与此同时在忠清道内，公州大儒赵宪联合僧侣灵圭大起义兵抗敌。自朝鲜开国之后一直大力提倡儒学，认为佛教乃欺世盗名之徒长期予以打压排挤，如今国难当头，朝廷大赦天下，也一改对佛教的态度。投奔民众趋之若鹜，各地寺院深感当为国难出力，庇护百姓，部分僧侣便率先募集僧兵。西山大师休静在顺安法兴寺募得僧兵一千五百名、大弟子惟政和尚在杵城乾凤寺募得僧兵七百、二弟子处英在全罗道募得僧兵一千、三弟子灵圭在公州甲寺募得僧兵七百等等，全国首批僧兵已达八千之众，各地寺院闻风而动，纷纷响应，休静因此被朝廷册封为八道十六宗总都摄，统领全国僧兵。
而赵宪身为朝鲜儒学大师，日后有东国十八贤之称，国难之际更是责无旁贷。听闻僧兵大起更是急不可耐，于是带领弟子们于公州摆下高台，招募义兵。赵宪号召民众道：“家国蒙难、qín_shòu入侵、毁我山河、掠我土地、杀我人民、断我根基、官军不振、王室播迁、天下大乱。百姓流离失所，数百年社稷即将化为乌有，数代父子经营家园早已毁于一旦。幸闻庆尚道有天降红衣将军郭再佑首举义旗，募集义兵，随后更有金沔、金千隘、高敬命等人蜂拥而起，各地义兵令倭寇心惊胆裂，甚者各地寺院大募僧兵为保家卫国，共赴国难。全罗道李舜臣连败倭寇水军，世子邸下身负艰险，于敌寇阵中穿梭慰劳，号召各地联兵抗敌。我等儒学士子，饱读诗书，苦学大道，值此国难之际正当恪守礼义廉耻，忠君爱国，舍身而护天下黎民百姓。随我义旗，入我义军。驱逐倭寇，复我山河，舍身无畏，名留青史，但为忠孝，百死不悔！”赵宪慷慨激昂，群情振奋，当日挑选，共募义兵达一千一百余人。
事后赵宪约见灵圭说道：“清州是忠清道重镇，且存有大量屯粮。此前倭寇北上之时攻陷清州曾作为据点重兵把守，近闻清州倭军已大部北调，清州城内仅剩数百倭军，独守清州，势单力孤，若我等大集义军，以数倍之力浴血奋战，必能收复清州，天下震动！”
灵圭说道：“公言甚是，但小僧以为倭军虽少，仍恃有火器，我军衣甲单薄，加之清州城大，若毫无章法贸然攻打，清州城或反不利我军，徒添伤亡，小僧提议联合官军应设下诱敌围歼之计较为妥当。”
赵宪听灵圭提议联合官军，心生不悦，赵宪说道：“大师有所不知，官军无能，毫无斗志，不然倭寇也难以如此猖狂，若联手官军必受其所累。若大师怜悯官军，到可令其一边观战，若我军胜可让其追击残寇。”灵圭应允。
赵宪又说道：“倭寇一向自大，见我义军必不以为意，只要能诱敌一部出城予以全歼再壮以声势，倭寇必惊惧恐慌，士气崩乱，即便持有利器也难有效用，此时我军再攻清州，敌必难以抵御。”
此时在清州城内日军守将为蜂须贺家政，其所部正镇守于清州至忠州之间的大小城镇，兵力分散，清州城内仅有三百余人。但日军自登陆以来，朝鲜军一触即溃，日军可谓未遇敌手，蜂须贺家政由此对朝鲜战力不屑一顾，虽然身边仅留数百士兵也足以压制清州，威慑周边。
八月一日，赵宪所部一千一百人，灵圭僧兵七百，官军五百合计两千三百余人进抵清州。此前赵宪已定下计谋，先令本部出五百人诱敌出城，剩余六百义军与七百僧兵于两侧埋伏等待号令，官军负责追击败军。
蜂须贺家政见清州城外挑衅者尽皆百姓，身无片甲，手持粗制刀枪以及锄头，草叉，柴斧等农具，队列散乱，只知在火绳枪射程之外叫骂。蜂须贺家政大怒道：“区区几百贱民，手持农具连足轻也称不上，哪来的胆量敢在城外叫骂。必须全部碎尸万段以儆效尤。”遂令一百兵卒追杀此股义军。义军见一百余名日军攻来便与之厮杀，义军虽有五百之众但衣甲兵械毕竟不如日军精良，激战一刻已有近三百名义军伤亡，赵宪见状忙发信号，前部后退引日军追击，随后两侧伏兵突起，瞬间便将日军合围，日军无法突围，全部被义军及僧兵斩杀。义军缴获火绳枪却不会使用，只得先做冷兵器随身。
蜂须贺家政于城楼望见敌有伏兵，不禁吃惊，细数下来惊觉敌军竟有数千之众，此刻城内守兵仅剩两百，蜂须贺家政心中无底，难免有所慌乱。赵宪及灵圭趁势号令僧兵义军全力攻城，义军士气高涨，呼喊响彻清州，于城下与日军鏖战。此刻忽然乌云密布，天降倾盆大雨，日军火绳枪全部失效，而朝鲜方面也因大雨浇灌无力攻城，赵宪无奈下令撤围。
蜂须贺家政见天降大雨，急忙跪地感谢神明护佑，心知次日天晴义军必再攻城，到时则清州不保，蜂须贺家政当机立断，率领剩余部卒连夜撤
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