这一段时间皇太极也没闲着，他在忙着集权，老奴留下四大贝勒共同理政的规矩，让皇太极实在难受，处处掣肘。曾经鼎力支持皇太极的代善已经被边缘化了，由其子岳托署理正红旗，阿敏也因征明不利被皇太极找了个理由给废了，他的镶蓝旗被皇太极的长子豪格接管了，多尔衮兄弟还算听话，也接管了镶白旗。四大贝勒就剩下个莽古尔泰了还碍手碍脚的，皇太极十分有耐性地等着，一点也不着急。这个年代虽说交通不发达，信息传播的慢，可是草原上如此大的军事行动还是瞒不了多久的，皇太极在九月初三终于得到了奥巴的求救信，皇太极军略可能稍逊其父，但是政治上的灵敏却大大超过**哈赤，他还快就反应过来了。若是科尔沁被林丹征服了，会引起一连串的雪崩反应，首先那些新归降的蒙古部落会动摇，其次林丹的威信将大大提高，这将影响到外蒙三大部的态度，他们有可能倾向林丹汗。等等连锁性的政治恶果是皇太极无法容忍的，同时他也深知兵贵神速的道理，估计等他集结好了大军再去时估计只能给奥巴收尸了，他立即行动起来，召集了随时待命的两黄旗，正黄，镶黄，正白此上三旗平时由皇太极亲自统帅，同时又命令在辽河的蒙古部落抽调两万骑兵助战。两红旗由于上次在昌平吃了亏，后来又被皇太极以作战不利夺了许多人口，实力大减所以留守沈阳，莽古尔泰与多尔衮则集结后军与粮草。
如此，皇太极凑足了四万骑兵，星夜疾驰，三天三夜人不解甲马不卸鞍地长驱八百里来到镇远堡，这里距勒珠尔根城尚有一百二十里路，大军人困马乏，在得知城池尚在的消息后，皇太极下令全军稍作休息。等明日，也就是九月初七，与林丹决战。这时，林丹也接到哨骑消息，知道满洲的辫子军来了，林丹召集部将，决定留下少数兵力继续佯攻，大军则立即南下，准备与皇太极决一死战。这是一招险棋，若是城里的奥巴出城与皇太极南北夹击，林丹汗绝无幸免，有的部将向林丹汗提此忧虑的时候，林丹爽朗一笑，轻蔑道，奥巴此人鼠目寸光，做事畏首畏尾，在情况不明朗时，他绝不敢轻易出城。我们迎头痛击皇太极之后再来收拾他。睥睨天下的英雄气势可见一斑。林丹汗连夜率军赶到军都山，依山下寨。这里是皇太极的必经之地。
翌日清晨，微风徐扬，红日初升，蒙古骑兵依着山势分为四块，轻骑兵在两翼，中路重骑兵。还有最精锐的怯薛亲军在后压阵，这是林丹效法成吉思汗的怯薛歹建立起来的，勇猛善战自然不用说，最重要的是这一万怯薛军只效忠于大汗一人，这是林丹的最后依仗了。探马来报，女真人的前锋已经出城了，预计两个时辰就会抵达，林丹对于今日一战充满信心，天时，皇太极匆匆而来，只有四万骑兵，和自己旗鼓相当，而且他们长途奔袭，自己以逸待劳。地利，自己的骑兵居高临下，能最大程度发挥战马和弓箭的优势，敌人处于仰攻，战马的冲击力必然大减。人和，皇太极虽说有四万骑兵可是满洲的辫子军只来了两万，必须击溃这两万辫子兵，那么依附于皇太极的那些蒙古人自然就不足为虑了。林丹望了望左翼，见左翼有些松散，这是他东征以来归顺的部落组成的，林丹皱眉道：“贵英，你带一千亲军去左翼压阵，等会要防止他们临阵溃逃。”傍边的一位高大汉子领命而去，林丹汗开始心不在焉地想着，等解决了皇太极，是先对付满洲援军呢，还是趁机吞并科尔沁？
日上三竿之时，蒙古人已经可以看见远处滚滚而来铁骑，在一望无际的大草原上，想要进行隐藏埋伏，迂回包抄是十分困难的，得知林丹汗在军都山列阵相迎，皇太极索性直率大军前来决战，骑兵线式平推，缓缓而进，毫无缝隙。既保留了战马体力，也不给林丹汗一丝可乘之机。三里，两军据此相望。
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