表世界：
现代魔术势力。
禁书目录：为里世界防止有正统魔术师潜进表世界而设立的，成员皆由里世界的魔术师或魔法使，还有强大的能力者，与修道者构成，拥有传说中的魔法宝具，来增强施术者的能力，但碍于本质的缘故，很少为人所知，其真实的意义就是为了清除想要潜进表世界的魔术师，或是死徒，还有达到伪根源的表世界强者的组织……
英国清教，前身是清洁教：又称卡特里教，一种基督教的异教派别，兴盛于12世纪与13世纪的西欧。怀有双重信仰，在中世纪宗教法庭活动期间作为异教派而遭到根除。
近代再次死灰复燃，占据表世界的的半主导地位，在伦敦设有本部。专长是魔女狩猎、异端审问，擅长对付魔术师。其中包含了茵蒂克丝所属的第零圣堂区「必要恶教会(necessarius)」。（详细不再介绍，具体请查找本书。）
罗马正教
在表世界，横跨113国，拥有20亿信徒的巨大组织。信徒虽多，但大多数是不会现代魔术的一般人，魔术势力和英国差不多。在各种派系的教会组织中，特别讨厌科学势力。擅长的是‘世界的运营和管理’。
并「持有兵装」「葛利果圣歌」（毁灭系魔法兵器）灵装「使徒十字」、「亚得里亚海女王」、「c文书」等。
因为大多人都不知道里世界的缘故，他们自称为最正统的十字教教派，而且在各大魔法派系尤为激进。对科学势力（学院都市）非常敌视，后期发展为直接对都市学园宣战。但同学院都市和英国一样，内部也存在着各种矛盾，在表世界的战力为顶端存在
天草式十字凄教
幕府时代延续至今的日本地下教会组织。为了躲避幕府追击，将教义彻底的伪装成神道和佛教，因此朝着和其他教会往不同的方向进化。专长是在台面下做事，能够以对话、吃饭、穿着等看似无所谓的动作进行魔术咏唱或仪式，同时是擅长武器的战斗集团。由於融合佛教、教会、与神道，彼此截长补短，似乎已消除所有弱点。实际上，教会信徒绝对无法反抗的天使也能使用佛教与神道的术式与其战斗。
俄罗斯成教
专长幽灵狩猎的教会组织。向鬼火等现象当成是伪装人类灵魂的存在，尽管是真正幽灵也因为是罪人的灵魂，都毫不宽容的加以狩猎。本篇中登场的サーシャ＝クロイツェフ属於其中的特殊部队「歼灭白书(annius)」。具有能将心灵现像在现场以原本方式呈现的管理缩小再现设备。
科学势力
学园都市占据东京都的三分之ㄧ，居住着230万名学生的巨大都市。和外部隔离，研究最尖端科技。所有学生都接受超能力开发。此外，学园都市不存在警察，取而代之的是从学生中挑选出的风纪委员(judgei－skill)。
时间守护者：表世界闻名的杀手组织，具体不明。
猎犬部队
アレイスター直属的学园都市地下组织。使用嗅觉感应器追杀目标。首领为木原术多。
学园都市无能力者的武装集团。大多是翘课不去学校和夜间行动的家伙
科学结社
学园都市的外部组织。和天井亚雄与结标淡希勾结，企图利用结标取得树形图的设计者残骸并加以复原。
虚数学区五行机关(e)
一般被认为是学园都市最初的研究所，谣传是暗中统治学园都市的组织，外部教会和魔术师则认为是亚雷斯塔居住的『没有门窗的建筑』。实际上是230万人份能力者放出之aim扩散力场重叠而成的存在，因此控制非常困难，目前谁也无法操纵。威力会因为一定威力的冲击爆发性成长，但临界点、方式与规模尚未明白。本不会思考也没有意识但在亚雷斯塔的故意引导下产生了意识，即风斩冰华。亚雷斯塔想利用这制造“人工天界”。
关于世界的分划：在盖亚的生命体系中，有能力的生物和没有能力的生物，是有着两个不同的生存规则，距今三千年前，首批魔法使运用了强大的魔法暗示磨灭了海之彼岸的存在，然后利用庞大的魔力，修正了世界的规则，将广阔的星球分为了两部分。
它们被称之为表世界和里世界，生活在表世界的凡人，因为自身记忆被泯灭，只能重归于零的发展，繁衍至今，他们早就已经遗忘了正统魔术的身影，也不在懂得什么是所谓的修正了。本书所讲的就是表世界所发生的事情。
而里世界，是由拥有非凡能力的生物构成，主要分为魔术师，圣职者、各类的战士、超能力者（注，此超能力者并不是科学研发的那类，他们是被称之为圣人的存在，因为自身就是盖亚的修正下的漏洞，所以他们拥有着令凡人生畏的能力，而又可以学习魔术，或是剑术。）。幻想种组建的庞大而混乱的世界体系。
只是，并不是所有人都是能力者的，里世界也存在着所谓的凡人，而大多的魔术师也隐藏在人群之中，不为同类所察觉，因为魔术的本质就是神秘，所以暴露身份的意义，无异于将自己的生命奉献出去。
这也导致了魔术师大多都是自私的存在。
正统魔术师：正统的魔术师是一个很危险的职阶，每一个魔术的正确施放，都必须有专门的魔术理论支撑，还要有配套的自我暗示以及固定的魔力运转方式，有的大魔术甚至要求相应的明言咒文，缺少或者差错任何一个步骤都可能带来魔力反
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