叶尔羌汗国的首都在莎车，鼎盛时期的疆域包括吐鲁番、哈密、塔里木盆地。
汗国版图的东方是嘉峪关、南方是西藏、西南是克什米尔、西方与乌兹别克布哈拉汗国为邻。
与乌兹别克以费尔干纳谷地为界，北方以天山为界，与东察合台吐鲁番汗国（后被噶尔丹的准噶尔汗国所消灭）相邻。
叶尔羌汗国面积并不小，这些地方是华夏丝绸之路，朱由检早晚要将他们全部纳入大明版图，也许这一次是一个契机。
不过暂时还是要先收拾巴达维亚吕宋等国之后，在向西北地区扩展，对朱由检来说，后世的960万平方公里还是太小。
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