所以，城内毫无应战准备。当哨兵发现清兵从天而降，仓慌间不知所措，抱头鼠窜，拼命呼喊。官兵则里应外合，冲进石堡城，奋力拼杀，不肖两个时辰，歼敌三千余，拿下石堡城。但“庄浪王”谢尔苏噶住在逃。
岳钟琪给被俘的阿屋侧零等叛军头领供以酒饭，好言抚慰，劝其为官兵做向导，分头引领官兵继续搜剿，结果又捕获三千余人。所剩党余见清兵大军压境，势如破竹，谢尔苏噶住不知去向，群龙无首，大势已去，只好向清军乞降。
岳钟琪答应了叛军的乞降，收缴了全部军火兵器，把那些缴获的牛羊驼马、粮草种子全部发给牧民，劝导他们专心耕牧，不要再聚众滋事。对抓获的络力旦达儿等十六位小部落的上层人士，责成庄浪卫同知王廷松妥为安置。
一切处理停当，岳钟琪这才凯奏朝廷，并建议改庄浪卫为平番县。雍正帝下旨，再授岳钟琪兼甘肃巡抚，督办甘肃、青海两地军务政要。
四川乌蒙（今云南永善县）土司禄万钟在云南东川叛乱，镇雄（今属云南）土司陇庆侯及建昌（今四川西昌）属冕山、凉山诸苗相助为乱。岳钟琪与云贵总督鄂尔泰会师讨伐。雍正五年（1727年）春，擒禄万钟，陇庆侯投降。乌蒙、镇雄完成改土归流。
雍正六年（1728年），上书以建昌属河西、宁番两土司及阿都、阿史、纽结、歪溪诸地改土归流，河东宣慰司以其地之半改隶流官，升建昌为府，领三县。定新设府曰宁远，县曰西昌、冕宁、盐源，又请改岷州两土司归流。请升四川达州，陕西秦、阶二县为直隶州。雍正七年（1729年），又请升甘肃肃州为直隶州，陕西子午谷隘口增防守官兵，里塘、巴塘诸地，置宣抚、安抚诸司至千百户，视流官例题补。雷波（今四川雷波县）土司为乱，遣兵讨平之。
雍正三年（1725年）春，年羹尧因九十二款大罪赐死天牢。七月，岳钟琪接任川陕总督。此时，岳钟琪官至总督，封三等公爵，手握川陕甘三省兵权。
雍正五年（1727年），有一蓬头垢面，衣衫烂搂的男子双手各握一块石头，在大街上一边赤足狂奔，一边沿街高声叫喊：“岳钟琪要率川陕兵丁造反了！”官府迅速抓捕了那男子，经审讯原来是疯子。但是不能因为是疯子的话，岳钟琪就可以坐视不管。他急忙写好奏疏，希望澄清视听，洗刷冤曲。
这封奏疏被雍正帝的朱批写得密密麻麻。言下之意不外乎是不相信谣言，并说了许多安抚的话。那疯子也被朝廷以“造谣惑众，诬陷大臣罪”斩首示众。岳钟琪心里的一块石头才算落了地。
雍正六年（1728年），靖州秀才曾静，派门人张熙致信岳钟琪，曾静的书信中对雍正帝极尽责骂之词；又以岳飞抗金的事迹激励为作为岳飞后裔的岳钟琪，劝他掉转枪头指向金人的后裔满洲人，为宋、明二朝fuchou。
岳钟琪假装同意，骗出口供，反过来抓捕二人，引发吕留良案。事后雍正帝褒奖岳钟琪忠心，并由于军事需要，仍旧对他委以重任，加封宁远大将军，少保，但是，在岳钟琪的仕途已经埋下了祸根。
雍正七年（1729年）二月，科尔沁、喀尔喀草原传来请兵急奏。雍正帝下诏，命黑龙江将军、内大臣傅尔丹为靖边大将军，统领满、蒙旗兵组成北路大军；授川陕总督、奋威将军岳钟琪为宁远大将军，统领川陕甘汉兵组成西路大军。六月，朝廷派吏部侍郎、大司马查郎阿和刑部侍郎常赍，带着宁远大将军印信和雍正帝特授的兵、吏两部黄带等御用之物赴陕西，在西安东郊筑台，隆重拜授岳钟琪为宁远大将军。
雍正八年（1730年）八月，岳钟琪檄令西路大军各部，分由陕西、四川、甘肃三地出发，取道河西，在巴里坤集结。临行前，岳钟琪特旨岳钟琪长子岳濬（时任山东巡抚）专程从济南赶往陕西代表皇上送其父出征。
西路十六万大军全部集结于巴里坤。远在准噶尔的噶尔丹策零早已得到了朝廷大举进兵征讨的消息。狡猾的噶尔丹策零一边调兵遣将，集结人马，准备迎战，一边差使进京，称愿意交出朝廷钦犯罗卜藏丹津，请罢兵议和。雍正皇帝见噶尔丹策零派使议和，便下诏命西北两路大军暂缓进兵，并召两路大军主帅进京商议军务。
噶尔丹策零得到清军西、北两路主帅离营返京的消息后，大喜过望，即派出二万人马突袭清军西路科舍图卡伦马厂大营，科舍图马厂大营原是官兵的军马场，是西路清军的一个重要的军事基地和军需仓库。这里积存有大批驼马、粮草、辎重。噶尔丹策零的人马攻来时，清兵早无防范，被劫走大批驼马、辎重，焚烧粮草。
清军奋起追击，与敌拼死激战七昼夜，终将叛军击溃，夺回部分被劫驼马、辎重，但官兵的损失相当惨重。正当马厂大营激战之时，护理大将军印的纪成斌胆小如鼠，闭城不出，及至清军击溃来敌后，又隐瞒损失，夸大战果，向朝廷邀功。岳钟琪赶到前线帅营，已是第二年（1731年）的二月。他怒斥胆小庸碌的纪成斌，并发誓要与噶尔丹策零决一死战。
岳钟琪得到情报，说噶尔丹策零率兵十万，准备攻
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