八月，华夏新军占领上海，宣布上海加入华夏共和联盟，实行新政，鼓励工商，引进资本和机器，发展近代工商业，各国外交官、商人和上海临时政府发表公报，公开对此表示支持。
与此同时，华夏共和联盟与太平天国苏福省李秀成达成《互不侵犯条约》、《友好通商条约》，并指定上海、青浦、嘉定、松江、太仓、吴县、嘉兴等地为通商口岸。
苏福省宣布，将在太平军占领的青浦、嘉定、太仓实行与上海一样的政策，鼓励工商，发展贸易。
看不到的底下，双方还达成一系列的合作，其中包括华夏联盟向李秀成提供五百条来复枪、两千条滑膛枪、二十门钢炮，十套小型电报站设备，二十套便携式电报机在内的一系列军用装备。
华夏联盟还将帮助苏福省在长兴建立弹药厂、机器厂，发展近代工业，苏福省则将向浙江和上海输出蚕茧和生丝。
九月，湖州清军向华夏新军投降，新军进入湖州，同时开始整编。
这次整编是华夏联盟为了应对新的情况，决定进一步扩充军队，其主要目的不再是为了防守，在多放压迫之下，湘军已无力发动攻势，联盟主要考虑到英国人地态度，所以这次整编地目的是在打造一支可以和列强相抗衡地陆军的基础上，进一步扩充机动力量，有余力同时应对两个方向上的战役。
这次整编确立了新的军队体系，主力野战军为华夏新军，设五个师，师下为旅，再为营、连、排、队，每队十人，一个排辖五个队五十人，一个连三个排，一个营三个连和一个直属警卫排，每个营还是五百人的编制，师、旅、营三极实行三三制，即一个师辖三个旅，一个旅三个营。
第一师由江浙新军整编，即原夏字、华字、海字三大营编为三个旅，组成第一师；每个旅补充一个新兵营，三大营各抽一个营为骨干，以江浙地方的新军为补充，组建第四师。第二师由福建新军整编，第三师由广东新军整编，其中包括配合石达开部作战的第三旅三个营；第五个师拥有特殊番号靖海师，一旅二旅驻台湾，三旅驻兰芳，也就是分别由这两个地方的新军整编而成，作战时再调动。
在原本华夏新军基础上整编五个主力野战师近三万人，将成为华夏联盟最强大的武装力量，同时以原本警备军为基础，民兵为补充，组建新的警备军，负责地方防守并作为野战师的的后备力量，计划每个省组建三个师，四万余人，作为地方治安和预备役的民兵也将扩充到十万人。
“新的扩军计划在当前是很紧迫的，不过四省建设也不容怠慢，两者如果都照计划进行的话，资金的缺口会比较大，”在核心成员召开的会议上，王韬提出了自己的担心，同样持有疑虑的还有容闳和黄胜等人，他们都不是反对扩军，毕竟就算加上四万警备军，总量七万的常备军在各方势力中间也算是比较少的，但考虑到华夏军的装备水平，需要投入的花费甚至比几十万太平军高上许多。
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