这时候，东林党终于看不下去了，东林大佬，天启的座师内阁大学士孙承宗亲自在山海关巡视了一番，又找王在晋了解了一下他经略辽东的策略之后，便向天启提出，王在晋这策略不可取，谁也不能保证所有人能兢兢业业，恪守自己的岗位，这山海关一旦出了纰漏，那建奴可就要直接打到京城来了！
他认为，应以堡垒缓缓推进，以攻为守，慢慢收复辽东，并向天启请命，亲自去督师蓟辽。
天启对自己的恩师自然信赖有佳，他亲自将孙承宗送出宫门，并赐给孙承宗尚方宝剑、蟒袍等，又命内阁大臣将孙承宗直送到崇文门外。
孙承宗督师蓟辽以后，大刀阔斧，革除弊政，他提拔原通政使司左通政巡抚登莱操练水师，又命袁崇焕建造营房，李秉诚训练火器装备，鹿善继、王则古处理军需物资，沈棨、杜应芳维修甲仗，孙元化修筑炮台，宋献、程仑购买军马，万有孚采伐树木，祖大寿辅助金冠守觉华岛，陈谏助赵率教守前屯，鲁之甲拯救难民，杨应乾招募辽人编制成军队。
他率领辽东军民以堡垒慢慢推进，先后收复和修筑了大城九座，堡垒四十余座，招募和训练辽东新军十一万，收复失地四百余里，屯田五千多顷，安置战争难民近百万，一条坚固的关宁锦防线在他的努力下慢慢成型，大明又冲出了山海关，开始不断收复辽东失地了。
建奴骑兵最怕的就是城池和堡垒，孙承宗这种堡垒推进的方法简直就是建奴的克星，努尔哈赤被逼的没一点办法，只能后撤七百余里，退守辽河一线。
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