元·至元十三年（南宋·景炎元年，1276年）十二月初八（公历1277年元月），元兵由浙江抵泉州，蒲寿庚与州司马田真子献城降元。《泉州府志》转引《方舆纪要》：“宋·蒲寿庚据郡降元。”张世杰只得护送端宗匆遽移粤，经漳州趋潮阳。临行，抢走停泊在法石一带的蒲氏海舶400多艘。
蒲寿庚的降元，背后有一股强大的地方精英集团在支持他。他们对当地的政治和防务，都有很大的左右力量，如世居泉州、三代武卫左翼军统领夏璟，有调遣泉州军队之权的田真子，以援城功授永春县达鲁花赤的林纯子，“以全城功归诸故家”的颜伯录，蒲寿庚的党羽孙胜夫、尤永贤、王与、金泳等。
蒲寿庚降元，以所拥有的海舶交元军进攻残余宋师。元军将领董文炳率部抵泉时，擅解所佩金虎符赠蒲寿庚，此举事后得到元世祖的嘉许。元廷授蒲寿庚为昭勇大将军、闽广都督兵马招讨使兼提举福建广东市舶。（据杨清江、陈苍松《福建市舶司人物录》考证，蒲寿庚在元·至元十三年也只做了一年市舶提举，第二年即至元十四年换为忙古带。）
尽杀南外宗室
蒲寿庚降元后，尽杀南外宗室和，此事应是事实，但资料上对其时间和细节的记载却有些不同。
一说在至元十四年（1277年）七月张世杰自潮州从海上回军攻泉州城时。
明·何乔远《闽书》记：“明年（指至元十四年，1277年）七月，张世杰自海上回军攻城，寿庚遣其党孙胜夫诣杭求唆都援兵，自与尤永贤、王与、金泳协谋拒守，尽杀淮军、宗子之在城者。攻凡九十日不下，世杰解去。”
明·阳思谦《泉州府志》记：“及张世杰回军攻城，宗室又欲应之。寿庚置酒延宗室欲与议城守事，酒中尽杀之。”
郑思肖《心史》：“（景炎）二年丁丑（1277年），泉州素多宗子，闻张少保至，宗子纠集万余人出迎王师。叛臣蒲受畊闭城三日，尽杀南外宗子数万人。”
一说在至元十三年（1276年）端宗赵昰至泉时。
清·乾隆《泉州府志·拾遗》记：“宋主昰舟至泉，寿庚来谒，请驻跸，张世杰不可。或劝世杰留寿庚，则凡海舶不令自随，世杰不从，纵之归。继而舟不足，共掠其赀，寿庚怒杀诸宗室及士大夫与淮兵之在泉者。……”
《闽书》云：蒲寿庚“尽杀准军、宗子之在城者。”清·乾隆《泉州府志·拾遗》云：“杀诸宗室及士大夫与淮兵之在泉者。”但蒲寿庚究竟杀了多少人，历史资料说法不一。
宋宗室太祖派十二世孙赵由在元末完成的《璿源图谱》中说：“……南外宗室三千余人，悉为其（蒲寿庚）害。”
郑思肖《心史》说：“尽杀南外宗子数万人。”
《永春云台赵氏族谱》记杀五千余人。
赵氏《南外天源族谱》记杀三千人。
《宋史》说二千三百余人。
《泉州府志·纪兵》说：“尽害宗室千余人及士大夫与淮兵之在泉者，备极惨毒。”
日本·桑原氏《蒲寿庚考》引明·阳思谦《泉州府志》说：“尽杀宗室千余人……此当仅为男子能执武器者。”
据王寒枫《关于蒲寿庚几个问题的探讨》考证，估计蒲寿庚大概屠杀了六、七千人。其中：南外宗室三千余人（明·阳思谦《泉州府志》说，绍定间[1228—1233年]南外宗室有三千三百余人），淮兵二千五百人，士大夫不知数。
仕元
至元十四年（1277年），元朝于泉州设市舶司。四月，董文炳谒见元世祖时说：“寿庚素主市舶，谓宜重其事权，使为我捍海寇（指南宋残余势力），诱诸蛮臣服。”这正是元朝统治者重用蒲寿庚之用意。
至元十四年（1277年）七月，蒲寿庚任镇国上将军、江西行省参知政事（因张世杰回师围城，没有赴任）。
至元十四年（1277年）七月，南宋·张世杰从潮州回师泉州，“欲得蒲寿庚而甘心”，与义军陈吊眼、畲族许夫人等协力讨蒲寿庚，声势浩大。这是一场关系到蒲氏及其家族命运的生死决战，但当时元军主力不在泉州，守城兵力单薄，城内又有宋朝遗民内应，形势对蒲寿庚极其不利。蒲寿庚一方面派遣孙胜夫诣杭州求援兵，一方面与尤永贤、王与、金泳等部将“协谋拒守”，“晨夜血战”。十月，张世杰围泉州城70多天（首尾3个月）后，因元·元帅唆都等来援，被迫解泉州围南撤，复返广东。这场保卫战的胜利，沉重打击了残宋的士气和力量，基本上消除了闽南地区反复拉锯的局面，巩固了元朝在福建的统治。
至元十五年（1278年）三月，蒲寿庚任福建行省参知政事。八月，蒲寿庚任福建行省中书左丞，“镇抚濒海诸郡”。
至元十六年（南宋·祥兴二年，1279年）二月，蒲寿庚的舟师奉旨配合元军主力进击广东，“会追二王”，张世杰遗于崖山，幼主祥兴帝赴海死，宋亡。
至元二十一年（1284年）八月，蒲寿庚任江淮等处行省中书左丞兼泉州分省平章政事。
蒲寿庚对那些虽然怀旧但没有参与抗元斗争的宋朝故臣颇注意笼络。如推举原吉安知州庄弥邵、原刑部郎中庄弥大分别为肇庆路治中和广州路治中；对那些因故幸免的宋室宗子后来
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