上条与挂在阳台上出现的茵蒂克丝相识，并请她吃东西。
上条与茵蒂克丝在宿舍分别后去学校补习，月咏小萌老师出场。
下午——傍晚时分
佐天从网上下载到载有「幻想御手」的音乐cd，找到初春饰利。
美琴、白井与木山春生在医院外的喫茶店内聊天，佐天和初春半途加入。
各自分别后，美琴察觉到附近有上条的存在，前去找他。
下午——晚上
补习后的上条在回宿舍的路上遇到美琴，不过美琴却被上条哄吓住，两人就此分别。
回到宿舍的上条见到倒在血泊中的茵蒂克丝，与前来追捕她的魔法师史提尔·马格努斯交战。
上条利用消防洒水器，淋湿了史提尔的符文卡片，封死了他的必杀技「狩猎魔女之王」，将史提尔击败，并背着茵蒂克丝从宿舍逃脱。
上条将负伤的茵蒂克丝带往小萌老师家，茵蒂克丝借助小萌老师施展「恢复魔法」治愈伤口。
7月21日
上午——
茵蒂克丝苏醒，上条开始借住小萌老师家里让她疗养身体。
白井黑子从初春以及木山春生处调查到「幻想御手」的实体是音频软件，于是前往某交易地点调查。
在交易地点出现的佐天被不良混混抓住，白井及时出现并与不良们展开战斗。
白井用摧毁废弃大楼的办法战胜了拥有「偏光能力」的不良头目。
7月24日
上午——傍晚
佐天的友人因使用了佐天提供的「幻想御手」而陆续昏迷，佐天泪子在与初春通电话后也陷入昏迷，全员被「冥土追魂」的医院收治。
赶到医院的美琴与白井从「冥土追魂」处得知需要用木山春生的脑波来制作「幻想御手」，判明犯人。
前去与木山春生谈话的初春无意中发现她的秘密，被木山带走。
木山利用「幻想御手」所得到的「多重能力」，将拦截她的警备员全部击溃。美琴赶到出事现场与木山对峙。
在交战中，美琴慢慢得知了木山春生的过去。随后的交战过程中，从木山春生身体之中泄露的aim扩散力场形成了一个形似胎儿的迷之生物体「幻想猛兽」。
美琴与处于暴走状态中的「幻想猛兽」交战。
初春饰利在警备员的帮助下播放木山给予她的「幻想御手治愈音频程序」，「幻想猛兽」防御能力被瓦解。
变弱的「幻想猛兽」最终在美琴的「超电磁炮」攻击下消失。
木山春生被逮捕，因「幻想御手」而昏迷的人群全部苏醒，「幻想御手」事件结束。
初春去医院看望已经苏醒的佐天泪子。
晚上——
茵蒂克丝痊愈，上条决定带她去澡堂洗澡。
在去澡堂的路上上条初次遇到了同样前来追捕茵蒂克丝的魔法师·神裂火织。
上条在与神裂的交战中败北，被神裂击晕。
「幻想猛兽」战斗结束八小时后，美琴与白井因违反宿舍的门禁时限被常盘台中学宿舍的舍监逮住。
7月25日
作为违反门禁的处罚，美琴与黑子两人负责打扫学校的游泳池。
7月26日
女杀手史蒂芬妮·哥杰斯巴莱斯否定同行砂皿致密的狙击暗杀风格。
7月27日
晚上——
昏迷三天后的上条当麻苏醒，并从神裂和史提尔口中得知午夜时分将要消除茵蒂克丝的记忆。
心有不甘的上条从小萌老师通电话中得到启示，解开暗藏在茵蒂克丝大脑中的秘密。
7月28日
午夜（00：00——）
上条将茵蒂克丝口中的魔法符文破坏，「自动书记」启动，开始操纵茵蒂克丝用魔法攻击上条。
茵蒂克丝释放的魔法「龙王的叹息」将漂浮在宇宙的人造卫星「织女一号」摧毁，搭载在卫星内的超级电脑「树状图的设计者」同时被毁。
在史提尔以及神裂的帮助下，上条终于摧毁了控制茵蒂克丝的「项圈」，不过他却从此失去了过去的所有记忆。
下午时分
上条在医院内与医生「冥土追魂」谈论自己的事情。
七月、第四个星期五。
狙击手砂皿致密替完不成暗杀任务的史蒂芬妮·哥杰斯巴莱斯善后。
8月1日
运送卫星燃料的货车被恐怖份子远程遥控，事件开始。
因为同样的任务要请下，警备员黄泉川爱穗与风纪委员初春饰利合作确保货车以及司机的安全。
狙击手砂皿致密接受委托，使用反战车步枪破坏了货车必定要前往的桥梁。
在初春以及黄泉川的努力下，货车安然无恙。
事件结束时，美琴和白井正准备去逮捕幕后主使者。
8月8日
上条和茵蒂克丝一起去购买参考书，中途遇见自己的同学蓝发耳环。
三人于是又去冷饮店吃东西，在店内与穿着巫女服的少女——姬神秋沙相识。
史提尔·马格努斯通过「空间移动」能力者来到了一栋没有门窗的大厦，与学院都市统括理事长亚雷斯塔·克劳利会面。
在冷饮店内的姬神向上条借钱，随即被几位黑衣人带走。
史提尔·马格努斯找上上条，并要求他一起去解救被关押在三泽塾补习班的姬神秋沙——拥有「吸血杀手」能力的少女。
两人进入三泽塾补习班并将炼金术师奥雷欧斯·伊萨德的「分身」击破，但却被真正的伊萨德用「金色大衍术」消除部分记忆
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