战争开始后，元哲并没有把饭店和宾馆卖掉，而是派人留守看着，买卖继续，他也留在洛阳看着形势的发展。日本人在8月份开始从海上进攻上海，淞沪会战打响。北面日本人已进入了山西，国军的抗战非常艰苦，形势也极其不利。太原会战后，日本人继续南下，直取洛阳，元哲早一步进入了函谷关，离开了老家洛阳城。这次的离开是他第二次离开，看来元家的家业是很难再恢复了。
西安城在抗战的岁月里，扮演着非常重要的角色。北有延安，中共中央所在地，南有重庆，国民政府战时陪都。东有函谷关，一夫当关，万夫莫开。西通甘肃、新疆。西安城里的百姓也比其他城市多几分自信，他们不愿离开，也很少有人离开，还真有帝王之都的气度。
元哲一路风尘，冒着枪林弹雨，来到了西安。西安正在加强城防，1938年初，冯玉祥将军来到了西安，被蒋介石任命令为第六战区司令。元哲到了西安后有了抗战的想法，反正也没有生意需要打理，于是托关系找到了冯将军，冯将军还记得当年在洛阳城住在元哲的希林饭店，和他有过几次交谈，眼下又是用人之际，便答应了元哲，让他在军中谋了个差事。冯将军还不知道元哲的绝技，元哲也从来没在将军面前展示过。
1938年10月后，广州武汉失守，抗日战争进入了相持阶段。国民政府对战区进行了调整。冯将军受到蒋介石的排挤，被迫辞职。元哲知道后还很后悔，是不是自己一来冯将军就倒霉了，正想着干脆不干了吧。胡宗南部从淞沪会战中撤下来，驻守关中。
一次偶然的机会，胡宗南参加西安百姓支持抗战大会，在振奋人心的演讲之后，有两个日本特务潜入了会场，埋伏在人群中，侍机刺杀胡宗南。元哲只是奉命维持会场秩序，巡视中他认出了其中的一个日本特务，正是两年前住在他家宾馆的那个人。当时他们是五个人，三男二女。元哲在人群中搜索着，看看还有没有其他人前来。以他的经验，他已经意识到情况的严重性和紧急性，此事来不及上报，也不能打草惊蛇，只有侍机而动，当机立断。元哲做好了一切准备，他选择了一个较好的位置和角度。其中一个日本特务看准了时机，刚拔出手枪，就听见一声枪响，一颗子弹贯穿了他的脑袋，随即倒地，另一个特务发现人群已乱，台上也乱了之后，也拔枪向胡宗南射去，他的抢还没响，就像他的同伙一样被击毙了。转眼一大批军人冲了上来，保护胡宗南将军。胡将军并没有马上撤离，反倒上前仔细看了看被击毙的日本特务，他感到惊讶，子弹击中了头部眉心处，均是一枪毙命。马上询问是谁开的枪，部下没有人承认。这时一个声音高喊着：“司令，是他开的枪，我看见了，是他开的枪。”元哲并没有打算离开，击毙他们之后他原地未动，等待着这个认识胡司令的机会。胡司令马上派人把元哲请到了跟前，仔细端详着元哲，看了好一会儿，胡司令终于笑了笑说道：“是你小子开的枪？”
元哲点了点头，说道：“我刚才巡视时发现了他们，直觉告诉我，他们可能会有行动，于是我看准了时机，将他们击毙。只想保护司令的安危。”
胡司令又是一笑说道：“你怎么就能看出他们要刺杀我呢？”
元哲说：“我以前在东北保护过吴大帅，所以才——”
胡司令没等元哲说下去，就接着说：“你为什么保护我？你认识我吗？”
元哲说：“我不认识胡司令，但听说过胡司令的威名，知道您是抗战的英雄，我也想参加抗战，为国出力。”
胡司令想一想说道：“抗战是对的，你的枪法很好，可以留在部队里，但是你说的吴大帅是张作霖手下的那个吴俊升吗？”
元哲说：“正是。”
胡司令拍着元哲的肩膀说：“吴俊升是个军阀，他和我们可是有仇的。”
元哲说感觉到自己说错话了，忙解释说：“不，吴俊升是军阀，应该讨伐，况且他的死是日本人干的，与国军无关。如今已是国民政府了，连张学良将军都支持国民政府了，我更该支持政府，支持抗日。请司令不要嫌弃，还望司令成全。”
胡司令说：“好吧，念你一腔报国之心，留在第一军，做个侦察排长吧。”
元哲一听高兴地说：“感谢胡司令成全，元哲一定忠心报国。”
胡司令这才反应过来，连说：“哦，对不起，我都忘记问你的名字了。”
在场的军人们都哈哈地笑起来。就这样元哲进入了胡宗南下辖的第一军。
胡宗南命人去查元哲的底细，但因战事吃紧，东北早已沦陷，洛阳也被日军占领，所以只打听到了一点关于元哲的事，胡宗南也暂时把这事放下了。;
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