见他神色不对，心中不免作疑。
随即朱棣亲自入朝，他自恃皇叔的身份，径直走皇道入宫，遇到陛下不跪拜。监察御史曾凤韶弹劾他不敬，户部侍郎卓敬也密奏，以燕王智虑绝人，建议将他徙封到南昌，但都被朱允炆以骨肉至亲，婉言拒绝了。朱棣察觉到朝廷对自己怀有贰心，回到燕王府后，便托辞患病，以静观事态的变化。
于是建文帝与兵部尚书齐泰、太常卿黄子澄商量，齐泰、黄子澄以诸王权势过大，恐怕难以驾驭为由，力主削藩。这个刚登基没几个月的年轻皇帝有着雄心壮志，他一心想削弱诸位皇叔的权力，以此巩固自己的政权。
朱允炆本性慈善，喜欢儒学，崇尚文治，向往儒家的仁政，而乱世中崛起的明太祖朱元璋则是以强权、重典治国。建文帝对于祖父重典治国所造成的社会压抑气氛深有体会，所以登基后着手改革整顿，力图创造出祥和的社会氛围。
然而建文帝太年轻了，他不但书生气十足，而且性格腼腆，不像他的祖父辈们是从战火中锻炼出来的，因此缺乏做皇帝必备的勇气和果敢，再加上是匆忙之间被立为储君，所以对于治国之道懂的不多。继位后虽然他很努力地进行改革，但朱元璋严刑峻法留下的负面影响并没有因此而缓和多少。
朱元璋为了确保对分封诸王国的控制，在《祖训录》中制定了一系列约束诸藩王行为的规章制度。其中有一条这样的规定：在新皇帝登基后的三年时间内藩王们不准来朝廷，只能留守在藩王国；不过如果朝廷奸臣当道，诸王可以集结自己的兵力，以便随时听候新皇帝诏令，但在完成驱逐奸臣任务以后，仍要立即返回封地。
明太祖对后人们下了严厉的警告，严禁他们对训示有一丝一毫的改动；如果有任何违犯者，甚至皇帝本人，他们也可以群起而攻之。本来朱元璋分封自己的儿子们前往各地为王，目的是让他们作为皇室的屏障，抵抗外部侵略或是镇压内部叛乱。可是这些藩王因为被赋予了很大的权力，手里又握有重兵，很快就成了新皇帝朱允炆的心腹之患。
其实削藩本来没有错，错的是建文帝朱允炆削藩方式不对。就在建文帝登基这一年，刚刚处理完朱元璋丧事的他，便派出一支军队奇袭了周王朱楠的封地开封，把朱楠逮捕起来，废为平民发往云南，藩王们被这种像对付叛徒一样严厉的手段惊的惶恐不安。
周王是燕王同母兄弟，而朱允炆怕他与燕王沆瀣一气，于是决定先废周王。周王次子朱有爋告发父亲谋反，于是派曹国公李景隆以备边之名经过开封，将周王全家押回南京，废为庶人。
削齐、湘、代三位亲王，废为庶人，湘王不堪受辱，为了保名节举家自焚；齐王被软禁在南京；代王被软禁在封地大同。两个月后，削岷王，废为庶人。
代王朱桂、湘王朱柏、齐王朱欂以及岷王朱缏，撤销他们的封国，仅仅一年的时间，五个举足轻重的藩王就被收拾了。这种暴风骤雨般的处置方式，让其他藩王人人自危，封地在北京的燕王朱棣也感到心惊胆战，深知自己被处置的那一天就快要来了。
燕王朱棣本来就对朱元璋把皇位隔代传给孙子怀恨在心，建文帝削藩更加速了他夺权的进程，朱棣听从了下属的劝告，终于下定决心铤而走险。然而起事是需要时间准备的，不可能立即起兵，这时令人疑惑的事情出现了，建文帝在对燕王的处置上表现出了优柔寡断的一面，以至于错失良机。
他派人秘密监视燕王的行动，燕王得知后，就假装精神失常，整日装疯卖傻、胡言乱语。在此之前建文帝使用严厉手段处置的那些藩王，都是因为那些藩王确实有一些违法乱纪的事情，使得他出师有名。可是他却没有抓住燕王朱棣的任何把柄，而燕王朱棣反而因为镇守边疆还立有大功。这时他又得到这样的汇报，建文帝更加犹豫不决，有些于心不忍。
因此对朱棣处置迟迟没有下定决心，就在建文帝犹豫不决的时候，朱棣也没闲着，开始招兵买马，制造武器，训练士兵。
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