虽然免除了做那个吃力而不讨好的火影，但新之助依然非常的忙碌。
而这倒不是纲手的大小姐脾气犯了，而是新之助自己决定对木叶所有的体制进行一次彻底的改革。
不过说到驱逐团藏这件事，新之助根本没有想到会那么的顺利，几乎是没等新之助率先发难，团藏就自己提出离开。
对于这样配合的团藏，新之助也没办法在说什么了。
其实团藏也用不着离开，因为他把根警戒部叛乱的责任都推给了那个根警戒部副手赤鬼满，而且团藏似乎软禁那些长老时也没有对他们做什么。
不过倒是那些长老的言辞让新之助颇感失望——他们打死也不肯承认自己等人被什么人软禁过，如果按照他们所说的团藏应该除了御下不严之外什么罪名都没有的了，可他们偏偏对团藏恨的咬牙切齿，理由当然是团藏居然用赤鬼满那种反骨仔给木叶造成了那么的的损失，所以团藏应该自杀谢罪之类的。
而长老们之所以这样做无非就是为了自己所谓的面子。因为他们这是既不想承认自己被软禁过，也不愿意就这样简简单单地放过团藏。
对于长老如此言行不一，新之助实在是没什么好感。虽然团藏已经知道自己在那些长老们心目中已经成了人人喊打的老鼠而选择离开，但新之助还是对那些除了添乱屁事也不能干的长老们是越看越讨厌！
而对于团藏为什么去投奔波之国，新之助还是简单的了解了一下。也许是历史纠错的原因吧，卡卡西还是带领了佐助、鸣人和小樱这个小组，而且他们也顺利的接到了那个所谓的c级保护造桥高手的任务。
不过，由于无论是卡卡西还是那三个孩子的实力照前世卡通都有了明显的提高，所以说这个任务的结局也大为不同。
虽然再不斩是死了，不过却不是鸣人他们当中任何一个人杀死的，而他只是被卡多另外雇佣的忍者杀死。至于水无月白，则被卡卡西带回了木叶村。
而对于那个火影世界第一伪娘，新之助现在自然没有时间搭理他，因为木叶村的改革已经让新之助忙的脚打后脑勺了，甚至连自己的家都没正经回过一次，所以研究白的冰遁血继当然就要放一放。
不过这件事也让新之助揣摩出团藏为什么去波之国了，要知道对于像卡多那种靠捞偏门起家的大富豪，就连新之助自己也对他的财富心动不已。所以团藏去波之国发展也绝对是谋划好了的！
不过既然团藏已经不再木叶了，新之助也懒得去管他。毕竟只要木叶内部没人跟新之助作对，那么木叶村可以说并不惧怕忍界任何一支势力！
而对于木叶村的改造，新之助决定参考一下地球上西方国家的制度。
首先他把木叶村所有与普通民众有关而与忍者并没有太大关系的琐事全部都推了出去，也就是让木叶村的军、政分家。
结果过程也比新之助想象的要简单，因为在木叶还是有很多有能力，有声望却不是忍者的人存在的，所以新之助让他们参与木叶村的建设他们也都很乐意。
为此新之助还是担心过火大名的态度，而火大名则更加开明。他甚至直接通过书信的方式告诉新之助，只要这种改革只限于木叶村，他新之助想怎么该就怎么改。
这样一改火影的工作立马少了一大半，而且这些琐事又不涉及忍者，所以木叶忍者内部也没有反对的。
对于忍者内部的制度，新之助也做了极大的改变，他上设了一个元老会，那些原来的没事干长老们新之助全都让他们进入当元老。而且新之助赋予了元老会以直接监督火影的权利，而元老会也有权要求火影对所做的一些重大调整对元老会进行解释。
而且新之助还害怕那些长老们闲着，所以他有直接设了一个议会，而议会的职责当然就是负责木叶村所有的琐事，可以说新之助把木叶所有大型建设的决定权都赋予了元老会，可以说这种制度完全是西方国家的上下院制。
而那些长老一个个都是对自己的新职务兴高采烈地接受了，因为在他们看来自己的职责不但有过去根的职责，甚至连过去只有火影才有权决定的琐事谈们也能决定大半！
而现任的五代火影纲手和猿飞日斩都对这种制度赞赏有加，而猿飞是直接看到了这种制度下对木叶行政能力提高的好处，至于纲手，她当然也对新之助这种在今后几年代替波风做火影的时间里减轻大部分负担的制度表示欢迎了！
至于将来波风水门怎么想，新之助也相信他没有意见毕竟像波风那样肯拿自己的命来换取木叶村安宁的人有怎么能不对这种大大有利于木叶村的制度表示欢迎呢？
至于基础的忍者组织，他把忍者组织划分为八个部，分别是明部、暗部、刑部、服部、文部、武部、医部和工部。
明部的职责是负责接待、整理所有外来的任务，并且还有权负责所有忍者任务的委派和对忍者执行任务情况的监督和考评。而明部部长和副部长的人选，则有右京和听说木叶村巨变而刚刚回来的阿斯玛担任。
暗部则被新之助划分为三大块，一个是火影专属的影卫队，不过新之助并没有委任卫队长而是直接将这项全力交由火影本人负责。
一个是情报大队，大队长由森乃伊比喜担任。
而情报大队下设三个支队，分别是执行特殊任务的特殊任务队，队长有疾风担任。
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