接着，清军渡长江，南京不战而克，朱由崧被俘，弘光政权灭亡。
这一连串的胜利不禁使多尔衮喜出望外，他以为天下就此平定，江山已归一统。五月底，他已对大学士们表示要重行剃发之制，六月初，正式向全国发布剃发令③。这好像是一根导火索，一下点燃了各地的抗清烽火。本来清军南下就打破了南明官绅“联清抗闯”的迷梦，鲁王政权、唐王政权已纷纷建立起来，这一下则更激化了民族矛盾，使各阶级各阶层的汉族人民纷纷起来抗争，其愤怒的情绪，如火山爆发，正如一首诗写道：“满洲衣帽满洲头，满面威风满面羞。满眼干戈满眼泪，满腔忠愤满腔愁。”①鲁王朱以海政权曾在十月给清军以重创，被时人评论为“真三十年来未有之事”②。唐王朱聿键政权也颇想有所作为，在仙霞岭一线设防备战，但终因这两个政权的腐朽，内讧不断，而被清军各个击破。
抗清力量的主体是李自成、张献忠农民军的余部和自发起义的广大人民。大顺农民军余部李过、高一功、郝摇旗等与南明何腾蛟、堵胤锡部联合抗清，在湖南等地连获大捷。张献忠牺牲后，大西农民军在李定国等人率领下，与永历政权联合，也接连掀起抗清高潮。其他如山东揄园军、山西吕梁山义军等亦在北方暴动，搞得多尔衮防不胜防。根据《清世祖实录》的不完全统计，从顺治二年七月起到五年七月止的三年中，关于反清斗争及清兵攻击农民军的记录就达一百二十条左右，而官书未载的小规模斗争更是不计其数。此外，还有明降将金声桓、李成栋、姜瓌等人各怀着不同的目的在江西、广东和山西宣告反清，也使多尔衮一时手忙脚乱。虽然各地起义由于各种各样的原因先后为清军镇压下去，但直到多尔衮离开人世，他也没能看到一个他所希望的“太平”天下。尽管多尔衮在战争中充分显示了他的军事才能，但由于他制定的某些政策失当，而引起连年战乱，并招致政治、经济等一系列社会恶果。
开国定制
在进行统一战争的同时，多尔衮也开动了整个国家机器，力图使其正常运转。在政治体制上，他无法完全采用在关外时期的一套来治理如今这样庞大的国家，而是接受了明皇朝的现成制度，并且任用所有明朝的叛将降臣，因而十分得心应手。在中央机构中，仍以六部为最重要的国家权力机关，尚书皆由满人担任，但王贝勒亲理部事的制度却在入关前夕废除掉了。到顺治五年，多尔衮于六部实行满汉分任制度，命陈名夏、谢启光等六汉人侍郎任汉尚书，但其地位要低于满尚书，金之俊对此曾表示不胜感慨，更不胜恐惧。
多尔衮力图表现得比较开明，因此除原有的都察院之外，六科十三道也保留了下来，并一再鼓励官员犯颜直谏。总的来说，中央机构中虽承明制，但也保留了某些满族特有的制度。除满官权重这一点外，还引进了议政王大臣会议、理藩院等机构，其内院的权力比起明代的内阁要小得多，并对原明臣试图增大内院权力的努力加以压抑③。地方机构不同一些，由于新朝急需用人，所以普遍任用了降清的汉官。如多铎克南京后，把南下途中招降的明将吏三百七十二人分别任命各级职务。洪承畴总督江南军务后，也一次推荐旧官一百四十九名，这些都得到多尔衮的批准。多尔衮把明朝遗留下来的国家机器全盘继承下来，乃是为适应清朝以少数民族入主中原而施行的明智之举，但急于补缺，宽于任人，难免把明皇朝的弊习带到新皇朝来。
对于吏治，可以说多尔衮是加意整饬的。明代胥吏之弊遗留入清，他曾批示：“衙役害民，从来积弊。如果有巨奸，即加重治，严禁重蹈明朝故辙。”如，发现吏部中有四名小吏，为害甚多，他批示道：“三法司严审追拟，毋得徇纵。”府、州、县守一级，贪劣者亦不乏其人。如牛金星之子牛铨，降清后任黄州知府，他在任上贪污受贿，被人举劾。多尔衮批道：“牛铨著革了职，并本内有名人员，该督抚按提问具奏，该部知道。”最贪酷的大员当属福建巡按周世科，其为非作歹，令人发指。被人参劾之后，多尔衮批示革职，并令督抚按审问定罪，最后将其就地斩首。此外，他还十分重视传统的京察大计，对各级官员严格考核。顺治七年正月，大计全国官员，对谢允复等八百一十六名官员分别加以革职、降调、致仕。
除整顿旧官之外，多尔衮还注意选用新人。他自称：“别的聪明我不能，这知人一事，我也颇用功夫。”所以自入北京伊始，便多次下诏各地征聘“山泽遗贤”。此外，在顺治元年十月的登极诏书中，还规定了重开科举的制度，并于顺治三年、四年、六年举行了三次会试，共取进士一千一百人。首科之中，出了四位大学士、八位尚书、十五位侍郎、三位督抚，还有都察院副都御史、通政司使、大理寺卿、内院学士等六位高官，如傅以渐、魏裔介、魏象枢、李霨、冯溥等均出自是科。其他人也都充实到中央和地方的各级机构中，成为新朝统治的骨干力量。
由于明末清初动乱不安，社会经济十分凋敝，而要想使社会安定，非恢复和发展经济不可。清军入关甫一
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