但当樊廷等部赶到吐鲁番时，并没有等到噶尔丹策零的主力部队，只与小股叛军交锋。噶尔丹策零意识到西路清兵乃为甘、川、青汉军主力，uqi精良，战斗力很强，不易对付，于是只留少数兵力在吐鲁番一带牵制清军西路主力，而把准噶尔主力精锐大策零敦多布、小策零敦多布及本部族近六万人马布置在北路清军的必经之路——博克托克岭和通呼尔哈诺尔一带。
五月，噶尔丹策零派手下台吉哈苏尔海丹诈降于北路清军大营，给傅尔丹tigong假情报，一步步诱北路清军主力近六万人马入博克托克岭峡谷，遭噶尔丹策零重兵包围伏击。双方激战十数日，清军以惨重代价冲出峡谷，且战且退至和通呼尔哈诺尔，又被噶尔丹策零围追堵截。战斗打得十分惨烈。清军四位将军临俘自尽，一位副将军、七位王公大臣在混战中阵亡。战后，北路清军六万仅剩下二千人马，几乎是全军覆没。
在北路清军与噶尔丹策零激战之前，驻守在吐鲁番的西路清军难耐盆地的酷暑，加上粮草不济，人马饮水困难，军心不稳，士气低落。情急之下，岳钟琪派兵往吐鲁番运送粮草给养，途中遭噶尔丹策零部抢劫，粮草驼马尽失，损失严重。
接着，吐鲁番屡遭叛军骚扰攻击。纪成斌防守的瘦集、张元佐驻防的无克克岭，接连遭叛军攻破，驼马粮草被抢劫一空。奏报到京，雍正帝很是不快。他翻出岳钟琪关于xinjiang战况和作战方案的奏折披阅，越看越恼，提起朱笔批谕：“岳钟琪所奏，朕详加披阅，竟无一可采。岳钟琪以轻言长驱直入说，又为贼夷盗驼马，既耻且愤。”并下旨将纪成斌斩首示军，张元佐降职留用。
当北路清军与噶尔丹策零激战于和通呼尔哈诺尔的时候，岳钟琪施以“围魏救赵”之计，率西路主力迅速越穆垒过阿察，兵抵额尔穆克河，分三路向乌鲁木齐城下进攻，目的是分散噶尔丹策零主力，减轻北路清军的重压。沿途将士用命，奋勇作战，攻取敌寨多处，歼敌甚众。当大军攻进乌鲁木齐时，守城叛军闻风逃遁，西路清军占领xinjiang首府。雍正帝下谕表扬岳钟琪“此次领兵袭击贼众，进退迟速，俱合时宜。”
雍正十年（1732年）十月，噶尔丹策零七千人马偷袭哈密。岳钟琪遣总兵曹让等将士在二堡击敌，又派副将军石云倬等将官赶赴南山口、梯子泉一带设伏，断敌退路。准噶尔部七千人马攻打哈密时专事焚烧粮草，抢夺驼马辎重，虽被曹让部击退，但也造成重大损失。
派往断敌退路的石云倬竟迟一日发兵，当该部到达指定位置时，准噶尔军已离开设伏地点，准噶尔军休息时的点火灰烬还有余热。但石云倬没有挥师追击，致使叛军劫持大量物资安然撤退。雍正帝降旨，治石云倬、曹让斩首示军。严责岳钟琪“攻敌不速，用人不当”。
岳钟琪接连受雍正帝的严责，显然已经失宠。军机大臣、内阁大学士鄂尔泰乘机奏本，极力弹劾岳钟琪。雍正批准了鄂尔泰的弹劾，下谕“交部议决”。结果削去了岳钟琪三等公爵和太子太保封衔，降为三等侯，仍护大将军印。
时隔不久，雍正帝又下旨诏岳钟琪离疆返京“商办军务”，由副将军张广泗护宁远大将军印。十月，岳钟琪怀着忐忑不安的心情，一路风尘赶到京城，张广泗弹劾他的奏折也随之到了雍正帝的龙案。在张广泗和鄂尔泰合力弹劾下，当月雍正就下诏将岳钟琪“交兵部拘禁候议”。岳钟琪被捕入狱以后，在等候兵部的判决，一直等了整整两年，
雍正十二年（1734年）十月兵部的判决才下来，判决居然是“斩决”。雍正帝接到兵部议奏折子，左右权衡，最后，念及其当年进西藏、平青海之功，改“斩决”为“斩监侯”，并处罚银七十万两。
乾隆二年（1737年），岳钟琪和傅尔丹同被释放，贬为庶人，回成都。岳钟琪在成都郊外百花潭浣花溪畔结庐居住。他取名“姜园”。
平日里，他一身布衣木履，粗茶淡饭；清晨早起，在爱闲亭中打几路拳脚，舞几套刀剑，然后牵着他心爱的战马，沿着浣花溪畔溜达；茶余饭后，喂一喂鸡鸭家禽，或者走出姜园，漫步于乡间田埂，或聚集老农于树下闲话桑麻。晚来掌灯，他这才伏于几案，或挥毫吟写田园诗；或秉烛夜读《楞严佛经》。
岳钟琪对佛家教义也渐渐青睐，常常入寺拜佛听法。一天岳钟琪回到金堂县老家，在城南十五里的龙尾寺拜佛，盘桓晚了，便留宿寺中，于是写下了《夜宿龙尾寺》。
乾隆十三年（1748年）三月，由于大金川叛乱而清廷出兵多时未果，乾隆帝想到岳钟琪，决意重召，先授予他总兵之衔，后改授四川提督，赐孔雀花翎，其时岳钟琪已届六十二岁，久违guang十年有多了。
岳钟琪来到金川军营，张广泗即命岳钟琪领四路官兵，驻扎党坝。岳钟琪抵达前沿军营，登上山梁观察地形，只见这党坝三面环敌，而敌寨处处明碉暗堡，所据地势十分险要，碉寨之间又成犄角之势，相互照应，进可攻，退可守。而党坝清营，简直就是叛军桌上
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