不久，曹操以少胜多，大败吕布，吕布连夜弃营撤往徐州。曹操乘胜攻取定陶城，并分别派出部队收复兖州各县，兖州遂平。此战的获胜，对曹操以后统一北方，成就大业，具有重要的意义，荀彧功不可没。
建安元年（196），随曹操击败黄巾军。七月，汉献帝刘协在杨奉、董承等护卫下，从长安（今陕西西安西北）返回洛阳（今河南洛阳东北）。在要不要奉迎天子建都许县的问题上，曹军内部发生了争执。多数人不同意迎接献帝，理由是“山东未平，韩暹、杨奉新将天子到洛阳，北连张杨，未可卒制”（《三国志·魏书·荀彧传》）。
荀彧则对曹操说：“昔晋文公纳周襄王，而诸侯景从；高祖东伐为义帝缟素而天下归心。自天子播越，将军首倡义兵，徒以山东扰乱，未能远赴关右，然犹分遣将帅，蒙险通使，虽御难于外，乃心无不在王室，是将军医天下之素志也。今车驾旋轸？义士有存本之思，百姓感旧而增哀。诚因此时，奉主上以从民望，大顺也；秉至公以服雄杰，大略也；扶弘义以致英俊，大德也。天下虽有逆节，必不能为累，明矣。韩暹、杨奉其敢为害！若不时定，四方生心，后虽虑之，无及”（《三国志·魏书·荀彧传》）。
曹操认为荀彧之言有理，遂应安集将军董承的秘密召请，亲率大军进抵洛阳，被任命为司隶校尉，奉迎献帝迁都许县（今河南许昌东）。曹操被封为大将军、武平侯，荀彧也升为汉侍中，守尚书令。从此造成曹操奉天子以令诸侯的战略优势，并为其此后统一战争（参见曹操统一北方的战争）的顺利实施，奠定了基础。
这是荀彧撼古震今的一次谋略，曹操正因为采纳了荀彧的意见奉天子，才一举成为东汉末年最有实力的军阀，为以后所有战争打下了牢不可破的基础。荀彧很少随军出征，而是“居中持重”（《三国志·魏书·荀彧传》），曹操虽然在外征战，但军国之事都由荀彧调度筹划。曹操问荀彧：“谁能代卿为我谋者？”荀彧说“荀攸（荀彧侄）、钟繇”（《三国志·魏书·荀彧传》）。荀彧善于举荐人才，起初举荐了戏志才，戏志才死后又举荐了郭嘉。此外，还举荐了陈群、杜畿、司马懿（此处有争议据晋书宣帝纪“帝知汉运方微，不欲屈节曹氏，辞以风痹，不能起居。魏武使人夜往密刺之，帝坚卧不动。及魏武为丞相，又辟为文学掾，敕行者曰：“若复盘桓，便收之。”帝惧而就职”据后汉书“彧又进操计谋之士从子攸，及锺繇、郭嘉、陈群、杜袭、司马懿、戏志才等，皆称其举”）等人，都是当时名士，只有严象和韦康后来因为失败丧命。
自曹操迎天子后，引起了袁绍的不满。时袁绍雄居北方。曹操则东忧吕布，南拒张绣。建安二年（197）正月，曹操南征张绣，大败而归。袁绍则更加骄矜溢，写信给曹操，辞语骄慢。曹操阅后大怒，诸将都说是作战不利的原故。钟繇因此问荀彧，荀彧说：“公之聪明，必不追咎往事，殆有他虑”（《三国志·魏书·荀彧传》）。见到曹操后，曹操将袁绍书信让荀彧观看，说：“今将讨不义，而力不敌，何如?”荀彧说：“古之成败者，诚有其才，虽弱必强，苟非其人，虽强易弱，刘、项之存亡，足以观矣。今与公争天下者，唯袁绍尔。绍貌外宽而内忌，任人而疑其心，公明达不拘，唯才所宜，此度胜也。绍迟重少决，失在后机，公能断大事，应变无方，此谋胜也。绍御军宽缓，法令不立，土卒虽众，其实难用，公法令既明，赏罚必行，士卒虽寡，皆争致死，此武胜也。绍凭世资，从容饰智，以收名誉，故士之寡能好问者多归之，公以至仁待人，推诚心不为虚美，行己谨俭，而与有功者无所吝惜，故天下忠正效实之士咸愿为用，此德胜也。夫以四胜辅天子，扶义征伐，谁敢不从？绍之强其何能为！”（《三国志·魏书·荀彧传》）
荀彧这番话虽然对曹操不乏溢美之词，但总约来说，还是比较符合实际的。
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