是年，农民军张献忠等部相继受抚；李自成部在陕西接连失利，此后潜伏于川、陕、楚交界山区。农民起义一度陷入低潮。
崇祯十二年（1639）30岁
正月，清军克济南，掳德王。
三月，清军班师。明廷以“五大法案”杀各级失事官员36人。
五月，张献忠、罗汝才在谷城、房县再度起义。
六月，加派“练饷”730多万两。
七月，农民军在罗猴山大败明军左良玉等部。
八月，以杨嗣昌为督师，主持围剿农民军。
是年，催逼勋戚李国瑞等捐助，因皇五子朱慈(火真)死亡而停止。
崇祯十三年（1640）31岁
二月，张献忠在玛瑙山受到重创。
六月，首辅薛国观罢，明年八月被杀。
秋，张献忠、罗汝才部进入四川，攻克大批州、县。
崇祯十四年（1641）32岁
正月，李自成部复振，攻克洛阳，杀福王。
张献忠部出川，二月克襄阳，杀襄王。
二月，李自成部围攻开封。
再召周延儒入阁，九月至。
三月，杨嗣昌悸怖死，丁启睿继任督师。
春，清军对锦州实行包围，明廷调集13万大军出山海关救援。
八月，明清松锦决战，明军大败，主力部队大部被歼，蓟辽总督洪承畴等被迫困守于松山、锦州等4城中。
九月，李自成部于项城聚歼明军数万人，杀陕西总督傅宗龙。
十二月，李自成部再围开封。
是年，周延儒主持阁务，东林势力复兴。
崇祯十五年（1642）33岁
新年，揖拜阁臣，再图振兴。
正月，以马绍愉为特使，同清朝进行谈判。
二月，李自成部在襄城大败明军，杀陕西总督汪乔年。
三月、四月，松山等城相继破，洪承畴被俘，降清。
五月，李自成部三围开封。
七月，皇贵妃田氏病故。
对清和谈机密泄露，兵部尚书陈新甲为此被杀。和谈彻底中断。
九月，黄河堤溃，开封被水冲毁。
十月，李自成在郏县大败明陕西总督孙传庭部。
十一月，清军第五次入塞，深入山东，俘获人口36万多。
闰十一月，第二次下诏罪己。
崇祯十六年（1643）34岁
年初，李自成在襄阳建立政权。
二月起，京师瘟疫流行。
三月，左良玉部变乱。
四月，清军出塞去。
五月，张献忠部克武昌，杀楚王，正式建立“大西”政权。
周延儒罢。
六月，第三次下诏罪己。
七月，吴昌时等案起，牵连原任大学士周延儒、吴（生生）。
八月，清太宗皇太极病故，幼子福临继位，改明年为顺治元年。
九月，李自成再败明督师孙传庭于郏县。
十月，李自成攻克潼关，孙传庭战死。农民军相继攻克西安及陕西全省。
十二月，赐周延儒自尽。
崇祯十七年（1644）35岁
正月初一日，李自成在西安称帝，建国号“大顺”。随即分兵两路向北京进军。
正月，以大学士李建泰为督师，出京抵御大顺军。行“遣将礼”。
第四次下诏罪己。
三月，李自成部兵临北京城下。
十八日，下诏罪己，下诏“亲征”。当夜酒宴后，安排太子慈烺、三子定王慈灿、四子永王慈焕逃离。
在宫中砍杀妻妾、女儿，yòu_nǚ昭仁公主死，长女长平公主臂断。周后于坤宁宫自缢。
十九日凌晨，自缢于禁苑煤山。
顺治年间
顺治二年（1645）
长平公主请求出家未遂，清廷命嫁于周世显。出嫁未足一年，公主在哀怨中死去。
北京“崇祯太子案”结束，太子被清廷处死。
南京“崇祯太子案”，太子于弘光政权覆灭后亦被清廷处死。[2]
后妃子女
后妃
庄烈愍皇后周氏，1644年明亡之际依思宗命自尽而死。清顺治帝，谥周后曰庄烈愍皇后，与帝同葬田贵妃寝园，名曰思陵。
贵妃袁氏，1644年明朝亡国之际，依思宗命自谥却未死，清朝入关后因其为明思宗最後的遗孀，得到清廷之哀怜与尊重，并由清廷赡养其终身。
恭淑贵妃田秀英，1643年病死。谥恭淑端惠静怀皇贵妃，葬昌平天寿山，即思陵也。
顺妃王氏，原为选侍，生长平公主后病死，追封为顺妃。
子
献愍太子朱慈烺，母庄烈愍皇后周氏，1644年李自成封为宋王，李败退时不知所终。
怀隐王朱慈烜，母庄烈愍皇后周氏，早殇。
定哀王朱慈炯，母庄烈愍皇后周氏，1644年不知所终。
永悼王朱慈炤，母恭淑端惠静怀皇贵妃田氏，1644年不知所终。
悼灵王朱慈焕（1633年—1708年），母恭淑端惠静怀皇贵妃田氏，明思宗第五子，康熙四十七年被捕，后以「朱某虽无谋反之事，未尝无谋反之心」为罪名遭处死。
悼怀王，母恭淑端惠静怀皇贵妃田氏，二岁殇。
(无名)，母恭淑端惠静怀皇贵妃田氏，三岁殇。
女
坤仪公主（名不详），母庄烈愍皇后周氏，早夭。
长平公主朱徽娖（1629－1645），王顺妃所出，由周皇后抚养（《明史》称为周皇后所出，但同年周皇后生朱慈炯，盖误），驸马周显，1645
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