别动队一成立，就在康泽的率领下参加了蒋介石对红军的第五次反革命“围剿”，驻扎于江西、福建两省。其具体活动是：（1）推行保甲制度；（2）在民间实施反共政治军事训练；（3）收容训练苏区逃亡地主；（4）推行蒋介石的新生活运动；（5）维护国民党军队的军风军纪；（6）吹捧推崇蒋介石。
除此之外，康泽的别动队还担负监视非蒋介石系军政人员的任务，所以，人们对别动队都侧目而视，称之为“御林军”、“天子门生”、“监军”、“蒋委员长耳目”、“见官大一级”等等。在个别情况下，别动队也同红军小股部队及游击队打仗。1935年夏，康泽将别队扩编为七个大队和一个巡辑队，并于大队之上增设支队一级。
蒋介石十分欣赏康泽的才干，将其别动队调往四川，让他兼任行营参谋团政训处长、四川省保安处政训室主任、四川国民军训会主任委员和峨嵋军官训练团政训组副组长等要职，把四川方面的事都交给他负责。
以康泽为代表的蒋派势力伸入四川后，引起了以刘湘为首的当地实力派的极大不安，双方明争暗斗，互不相让。
康泽到成都后，住在位于黄瓦街的妻兄朱兆南的家里，一天到晚车水马龙，三请六宴，高朋满座，不可一世。住在对面的川军李注东旅官兵看不过眼，有天晚上在康泽乘车归来时，李旅发动突然袭击，将他的司机和卫兵抓走，康泽在副官易秋泰的保护下得以脱身。他当晚移住瀛环中学第一中队队部，加强了戒备，但仍感不安全，又连夜迁往邓锡侯手下将领家中居住。这是蒋派中央势力和四川地方势力矛盾尖锐化的表现。两派之间不但武斗，而且文攻。与刘湘合作的张澜写了一篇名为《川人治川》的文章，用以抵制蒋派势力的渗透。康泽马上授意尹昌龄写了一篇《异哉所谓川人治川》的文章，对川派势力加以反击。双方唇枪舌剑，互不服气。
康泽及其别动队在四川各地复兴社组织和保安处各区政训室的配合下，开展了一系列的反共活动，一是构筑碉堡，阻截长征中的红军；二是训练保甲骨干，加强基层政权；三是监军督战；四是收买革命阵营中的叛徒。
他的反共活动在一定的区域内取得了一些成效，为此他进一步受到蒋介石的重用，并被蒋看作青年精英。
喜欢别人称其为“主任”，大肆培植自己的势力
抗日战争爆发后，康泽更受到蒋介石的重用，又兼任了中央政治学校特别训练班主任、军委会政治部第二厅厅长、禁烟督察处缉私主任、战时青年服务总队总队长等要职。并且还负责指挥李香权旅、公秉藩师和张荫梧的河北民军。
但好景不长，由于国民党内部的派系争斗，康泽所兼的一些职务不久就易手他人了。关于中央政治学校特别训练班主任的职位，陈诚为了将这股力量抓在手中，竟将该班并入军委会战时工作干部训练团，改称为留日学生归国训练班，把康泽抛在了一边。关于中央军事学校特别训练主任的职位，1936年曾被潘佑强夺去，不久，康泽又从潘手中抢回。中央军校特别训练班从1933年7月开办到结束历时13年，它既是培养蒋介石系军事、政工人员的场所，又是训练职业特务、别动队员的摇篮。特训班是康泽效忠蒋介石的一大作为，也是他升官发财的资本，正如蒋介石喜欢别人叫他“校长”一样，康泽喜欢别人称其为“主任”，其目的都是为了培养个人势力。关于政治部第二厅厅长的职位，因1938年康泽与陈诚的关系恶化，厅长一职被杜心如抢去。就连禁烟督察处缉私主任的职位也被别人夺去了。
抗战初期，康泽曾图谋向军事方面发展，企望将别动队改为警卫军。他首先把各大队的两个中队改为步兵营，只剩下一个队员中队，然后到上层去活动，由于康泽与陈诚矛盾尖锐，便走军委会参谋总长兼军政长何应钦的门路。但陈诚是军委会政治部长兼第六、第九战区司令长官，并任湖北省政府主席，又是蒋介石的亲信，号称“小委员长”。何应钦虽系军界元老，但不想得罪陈诚，对于康泽之求是心有余而力不足，所以，康泽的警卫军长之梦终未实现。
“八一三”上海抗战时，别动队曾派一、五两个大队到上海附近应付，上海撤退时第一大队全部溃散。1938年徐州会战时，别动队派了第四大队的一个中队前往，旋即撤回。抗战时期，别动队的其它大队或从事搜刮民财，或驻在川陕大后方监视异己。
因别动队作用特殊、地位显赫，许多要员都企图染指于它。军统头子戴笠曾图谋控制别动队，向蒋介石保荐其心腹黄珍吾为别动队副总队长。后又借口康泽兼职过多，升任黄为代理总队长，一举取康而代之。康泽也不甘示弱，设计把黄珍吾赶走，又重新控制了别动队一个时期，才以其亲信刘伯龙升任总队长。为牵制刘伯龙，康泽又提升亲信马维骥为副总队长兼支队长。1939年别动队被正式改编，大部分编为新编第二十八师和第二十九师，余部编入军法执行总监部执法总队和军政部补充兵员训练处。新编第二十九师曾任重庆卫戍部队，1941年在滇缅边境为日军所败。
康泽卸除了别动队总队长职务后，专任内政部青年训导总团主任，该团设在重庆市郊五云山
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