清州光复后，赵宪向官军讨要表功奏疏查看，官军不给，赵宪率众强夺而看，果然奏疏中将光复清州之首功归于官军，并称颂僧兵协助，对义兵却只字不提。赵宪大怒，义军因此和官军连起冲突。
灵圭劝慰双方，赵宪则说道：“千余义民不惧生死与敌寇拼杀只字不提，官军寸功未立不过先入空城就敢上报首功，分明是对不准官军参与战斗的挟私报复，此等无耻行径绝不能坐视不理。灵圭大师你既是无欲无求之人，便请勿要多言，刀剑无眼，再上前来必遭无妄之灾！”灵圭无奈，公州义军、僧兵、官军之盟几近瓦解。
八月中旬，赵宪接到命令要求义军、僧兵、官军合力南下收复锦山。赵宪坚决反对同官军合力，决意自领义军收复锦山，灵圭劝道：“公切不可意气用事，清州一战，义军仅剩七百，锦山倭将为小早川隆景，听闻乃倭国名将，极具谋略，部下兵多将勇，占据险要，单凭公目前兵不满千，必是有去无回。还是遵从朝廷之令，三部合力，从长计议为好。”
赵宪不依，执意单独行动，赵宪说道：“君辱臣死，既接到军令，我当立刻奔赴锦山再作计较，即便飞蛾扑火也定收复锦山。但请恕在下绝不与宵小之徒共事。大师若也依然愿杀敌报国便与我同去。”赵宪说罢便与灵圭告别而去。
小早川隆景听说公州赵宪领义军数百来攻锦山夜宿城外，便对立花宗茂说道：“朝鲜义军虽勇但相比我军仍就是相差悬殊，断不敢以此等军力于城外驻扎，恐是疑兵。不过领兵者若是赵宪，那应另当别论，我听闻赵宪为朝鲜名儒，但生性孤僻，固执偏激，任何人都难与之长期共事，如此推断此军应是孤军。况且赵宪虽深通儒学，对军略却不得要领，宗茂你让高桥统增领一千五百人趁夜秘密出城，绕到背后，一是探查周边有无伏兵，若确为孤军便伏于敌后，待明日你我亲领武士们出阵，前后相击，讨取敌将首级。”立花宗茂领命。
次日凌晨，赵宪阵中义军大部仍在梦中，锦山城城门大开，小早川隆景、立花宗茂引兵杀向赵宪，义军哨兵慌乱，赵宪闻听喊杀急令全军迎战，但日军主力已近在咫尺，伏兵已然杀至，义军大乱，赵宪率众拼命反抗，并激励部下道：“性命唯有一次，必当轰轰烈烈，为国为民，杀尽倭寇！”日军人多势众，装备精良，配合得当，杀伤巨大，赵宪之子身批启赋战袍想吸引敌军，便于赵宪逃脱，但日军火力密集，赵宪之子顷刻中弹身亡，激战之后赵宪及七百义兵无一生还。小早川隆景退回锦山。
次日赵宪弟子率小股义军赶至，发现遍地尸骸，便聚拢合葬。三日后灵圭领僧兵进攻锦山，灵圭闻听赵宪死讯悲愤莫名，立誓为赵宪报仇，灵圭领僧兵巧借山势与日军周旋，连战三天三夜，僧兵骁勇且身具佛性，日军多有信佛之人，对此相对顾虑。小早川隆景严令死守，不断调整布防，居高临下昼夜射击，僧兵全灭，灵圭战死。但自高敬命、赵宪、灵圭等人相继战死锦山之后，全罗、忠清、庆尚三道各地义军尽皆愤慨，隔三差五便零散行动或集结进兵，前赴后继向锦山发动进攻。小早川隆景本想以锦山作为攻占全罗道据点，却已成众矢之的，被困于锦山城中疲于防守，实在令其意想不到。
而庆尚道毛利辉元第七军在剿灭义军中进展不佳，军师黑田官兵卫从汉阳赶至庆尚道予以援助，黑田官兵卫请毛利辉元大遣诸将分布各城收拢民心，黑田官兵卫亲领三千精锐先后于各城设诱敌之计，故意示弱，诱导零散义军入围斩杀，再安抚百姓直至稳固。并令吉川广家领军一万紧盯郭再佑所部，步步推进，压缩其游击区域，联合第九军逼迫郭再佑等各部义军退至晋州。
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