后来，蒋知道了邓的任命很有些不快，好在朋友们替他说情，说他愿意痛改前非，戴罪立功，蒋也就没说什么。
邓在训练团任上校总教官，只穿军服，见了将军们就得行礼。团政治部主任孙伯骞原是邓的部下，如今邓要向孙“立正”、“报告”。同事们见后，在背后都笑话他。由于邓的忍气吞声，守规矩，既勤快又无架子，再加上有贺衷寒等人的暗中支持，大家对邓的印象逐渐好起来。1938年，经贺等人的举荐，邓任中央军校政治部主任，蒋未加反对。
邓上任后，招揽了不少名流学者，编辑出版了《黄埔周刊》、《黄埔季刊》、《黄埔丛刊》，自以为又可以为所欲为了。岂不知蒋对他余恨未了，在一次活动中故意让他当众出丑。同年秋，中央军校十五期第一总队在成都举行毕业典礼后，蒋亲自主持，蒋在大操场边走边巡视，邓也跟在后边。蒋骤然回头对邓说：“你处处跟着我走，是否觉得漂亮些？我不愿意看到你这副嘴脸，你给我滚下去！”当时邓在全校师生和众多来宾面前受到如此奇耻大辱，真是无地自容，待典礼一完便气冲冲地跑回家去了。
邓的家在成都少城三条巷，妻子李白坚正因难产住院(几天后就去世了)，邓因要陪蒋参加典礼而未与妻子见面，却未料到蒋给他当头一棒。邓意外受辱，恼羞成怒，回家后痛哭流涕，决心用“军人魂”剑自杀。恰巧当晚军校教官袁觐贤去看他，见此情形，百般劝说：“校长不是别人，他对你爱极恨深，总有一天会回心转意的。”邓气愤地高声说，“我连王八都不如，还做什么人！”他呻吟了很久，气也逐渐消了。次日，邓照常到校办公，一点牢骚也没有。
1939年4月，邓文仪被授予少将军衔。9月，任三青团中央干事会干事、宣传处副处长。1940年，蒋介石任命邓文仪为第三战区司令长官部政治部主任，协助顾祝同工作。顾祝同时任第三战区司令长官，他城府极深，尽管与邓文仪既有上下级之分，又有师生之谊，但由于邓文仪是蒋介石的红人，所以政治部的大事小事一概由邓定夺，他并不过问。因此，邓文仪便为所欲为了。
邓文仪一到第三战区，就施展其反共本领。他首先整顿了战区的“前线日报”，将一批进步人士逐出报社，在他的把持下，该报经常刊登一些攻击新四军的反动文章。接着，他又成立了一个政治部调查专员室，专门用来对付共产党人和抗日群众。调查室的骨干分子大都是湖南籍的原复兴社社员。此外，每逢纪念周时，邓文仪都要在第三战区大吹特吹一通，极力宣扬“一切为了需要，需要就是真理”的实用主义观点和“一个主义、一个政党、一个领袖”的法西斯独裁理论，把整个政治部搞得乌烟瘴气。
在同僚面前，他一直认为戴笠是蒋介石的希姆莱，自己则是戈培尔。
戈培尔是纳粹德国的重要头目，希特勒的宣传教育部长。他疯狂宣传法西斯主义，鼓吹侵略战争，颠倒是非，无所不用其极，以至他的名字也成了造谣、诽谤宣传的代名词。而邓文仪则以“复兴社的戈培尔”自居，在意识形态领域为蒋介石拼命鼓噪，是一个十足的蒋介石狂和反共狂。尽管他的文章和演讲都只是一大串语无伦次、乱七八糟的口号，简直使人无法懂得他到底说的是什么，但由于他的狂喊狂叫，乱蹦乱跳，却也同贺衷寒、刘健群一起，被称为复兴社的三大“理论家”和“宣传家”。
1941年皖南事变发生前，他曾多次率特务到皖南视察，为袭击新四军做准备。事变中，他参与制定了对新四军进攻的作战方案，是皖南事变的策划者之一。事变后，他主持了对新四军被俘人员的整训工作，并亲自到上饶集中营，对被俘的新四军官兵大打出手，肆意迫害。
1942年，邓文仪任国民党军事委员会政治部第一厅厅长。1944年，蒋介石在大后方组织了10万青年军，调邓文仪出任青年军政治部设计指导委员会主任。邓在青年军中广泛进行法西斯教育，毒害这些青年，为蒋介石培养日后内战反共的反动军队立下了汗马功劳，受到蒋介石的嘉奖。为此，在1945年5月召开的国民党第六次代表大会上，邓文仪当选为中央执行委员会委员。次年3月，在国民党六届二中全会又当选为中央常务委员。
被人称为“造谣公司”总经理和满天飞的“空中使者”；是国民党当局破坏国共和谈的“打手”；奉命劝阻陈明仁起义未果；是下令炸毁广州市区海珠桥的凶手
抗日战争胜利后，蒋介石采纳了美国的建议，将原军委会政治部第一厅改为国防部新闻局，后又改为政工局，一直由邓文仪但任局长，同时，邓还担任了国民党国防部军事发言人的职务。内战时期国民党中央社的有关军事新闻几乎全是通过邓文仪之口转述的。这一时期，他的主要工作就是负责战地宣传和军事新闻发布，被人称为“造谣公司”总经理和满天飞的“空中使者”。
国民党发动内战后，不断遭到失败。为了鼓舞士气，拼命开动宣传机器，颠倒是非，往往把败仗，把“全军覆没”说成“国军大捷”，以至于有人要反面理解国民党的宣传，才能了解事实真相。另外，邓文仪主管战地宣传工作，有时甚至亲自出马，乘飞机到阵前空投传单，以
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