太平军抵达金陵城下，威胁镇江、瓜州，清廷大为恐慌。
金陵当时称江宁，是江南的名城，南中国政治、经济、文化中心，战略地位十分重要。它城墙高厚，周长九十余里，西北两面濒临长江，东依钟山，附近丘陵环绕，形势险要，向有“龙盘虎踞”之称。江苏清军共有绿营兵三万余人、八旗兵数千人，但是分守各个要点，能机动的兵力不足万人。
太平军攻占武昌后，陆建瀛从全省抽调绿营兵四千八百人，其中三千名被他带到上游防堵（老鼠峡被消灭），另外一千八百名留守金陵。金陵设有江宁将军，辖旗兵三千余人。太平军攻抵金陵时，城内有旗兵、绿营兵共五千余人，另有江宁布政使祁宿藻临时募集的勇壮**千人，协助防守城池。
同时，咸丰加紧抽调文武大员救援南京，咸丰帝严饬新任湖北按察使江忠源、寿春总兵邓绍良带所部军马赴钦差大臣向荣营中听令，又抽调大批浙江士兵向南京进发，救援南京（没到金陵就被太平军攻占了）。
清廷的总体布置是：江宁将军祥厚负责主持南京防御，江苏巡抚杨文定负责守镇江，漕督杨殿邦据守瓜州，钦差大臣向荣率部自江西驰援南京，钦差大臣琦善自江北驰援瓜州、扬州，企图将太平军尽数歼灭于南京城下。
小皇帝不通事务，一番部署与赵括、马谡二位纸上君子不相上下，试想，顺江而下的太平军足有六七十万之众，即使去除老弱，有战斗力的军队至少有十万，精锐老兵也有三四万，而清妖江南江北合起来统共才几万清军，守城尚嫌不足，又怎么能够去打野战、歼灭战？于是，向荣和琦善两大钦差大臣统统借故拖延，寻找理由拒绝参与南京会战，两员大将心下雪亮，眼前的局势正是：“先到先败，后到后败，同到同败，不到不败”（曾国荃名言）。金陵城很难守住了。
金陵城虽然危在旦夕，城内文武大员的内斗却还是进行的如火如荼。满清在巡抚之上又设总督，督抚同城办公。总督虽然名义上是巡抚的上级，但是，实际权力却并不比巡抚大，并不能干涉巡抚理政，是故有清以来，督抚就经常争斗不休。
早在太平军刚攻占安庆时，总督陆建瀛和巡抚杨文定就因为芜湖一代的防御部署吵得不可开交，杨文定、祥厚等人决定联合起来，赶走陆建瀛。
南京的官员先给总督陆建瀛写信，表示不欢迎总督回省，陆建瀛厚着脸皮回来后，闭门三日，并无属官上门问安、办公。巡抚杨文定早就想脚底抹油了，只是苦于没有合适借口逃离这个是非之地，于是，杨文定自称无法与总督陆建瀛合作，只得出走，企图把自己出走的责任推给总督陆建瀛。
此举正中陆建瀛的下怀，陆大总督正在盘算着趁乱把南京城的银粮盘回家去，赶走杨文定自己正好办事。陆建瀛打定了赶走杨文定的主意，便出言讥讽杨文定是要赖在南京等两江总督的缺。而杨文定在搜集到自己确系陆建瀛逼走的证据后，火速撤离，赶往镇江。就这样，南京最大的两位官员，一为钱，一为命，在战前把南京糟蹋得不成样子。
等到1852年3月8日，咸丰三年一月二十八日，太平军前锋李开芳部开抵南京，抵达金陵城西南善桥一带，与清军遭遇。武汉自南京沿江路途一千八百里，李开芳部竟然只用了一个月就攻至金陵，平均每日进军六十余里，沿途清军抵抗的十分微弱，实在是令人震惊。太平天国对沿途百姓示以仁义，“见有乞丐，摺掷钱数百文”（《金陵被难记》），只是异常残忍地迫害和尚，附近和尚被杀无数，南京周边各寺庙和尚纷纷入城避难（圣战？）。
3月9日，李开芳率数百人占领雨花台，并乘势奔过吊桥，直薄城下。当天，水师前锋亦至，分泊大胜关至草鞋峡一带江面。3月12日，太平军水陆大队继续赶到。同日，分兵占领浦口，并完成了对金陵的包围。金陵城垣南北略长，太平军陆师攻南端的聚宝门（今中华门），水师攻北端的仪凤门，以便发挥水陆两军的优势，并迫使清军分散兵力。
金陵城经总督陆建瀛、巡抚杨文定两个浑蛋一顿胡整，固若金汤、龙盘虎踞的名城已经破落不堪，仅有正规军五千人守城，而围城太平军有多少呢？汪士铎述太平天国攻南京时人数说：“其勇犹可（百人困一人则胜矣），其众难敌也。破江宁日，口称二百万，七八十万人足数也~~~故或登三山门望之，自城外至江东门一望无际，横广十余里，直望无际，皆红头人~~~故既众且整，吾人望之夺气”（《汪悔翁乙丙日记》）。
同时，在太平军围城后，城内的天地会会众不断在城内散布流言，导致城内人心惶惶，清兵们的守城意志也不断瓦解。
就是在这种情况下，太平军开始攻城。太平军选定北面的仪凤门为突破口，并决定采用行之有效的穴地攻城法（太平军攻城绝招）。
仪凤门外约半里有静海寺，太平军以此为掩护，挖掘地道，埋设火药，准备攻城。与此同时，南面聚宝门外的太平军则在白天将大炮架设到报恩寺塔上，猛烈轰城，夜间则搬出寺内的五百罗汉，以为疑兵，诱使清军彻夜*，不得休息。其它城门外的太平军则派出小股部队进行袭扰，掩护北门外的太平军正在进行的攻城准备工作。
3月19日拂晓，太平军将地洞内火药点燃，炸塌仪凤门附近城墙约二丈
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