一、反对“宏愿学校”风波建立“宏愿学校”的想法，是马来西亚教育部“教育政策研究和策划组”于1995年提出来的。根据该组提呈的《宏愿学校——概念与执行计划书》，设立“宏愿学校”的目标，是让各族儿童在小学时就培养成一同学习和相处的习惯，以便塑造一个团结的马来西亚社会。具体做法是将华小、国小及淡小的三个不同语文源流学校建在同一个地点范围内，实行分别管理，分别教学，但要共同策划和进行课外活动，并共用礼堂、草场、食堂和图书馆等设施。
每一种源流的学校有各自的校长，其中一位校长则被委任负责协调各校的工作。教师亦可共用。最主要的是规定课外活动的媒介语为国语一马来语。
宏愿学校的原型是1985年柔佛州的哥打丁宜开办的“南亚综合学校”，该校已于1997年6月16日正式落实“宏愿学校”计划时改为宏愿学校。该项计划提出后，遭到了以董教总为首的华裔社会的反对。根据《联合早报》2000年7月27日报道，董总主席郭全强就曾指出，有关计划书曾提到：“国语（马来语）作为各源流学校一致的媒介语，是最重要的一环，而且必须逐步全面实行”，所以，若宏愿学校以这个目标为基础，董教总将会全力反对。
针对华裔社会的反对态度，教育部长慕沙莫哈末则强调，虽然董教总已经表明反对宏愿学校计划，但是，有关计划势在必行。他说，若任何学校愿意参与宏愿学校计划，那么教育部将会为他们设立宏愿学校，“我们不会强人所难。”据《星洲日报》报道，他也说，教育部不会以1986年“学生交融团结计划”取代“宏愿学校计划”，因为这是两个不同的概念，不能混为一谈。
2000年12月10日，马华公会中央委员会在芙蓉召开第七次中委会，会议决定，也将不再推动宏愿学校计划，而是支持推行1986年学生交融团结计划，这项计划是鼓励邻近不同源流学校联合主办课外活动，让学生共同参与，以促进交流与团结。至于政府已经批准建立的两间宏愿学校（分别位于雪兰莪的首邦市和柔佛的柔佛再也），马华也承诺将对其予以监督。而这之前已被教育部列为宏愿学校的五家华小，由于董事部决定不接受安排，政府也尊重并接纳董事部决定，不会强迫这些学校改为宏愿学校。
尽管华裔社会反对，马来西亚政府的宏愿学校计划仍在进行。根据《南洋商报》2002年4月18日报道，教育部当年正在兴建8家宏愿学校（原计划是14家），其中2家已建峻，分别为霹雳本律宏愿学校和雪兰莪梳邦再也宏愿学校，并预计于6月正式开课。其他正在建设的6家为吉达州阿曼花园宏愿学校、霹雳巴里文打新镇宏愿学校、霹雳马当宏愿学校、槟城北海斯里打锡宏愿学校、森美兰芙蓉宏愿学校，以及柔佛末加昔斯里可那岸宏愿学校。
2005年，马来西亚华校教师会总会召开第54届教总理事与各属会联席会议，在议决的七项议案中，仍坚持反对政府贯彻“一种语文、一种源流”的宏愿学校计划。
二、反对英文教授数理科风波2002年5月初，吉达州古邦巴素巫统区部代表大会通过提案，建议教育部增加学校的英文课，并将某些英文科目改为英文教学，以提升国民的英文水平。随后．马来语各大报纸大肆渲染有关课题，甚至倡导恢复英文源流学校。首相和教育部长也表示，如果人民需要，政府可以考虑重新设立英文学校。不过，5月8日的内阁会议以不符合国家教育政策否决了恢复英文学校的建议。然而，10日的巫统最高理事会却做出决议，从2003年起，国民小学一年级开始试行英文教授数理（数学和科学）科目。6月15日，首相hir进而宣布，小学和中学的每个年级将同时以英文教导数理科目。7月19日，教育部长正式宣布，从2003年起，全国小学和中学的一年级以及大学先修班的第一年全面以英文教授数学和科学。为配合这项措施，也从2003年开始，政府的各项考试中，数理科将同时以国、英两种文字出题，学生可选用其中一种语文作答，过渡到2008年，政府的各级考试将全部以英文命题。至于华小和淡小是否同时实行这一措施，尚未做出决定。10月22日，国阵最高理事会开会并宣布，各成员党原则上同意各源流小学以英文教授数理科，只是在方式上华小与国小和淡小有所区别，与此同时，国阵华基党受命在一个星期内提出华小推行英文教授数理科的方案。31日，国阵再次召开理事会，通过了所谓的“2-4-3”方案：华小一年级除每周2节英文外，还用英文教导数学4节，科学3节。在这个方案之下，华小仍有6节数学和3节科学可以继续用华文教授，首相表示，这是巫统和马华公会等互相让步达成的方案。
政府做出这项教学改革的理由，是认为数学和科学领域发展迅速，而这当中绝大部分有关的资料，都是以英文来呈现的。这样，为了确保学生能够通过种种渠道汲取这些信息，以掌握数学和科学的知识，进而提升在国际上的竞争力，才决定推行以英文作为数理科教学媒介语的措施，并借此培养具备英文掌握能力的新生代。
2003年新学年开始后，各源流学校便按这一计划实行以英文教授数理科目，具体情况为：国小：保留原有的8节英文课；原有的7节数学（马来文媒介）全部改用英文来教
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