天启三年，1623年11月，南居益故意邀请荷兰人前往厦门谈判，在宴会上囚禁荷兰代表团，并乘机袭击烧毁了入侵明朝沿海的荷兰战舰。
天启四年，1624年2月，福建巡抚南居益亲自乘船到金门，下令明军渡海出击收复澎湖。
但荷兰军队依仗坚固的工事与战舰顽抗，澎湖久攻不下。
7月，南居益又派出火铳部队支援，明军发动总攻，一直打到风柜仔的红毛城下，然后双方又形成僵持的局面。
8月，明军再次兵分三路，直逼夷城，荷兰人势穷力孤，不得不撤离占领了两年的澎湖。明朝取得了澎湖之战的胜利，成功收复了澎湖。
1633年7月，荷兰台湾总督普特曼斯率领十三艘荷兰战舰，以突然袭击的方式对明朝沿海发起了进攻。荷兰人提出中国方面立即停止同西班牙、葡萄牙等国的贸易，只能与荷兰人单独贸易，否则将继续开战，此无理要求遭到明朝拒绝，参战的荷兰舰队9艘以及荷兰招揽的50多艘海盗舰队全军覆没。
料罗湾海战是荷兰人在远东空前的惨败，郑芝龙的水师最终夺取了从日本到南海的全部东亚制海权，当时凡航行在东亚地区的船只，都必须花钱购买郑芝龙的令旗，否则将被抢劫。从此荷兰人每年向明朝船队缴纳12万法郎的进贡，才可以保证在远东水域的安全。这对当时欧洲的海上霸主来说，无疑是一种羞辱。
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