有了约翰帮助，杰德倒是不用去操心合作细案问题，于是他全部精力就转移到了《十二猴子》制作计划中来了。为了好地理解剧本，杰德特意委托朋友从法国那边借来了《堤》这部电影。这是一部于1962年发行长达28分钟科幻短片，因为篇幅有限，所以实际上这部电影故事并没有讲述完整。这是一部关于时空旅行电影，主角年幼时候目睹了一场死亡，他总觉得这场死亡和自己有某种神秘联系，可是却无法找出这种联系。直到男主角长大成人后，他被派遣参与一次时空旅行计划，他才赫然发现，原来自己童年目睹死亡就是自己死亡……28分钟不足以将这个故事演绎得多么完美，但是其中情节运行却非常漂亮，甚至杰德看完之后都惊出了一身冷汗。除了情节吸引人之外，《堤》这部电影也创造了一种全拍摄首发，即电影用定帧静止画面来表现一个人思维随便。这种拍摄手法后世几乎是所有导演都会，但是这个时代无疑是这部电影带来创。
看完《堤》之后，杰德便开始研究起《十二猴子》剧本。时空旅行中有中有个著名悖论就是“祖父悖论”，即时空旅行者到底能不能回到过去杀死自己祖父。如果时空旅行者杀死了祖父，那他后世就不会出生，那么他也就没有办法从后世回去杀死自己祖父。如果这个悖论无法被解释话，那么所谓时空旅行也就不可能存。为了解释这个悖论，科学家提出了许多理论来修正，但目前被信服是“平行宇宙理论”。即如果时空旅行者杀死了自己祖父，那么这个宇宙就出现了偏差，将不是时空旅行者所经历过那个历史时空，等于以后所有事情都会发生变化。这个解释虽然很合理，但也让不少人失望。因为不少人时空旅行动机就是想回到过去，修正某个历史事件，这点倒是很类似后世所谓穿越小说。但是祖父悖论和平行宇宙理论已经很残忍地说明了，这样事情不可能发生。实际上除了平行宇宙理论之外，还有一个比较冷门解释名为“诺维科夫自洽性原则”，他们认为如果时空旅行者回到过去妄图改变历史话，那么必然导致两个结果中一个，一是这件事无论如何都无法发生，即时空旅行者想改变历史事件时候必然有许多其他事件来阻止他；二是他改变这件事之后，历史会推演出多事情来修正这件事，导致历史必然发展下去。简单来说，历史就是一件命中注定事情，时空旅行者是无法改变终结果。而《十二猴子》引用原理就是“诺维科夫自洽性原则”，电影中若有若无地宣扬了“宿命论”。
235年地球，人类遭遇了一场可怕瘟疫之后，只有1人类地底下苟延残喘。为了阻止当年那场瘟疫发生，囚犯詹姆斯非自愿情况下被强迫送到原来时空里去拯救人类。但是第一次时空旅行并不顺利，詹姆斯没有来到瘟疫爆发1996年，而是被送到了199年。由于詹姆斯不情愿情况下来到这个世界，于是就大肆宣传未来世界一些事情，不出意外，他被送进了疯人院。疯人院里，詹姆斯结识了病毒学家儿子杰弗里。杰弗里事实上也不是个疯子，只是由于他思想过于激进而被送进了疯人院。出乎人意料是，杰弗里和詹姆斯成了好友，杰弗里不仅相信詹姆斯所有话，是想办法帮助詹姆斯逃出了疯人院。随后，詹姆斯被未来科学家接了回去。第二次时空旅行则比第一次要靠谱许多，詹姆斯终于来到了病毒爆发前费城。根据詹姆斯调查，他发现一个很重要问题，他好友杰弗里仿佛就是病毒事件元凶。因为杰弗里是一个极端动物保护主义者，因此他对用动物做实验父亲非常痛恨，因此他计划绑架自己父亲并释放所有动物，而詹姆斯则怀疑这些动物就是导致瘟疫大爆发元凶。可是随着调查深入，詹姆斯不得不承认一个事实，如果不是自己来到这个时空，那么瘟疫爆发反而有可能不发生。正是由于自己阻止，导致整个历史都错乱了，而历史为了修正发展而导致了瘟疫出现。
杰德合上了剧本，目前看来剧本问题不大，但是细节上会有些问题，这里需要杰德去联系一些未来学家和相信时空旅行物理学家及社会学家来修正下剧本瑕疵。除此之外，对于未来世界描写将是整部电影亮点所。一般来说，科幻电影里，未来世界已经高度发达，但是《十二猴子》里，由于病毒侵袭导致人类文明其实1996年就土崩瓦解了。杰德忽然想起自己曾经看过一部纪录片，叫《人类消失后世界》。这部纪录片里，人类只是突然消失了，而地球将人类消失后如何发展就呈现这部纪录片里。这部纪录片设定和《十二猴子》有点相似。瘟疫大爆发速度非常，人类几乎没有任何反抗就被病毒征服。没有彗星撞地球，也没有超级火山大爆发，没有大地震大海啸，人类就这样束手就擒了。因此未来世界几乎保留了人类文明所有产物，只是再也没有人呵护他们了。杰德将这个想法跟卢卡斯说了，希望工业光魔能建立起一整套未来城市模板。
卢卡斯听完杰德描述之后，也吸了一口冷气，他不是没有幻想过未来世界，但是如杰德描述这样反而是他未曾想过。卢卡斯脑海里已经浮现出了一副纽约城变成大森林画面，虽然美丽但具视觉冲击力。
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