乾隆四十三年，弘历阅看实录，以为多尔衮“定国开基，以成一统之业，厥功最著”，明示平反昭雪，还其原爵，成为清代八家铁帽子王之一。从清廷爱新觉罗氏家族看，多尔衮是大清帝国的实际创建者，乾隆帝为他重新作出评价，是件非常正常的事。但乾隆多心，避免日后惹起宫廷是非，上谕中说：“为后世征信计，将从前关于此事之上谕，均不得载入国史。”于是有关多尔衮的档案概行销毁，以至《八旗通志》中的多尔衮传，记他死后的事也只寥寥数笔，后人很难弄清多尔衮死后遭到清算之事的本来面目。多尔衮死后不到两个月被追罪，全面清算，削爵，擢宗室，籍家产，罢庙享，断其后嗣，掘墓，开棺，鞭尸。
当时在北京的意大利传教士卫匡国在《鞑靼战纪》中记载说：“顺治帝福临命令毁掉阿玛王（多尔衮）华丽的陵墓，他们把尸体挖出来，用棍子打，又用鞭子抽，最后砍掉脑袋，暴尸示众，他的雄伟壮丽的陵墓化为尘土。”
多尔衮过继多铎的第五个儿子为己子，多尔衮获罪后,顺治命其归宗,即让他认回多铎为父,而让多尔衮死了,都没儿子送终.这也是实情。顺治勒令其归宗，是为着兵权。因为多尔衮掌握白旗，如果多尔衮死后无继承人，白旗就要收归天子掌管，这样收兵权就名正言顺。
另外，令旨不得去给多尔衮扫墓祭祀，让其不能得享血食，这算是封建时代最为严厉的惩罚了。此后百多年间无人敢论及多尔衮，直到乾隆四十三年“平反”，命多尔博的五世孙淳颖承继睿亲王爵位。
至于掘墓鞭尸，这好象是古人的一种流传久远的迷信，认为可以使死人下了阎王殿也受到痛苦，才可以去投胎。这件事是在顺治默许下干的。到了顺治十年三月，顺治亲政也有段时日，估计是体会到了当朝处政的艰辛，也尝到了坐拥天下的绝妙滋味，推己及人，想起当年对其亲叔父所做的过份了点，就下了一道诏书，说是睿王当年犯罪自然是他咎由自取，但是其陵墓被平毁也处置太过，因此命内务府重新修葺，殿柱用黑色，由信郡王多尼派人看守。又过了几年，有大臣上书要求为多尔衮恢复名誉，顺治处以流放之罪。
官书上载，多尔博以及东莪被发往多铎长子、信郡王多尼府中，加以看管。这以后就没有什么记录提到这二人的命运了。不知所终。
多尔衮死后不足百日便遭到清算，他的墓地当然要被严重损毁。写靼鞑日记的传教士当时并不在中国而是身在罗马，他对多尔衮死后被鞭尸扬灰的记述并不是亲临其事，而是根据友人的信件。另外汤若望也在他的日记里记载着生前尊荣无比的摄政王死后，他的骨灰被扬弃一说。
对鞭尸一说仍有怀疑，并不是说顺治还顾念亲情，以他对多尔衮的成见，怎么处置多尔衮的遗体都可以想象的到。但是满人当时还保留着入关前火葬的习俗，所以多尔衮死后和被清算前应该按礼火化，以后他的陵墓被平毁，根据朝鲜的记录，装有骨灰的金棺也被取出换成是陶器，这中间骨灰必有被抛洒，留有其一已经是万幸。
不管顺治有没有毁多尔衮的尸，他的坟墓是被毁了几次。从这一点看得出两个人的风度天差地别。皇太极对多尔衮有杀母，占位，夺爱(该打个问号，这始终是个谜)之仇，但皇太极的昭陵是多尔衮一手主持修建的，气势非常宏伟，是关外三大陵之首，到顺治八年完工。皇太极对他老子的坟墓也不怎么的，整整十七年也没弄出个样来，是到多尔衮手中才真正完成，福陵的建筑风格独具一格，也是到顺治八年才完工。他还把洪承畴当初被囚禁的三官庙改建成孔庙。看来多尔衮的精力真是过人，一边是九洲干戈，打不完的仗，一边是开国定制，收拾前明的烂摊子，一边大兴土木，修紫禁城，太庙，皇陵，一边还有满汉两头的政治权力斗争。
得祸原因
多尔衮得祸的原因，史书归罪为他想当皇帝。乾隆帝以为，这是“诬为叛逆”。他明白，中国历史上那些当了皇帝的人，包括他的父亲雍正帝在内，在他们没有当皇帝之前，有谁没有想当皇帝的念头和动作？想当皇帝的人，为什么当了皇帝就没有罪，没有当上皇帝就有罪呢？问题就在于做皇帝的怎样对待反对派。彭孙贻以为，多尔衮“初称摄政，次称皇父，继而称圣旨”，他拥有至高无上的权力，是没有称谓的皇帝。但多尔衮“无成谋，拥戴者骎骎，骑虎难下。”这是认为，多尔衮不是毁于政敌，而是拥戴者拍马招摇所致。中国第一历史档案馆存有一件当年审问多尔衮心腹刚林的档案，其中说：“刚林昼夜不断往默尔根王处阿谀奉迎”。多尔衮死后，他在以往的一片“皇父之恩浩荡”的呼声中败下阵来。对于反对派，如果多尔衮能像李世民收用魏徵那样，那就称得上胸有成谋了。或者退一步说，他生前能在反对派的挑剔监视下，严于律己，谨慎从事，与朝廷大臣之间的距离不要拉得太远，反对他的人就不会那样蜂拥而上，以至于让他死无葬
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