阎应元惊骇道：“诸位江阴壮士，万万不可！你们能听从我命令，我可以出山为江阴父老血战！不然，不为我万万不敢为你们主持，以免横生枝节。”
那十六人抱拳道：“是为民族大义，敢不惟命是听？我等必立马斩了他！”
“那好！我答应你们，带领江阴百姓赶走这群鞑子！”说罢，阎应元带上衣服和刀剑随，带领江阴城祝塘少年六百人，拿着刀剑武器进入江阴城，随那十六人回到江阴义兵大本营。
阎应元安排好家事，带领家丁和乡里自愿抗清的一批青年赶奔县城，途径七里庙时，索取笔墨，在墙上写下这样的诗句：
此去情知不可为，神州遍野起风雷；
劫波历尽青山在，驰骋沙场几人回。
阎应元心里知道，眼下江阴城是一座孤城，是抵御不了清军的。他已抱定与江阴县城共存亡的决心，慷慨奔赴战场。
阎应元接近江阴城旁时，以迅雷不及掩耳之势在清军中杀开一条血路，在陈明遇率兵接应下进入城中。
进入江阴城后，阎应元立即与陈明遇等人商量御敌之策，决定发动全城百姓。于是，阎应元命人把全城的老百姓召集起来道：“所有江阴父老乡亲们、兄弟姐妹们，眼下大战在即，我们每一个人都是一名战士！各户分别按丁、壮、老、幼详加调查，询问有无疾病和子嗣，挑选年轻力壮的男子组成民兵，早晚加以训练，每个城垛安排十名民兵，按时换班看守城楼！女人和大龄孩子在家照顾老人和孩子，筹集各家各户的兵器、农具、粮食等物资。留意、清查身边奸细和意志动摇准备叛变的官兵！”“好！好！”江阴百姓听说是阎应元带领他们抗清纷纷高呼，然后大家各自忙开，阎应元带领众义兵首领巡防城楼时下令道：“江阴城武举人王公略守东门，汪把总守南门，陈明遇守西门，我带兵亲自守北门。”
“得令，阎将军！”说罢，王公略、汪把总、陈明遇等人得令各自回防。经过一番动员、防备工作，江阴城中守备加强，秩序井然，民心振奋，士气高昂。阎应元和陈明遇兼负昼夜巡查四门的责任。对江阴城中过往行人严加盘诘，肃清清军内奸，让全城猎人在城中射杀飞翔的白鸽以免飞鸽传书。在阎应元的领导下，江阴城所有百姓很快就做到人尽其才、物尽其用，每个人擅长的技艺都得到淋漓尽致的发挥。
阎应元深知武器在战争中的重要性，江阴虽是历代王朝兵家必争之地，军需库也储存了一定的武器，但要对付眼下十万围城的清兵而且没有后援是显然不够的。阎应元拍拍王宫略肩膀道：“公略兄，你我过去在打击琉球海盗和倭寇时早已相识，现在有一项重要工作交给你去做。你一方面组织江阴城内所有工匠*弓箭、火铳及*、铁砂、硫磺火砖等兵器，一方面你带兵效仿三国时期的诸葛亮草船借箭的做法，扎大量的草人在夜色朦胧中突然出现在城垛上。”“得令，阎将军！”王公略依计行事，晚上江阴义兵们把大量的草人在夜色朦胧中用绳子吊在城垛上，上下拉动，又敲锣打鼓，鼓声隆隆。城下清军以为江阴城中士兵乘夜下出城袭击，慌忙组织弓箭手射箭；接连几番，江阴义军不费吹灰之力就获得数万支利箭。
刘良佐依仗兵力雄厚，不断发起进攻，大批清兵架设云梯，在弓箭手一轮轮箭阵掩护下逼近城墙。清军的轮番进攻，都被城中钉有铁钉的滚木、垒石砸下去，火铳、火砖一齐向攀爬云梯的清军发射，云梯被火铳、火砖瞬间燃爆，有的清兵全身被击中，全身燃起熊熊大火，冲进护城河；躲在城垛后面的义兵一次次射出利箭，射死一批又一批跨过护城河的清兵。清军又用一张牛皮帐篷遮挡义兵们的箭矢，强行攻城。阎应元下令用烧滚的桐油向城下泼浇，躲在牛皮帐篷下的清军被活活烫死，痛的“嗷嗷”直叫，慌坐一团，在义兵们弓箭下纷纷中箭倒下，或慌不择路掉进插满箭矢、堆满尸体的护城河中。清军攻城月余，死伤惨重，久攻不下，刘良佐只能借酒浇愁。副将就建议刘良佐继续劝降，刘良佐无奈的摇摇头，又点点头。
刘良佐骑马走到江阴城下喊话：“应元兄，江南现已完全落入我军手中，你心知肚明江阴城已成一座孤城，良禽择木而栖，识时务者为俊杰！我念你过去是典吏，你我也有同袍之义，我也不忍杀你。只要你肯降清，我不但既往不咎，还会在摄政王面前替你美言几句，我保你以后平步青云，飞黄腾达！以你的胆识和才干，我保你官职不在我刘良佐之下！”
阎应元应声道：“我虽然身为大明一个小小的典史，我尚且知道忠臣不事二君。刘将军，你既不能削平鞑子寇乱，恢复中原匡扶南明，又不能保障江淮安宁，活着有什么用呢？！你不思进取也罢，竟然率军投敌，卖国求荣，你有何面目见我等义兵？你死后有何面目见列祖列宗？！”刘良佐被阎应元说的无地自容，霎时满面通红，策马而退。
清军元帅多铎见江阴久攻不下，又派贝勒博洛再率十数万大军来攻，博洛先将在松江俘虏的明军将领吴葵和黄蜚押至城下，要他们喊话劝降。黄蜚尚有骨气，拒绝喊话，在江阴城前硬是一声不吭，急的刘良佐直跺脚，
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