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在同盟会把隆武纪元改为宪历的争议声中，随着许用和陈永华的福建宣政院成立三个月后，在八月上旬，刘中藻的福建行政院正式成立。行政院作为同盟会的省级行政机构，隶属于同盟会总部中枢的行政司。在行政院之下，又设立吏政、户政、财政、学政、农政、商政、邮政诸署。
刘中藻作为院理长，负责吏政以及行政院全局统筹；张肯堂负责户政、农政；为官清廉的曾樱负责财政、邮政；陈永华的父亲陈鼎负责学政，把倡导新学为主的同盟公塾从崇明移植到福建；还有身为华商会福建分会大掌柜的周福生，兼任商业署理事长。
除了刘中藻的行政院之外，高旭又授权路振飞组建都察院。都察院也就是御史台，作为政fu的监察系统。但是高旭授权都察院的并不是风闻奏事的权力，所谓风闻，不过是浮言而已，要弹劾就要讲证据，以品德、传言为理由发动弹劾的御史会被撤职。
“路院理，如果御史要弹劾一个官吏，必须要以事实与数字说话。比如他贪了多少钱，害了多少人，劫了多少色。如果无凭无据，御史的弹劾就不成立。”
在都察院成立之初，高旭就如此对路振飞说道。路振飞曾任都察院监察御史、福建巡按御史、河南按察司检校、上林丞、光禄寺少卿、右佥都御史等职。对于御史弹劾的流程也极为熟悉。面对高旭如此要求，路振飞忧虑道：“总理事，要收集证据，就需要大量的人力物力支持，光凭着御史的个人能力，万万难以做到。”
路振飞的忧虑也不无道理，历来的御史不乏有正直之人，但他们个人却没有办案能力，除了靠风闻之外，要搜罗证据，着实在他们的能力范围之外。高旭沉思一番之后，决定把后世的廉政公署这个机构搬过来。有了廉政公署，这样都察院就有了独立的调查与会计组织，有收集证据的能力，要对官吏发起弹劾，也就言之有物，而不是全靠风闻办事。
同盟会的省级执政框架搭建起来之后，接下去就是任命各级官吏。对于刘中藻提交上来的名单，高旭在原则上自然是同意了，但高旭提出了三个月的公示期以及试用期，要等通过了三个月后的同盟会会试之后，这些官吏才正式成为同盟会的会务员，成为同盟会的各级执政者。同时，路振飞的都察院廉政公署也开始正式筹建，一旦有了独立审查能力之后，将对这些官吏进行调查筛选。
要想把福建建设为一个稳固的后方根据地，设官理民，恢复社会生产秩序是必须的。当初李自成为什么兵败如山倒，就是因为他的流寇思想在作怪，每占领一地，就像蝗虫一样侵蚀一空，在经济上完全靠打土豪，抄官绅来维持，而没有设官理民，恢复生产。但是，高旭因为有了海商阶层的支持，凭着巨额的海上贸易利润以及华商会这个吸金组织，已完全解决了资金问题，也就无需采取李自成那样极端的政策，从而能得到一部分士绅的支持。
高旭在军事上，凭着同盟军的旭卫镇和安义镇光复了福建全境；在政治上，又凭着刘中藻、张肯堂、路振飞、曾樱、陈鼎这批支持同盟会事业的本地官绅稳定了局势；在经济上，又凭着华商会接受了宏大的郑氏商业遗产。然后，就是如何利用福建省丰富的战略资源。
对于日益扩军的同盟军来说，崇明的高氏工坊已满足不了同盟军对军械的需求。而福建有煤，有铁，有丰富的林业资源，也有丰富的水力资源。无论是军械制造所需的煤铁，船舶制造所需的木料，还是高旭倡导的水力机械化战略所需的水力，福建都有。
明代福建的冶铁业极其发达，泉州府的安溪，漳州府的龙溪，还有延平府的尤溪县，都是有名的冶铁中心。这福建省内为数众多的冶铁中心之中，高旭经过慎重考虑，决定在位于福建省腹地的延平尤溪县，开拓一个尤溪基地，作为高氏工坊的补充。
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