·史料：杰斐逊落荒而逃（《杰斐逊传》(美)约瑟夫·j.埃利斯）
另一个让杰斐逊在学术界风光不再的原因是埃里克·麦特里克1970年发表了一篇论文，评论了杜马·马隆和梅里尔·彼得森刚出版的杰斐逊的传记。
麦特里克略带冒犯地提出，对杰斐逊充满崇拜、庆贺其丰功伟绩的做法是否应该缓行。
他问道：“我们是否还应该考虑到杰斐逊性格中还有些特征，无论从哪个角度看都算不上英雄行为？”
这不仅仅指他（杰斐逊）对奴隶制的公开支持。身为弗吉尼亚州州长，他在美国独立战争中未能组织民兵开展有效斗争，而是在气势汹汹的英国部队来临之前，丢弃蒙蒂塞洛骑马逃窜，这件事是否是英雄行为？
1807年的《禁运法案》（ao）又是如何失败的？
杰斐逊坚持经济制裁会把美国从战争之中解救出来，全然不顾种种现象表明这种制裁的唯一作用就是摧毁美国经济。
……
·史料：杰斐逊的心结（《杰斐逊传》(美)约瑟夫·j.埃利斯）
杰斐逊曾在1779年到1781年任弗吉尼亚州州长，第一件事就发生在这个两年的任期内。
此时，弗吉尼亚正处于战时紧急状态，经济、后勤、政治一片混乱，在这种情况下，即便是最精明能干的政客也只会心生畏惧。杰斐逊本人喜欢安静的书斋生活，让他承担州长的重任，显得太不是时候了。
纵使杰斐逊百般努力，弗吉尼亚的经济还是一片混乱，大陆军在本州的征兵人数不足。杰斐逊批准弗吉尼亚最精锐的部队远征底特律，但徒劳无功。
很快，英国军队在本尼迪克特·阿诺德的率领下从切萨皮克湾长驱直入，横扫弗吉尼亚，将首府里士满付之一炬。
更糟的是，康华里将军麾下一队骑兵部队突至夏洛茨维尔，差点在蒙蒂塞洛抓住杰斐逊。
整个弗吉尼亚都在议论杰斐逊最后一刻骑马逃跑的可耻行为，这很不公平地暗示着他胆小怯懦，玩忽职守，让整个州陷于英军的铁蹄之下。
弗吉尼亚州议会甚至通过决议，对他的行为展开调查。后来调查不了了之，最终的决议正式赦免了他的一切不当行为。
虽然战争的发展超出了所有人的控制，但杰斐逊作为领导人难辞其咎。失败的污点伴随了杰斐逊的一生，当他1796年和1800年两次竞选总统时，这些事总会再次发酵。
杰斐逊意识到自己性格敏感，不能适应危机时期人们对领导人的苛刻要求。至于这段经历对其情感上的影响，杰斐逊向朋友吐露道：“这伤痛刺骨，一生难愈，只有进了坟墓方可了却。”
……
史料：杰斐逊的种族主义（《杰斐逊传》(美)约瑟夫·j.埃利斯）
一直以来，杰斐逊最令人反感的一点便是他深信黑人天生低等，无法与白人和平共处。
控方的主要观点来自历史学家保罗·芬克曼（an），当时执教于弗吉尼亚理工大学，主要的指控是针对杰斐逊的虚伪。
芬克曼指出：“因为杰斐逊是《独立宣言》的作者，对他在奴隶制问题上的立场做出考评时，要考虑的不是他是否优于同时代最恶劣的势力，而是他是否领导了最优秀的那部分人。”
答案显而易见：“杰斐逊考评不合格。”
芬克曼认为，杰斐逊是一个彻彻底底的种族主义者，在杰斐逊眼里，黑人与白人根本不可能相互平等地一起生活。并且，在废除奴隶交易或者限制奴隶制向南部之外地区蔓延的问题上，杰斐逊并没有表现出十分真诚的态度，他对于如何逐步实现解放奴隶的思考亦是如此。
他所钟爱的蒙蒂塞洛和他的奢靡生活，都是奴隶们辛苦劳作换来的。
芬克曼认为，给杰斐逊冠以“自由之父”的盛名是一种误导，说得严重些，甚至让人生厌。
……
·史料：杰斐逊的私生子（《杰斐逊传》(美)约瑟夫·j.埃利斯）
弗吉尼亚大学退休的病理学家尤金·福斯特博士带领的一支科研团队，从一名在世的杰斐逊后代身上取得了含有杰斐逊y染色体基因的血液样本，同时也从海明斯几位后代身上取得了血液样本。
检测结果发表在久负盛名的科学杂志《自然》（nature）上，并在1998年万圣节那天向媒体公开。结果表明杰斐逊与萨莉最小的孩子埃斯顿·海明斯（es）的基因相匹配。样本的配对成功完全是出于偶然的概率不到千分之一。
这就构成了确凿的证据，表明杰斐逊跟萨莉至少生育过一个孩子，结合先前的间接证据，可知两人很可能存在长期的性关系。如果托马斯与萨莉的故事是美国历史上最长的一出肥皂剧，那么现在终于接近尾声了。
……
我们都知道，杰斐逊生活在美国充满矛盾冲突的历史时期，性格复杂，难以捉摸，因为他提出了现代史上最为鼓舞人心的平等主义思想，而他家中却拥有200名奴隶。
现在我们又知道，杰斐逊曾宣称种族通婚的前景极为可怕，并将其视为难以终结奴隶制的重要原因，而自己却又与一名女奴生了好几个孩子，
在基因比对结果出来之前，人们也许会认为杰斐逊的生活充满矛盾，现在我们可以确定，他的生活充满谎言。
……
我们无法确定杰斐逊与萨莉·海明斯保持关系时的情感状况，但我们有理由相信，二人的恋情由来已久，
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