宁远之战图(清人所绘)
王在晋调走后，山海关的防务采取并贯彻了孙承宗与袁崇焕主守关外的战略。此后，经数年艰辛的努力，布置成一道坚固的关（山海关）宁（远）锦（州）防线，成为后金骑兵不可逾越的障碍。从努尔哈赤到皇太极，始终都没能完全打破这道防线。在屡次碰壁之后，迫使他们望宁远而却步。这道防线不仅确保了山海关免受攻击，而且在此后的二十余年间，基本上稳定了辽西走廊的战局。
天启二年八月，孙承宗被任命为辽东经略。他即着手实施其欲保关门，必先固辽西；欲复辽东，亦必先固辽西的战略计划，积极部署宁锦防线。
首先大力整顿了关门防务。“是时，关上兵名七万，顾无纪律，冒饷多。承宗大阅，汰逃将数百人，遣还河南、真定疲兵万余。”“乃定兵制，立营房，五人一房，三千一营，十五营为三部，而将帅以营部为署。兵不离将，将不离帅，教肄分而稽核便。”经过整顿，使“兵将一清”，提高了关门守军的战斗力。
在关门防务上，“并夹城之役，修筑关城，南防海口，北防角山。水则从望海台出芝麻湾，三面环海，安大炮为横击。陆则三道关之石城，可顿万人，开突门力夜击。北水关外，有峻岭筑号台十一，置炮以防外瞰”。经五个月的惨淡经营，稳定了关门局势，并为恢复辽西失地，强固了根基。
同时是修筑宁远城。天启三年（1623）九月，孙承宗命祖大寿修复宁远，并令驻军尽速恢复山海关至宁远沿线被焚弃各城。召辽人回故居，垦荒屯田，重建家园。又发展采煤、煮盐、海运等事业，以充实民力，
明末辽东形势图
确保军需。宁远城竣工后，调袁崇焕镇守。孙承宗自己则坐守山海关，并备前屯，充当其后盾。在袁崇焕的精心治理下，宁远“商旅辐辏，流移骈集，远近望为乐土”，成为一座进可攻、退可守的军事重镇。
随着宁远城守的日渐巩固，明军防线不断延伸。天启五年（1625）夏，孙承宗遣将分据锦州、松山、杏山、石屯及大小凌河各城。这样，自宁远又向前推进二百里，从而形成了以宁远为中心的宁锦防线。
孙承宗所在辽东的四年，与天津巡抚李邦华、登莱巡抚袁可立遥相呼应，“关门息警，中朝宴然，不复以边事为虑矣。”按照战功来衡量其的经略，似乎孙承宗有些碌碌无为。然当时的兵部尚书王永光对孙承宗和袁可立的一番作为作过很中肯的评价：“兵家有云，善战者，无赫赫之功！熊督师之所以打的都是小仗，是因为建奴知道他能打仗，加上袁军门的水军牵制，后金不肯来碰他的霉头，所以两年下来，熊督师和袁军门才一直没有大的战绩，但反过来说，熊督师也在无形中为朝廷省下了许多军费，确保了山海关安然无恙。”
自请罢官
四年来，孙承宗重用袁崇焕等一大批忠直的文武将吏人才，边防大备。“自承宗出镇，关门息警，中朝宴然，不复以边事为虑矣。”不但扭转了原先的那种颓败之势，且整个形势变得越来越好。正当他锐意恢复之际，却遭到了来自魏忠贤的打击。首先是阉党份子宋祯汉等攻击登莱巡抚袁可立，于天启四年初被罢官，使孙承宗失去了左膀右臂的策应。
孙承宗手书澄海楼匾额“雄襟万里”
孙承宗功高权重，誉满朝野；魏忠贤为长久把持朝柄，一心想把孙承宗也拉到自己一边，故进行过多次试探，但均遭到拒绝，由此怀恨在心。天启四年（1624）十一月，孙承宗西巡至蓟、昌，报请以十一月十四日入朝贺万寿节，并面奏机宜。魏忠贤得知，恐其拥兵“清君侧”，大惧，“绕御床哭，上亦为心动”，当即命内阁拟旨，以“无旨擅离信地，非祖宗法”为名，令其返关。孙承宗无奈，只好返回。事后，阉党利用这件事攻击孙承宗“拥兵向阙，叛逆显然”，但熹宗没予理会。
天启五年（1625）魏忠贤派太监刘应坤到山海关，以帑金十万两犒军，为承宗所鄙视.。同年八月，柳河之败，导致了孙承宗的去职。山海关总兵马世龙，误信自后金逃归的“降虏生员”刘伯镪的话，派兵渡柳河，袭取耀州，中伏遭败。阉党借口马世龙损失马匹六百七十匹、甲胄等军用物资，围攻马世龙，并参劾孙承宗。孙承宗气极，连上二疏，自请罢官。九月，返乡。
再度出山
孙承宗辞职以后，兵部尚书高第出任辽东经略。高第为一文人，既不懂军事，也没打过仗。他一到任上，即一反孙承宗的部署，下令拆撤宁锦防线。关外驻防将士除镇守宁远的袁崇焕拒不从命外，其他诸城均撤一空。因而使孙承宗数年心血毁于一旦，明朝在山海关及其关外的军事形势顷刻陷入一场新的危机。只是由于以袁崇焕为首的广大将士的浴血奋战，才使明军在天启六年正月、天启七年五月相继取得“宁远大捷”和“宁锦大捷”，奇迹般地挡住了后金的凶猛进攻，从而不仅使宁锦防线经受住战争的考验，且使明朝避免了由于高第的错误军事决策而导致的军事大溃败。
崇祯二年（1629），皇太极率军避开宁锦，绕道内蒙，从喜峰口突入塞内，相继攻陷遵化、迂安、滦州、永平，直指北京。此事所谓“己巳虏变”。
一时，明廷乱作一团。而袁崇焕的下
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