后又因“洞庭举事”一案，株连湖湘名士300余人，会审真武宫。俟洪承畴到长沙，才平释此案。顺治十四年（1657年），桂王的永历政权内部发生矛盾，孙可望在与李定国的内战中失败，穷蹙请降。顺治帝一面命洪承畴率所部相机进取，一面命平西大将军吴三桂自四川、征南将军卓布泰自广西分道进兵贵州。顺治十五年（1658年）二月，世祖又命信郡王多尼为安远靖寇大将军，统军南征。九月，清兵各路会师入云南。
顺治十六年（1659年）正月，清军攻陷昆明，云南平定。洪承畴上疏说，云南地方险远，少数民族众多，不易治理，要留兵驻镇，于是顺治以吴三桂为平西王留驻昆明。他又看到云贵地区地瘠民苦，疏请发内帑赈济贫民，建议暂缓向逃亡缅甸的桂王余部进军，使战乱之后的云贵地区的社会秩序渐趋安定，生产开始恢复。八月，洪承畴因年老体衰、目疾加剧，请求回京；翌年正月，奉旨解任回京调理。
顺治十八年（1661年）正月，顺治帝驾崩，子玄烨（康熙）嗣位。这时洪承畴业已69岁，仍任大学士，却感孤独，于五月疏乞休致。朝廷几经争论，康熙才授以三等阿达哈哈番母（轻车都尉）世袭四世。
康熙四年（1665年）二月十八日，洪承畴卒于都门私邸，享年七十三岁，康熙恩赐祭奠如制、谥文襄公。
喜欢大秦帝国之猛将召唤请大家收藏：(m.iuu123.com),爱优小说网更新速度最快。