白莲教是在宋代结社念佛、方士信仰广泛发展的情况下产生的。它在初创时期是佛教的一个世俗化教派，但后来则演化为民间秘密教团。
白莲教建立于南宋初年，创始人是江苏吴郡延祥院僧人茅子元。据《庐山莲宗宝鉴》记载，茅子元先学天台教义，习止观禅法，后慕东晋慧远莲社遗风，“劝人归依三宝，受持五戒”，“念阿弥陀佛五声，以证五戒”；制定晨朝礼忏仪，劝人信仰西方净土。他在江苏青浦县的淀山湖边，建立“莲宗忏堂”，修持净业，自称“白莲导师”，传授弟子。他提倡吃斋念佛，不杀生，不饮酒，男女僧俗共同修持。因其主张断肉食菜，故又名“白莲菜”。《释门正统》卷四也说：“所谓白莲者，绍兴初，吴郡延祥院沙门茅子元，曾学于北禅梵法主会下，依仿天台，出《圆融四土图》、《晨朝礼忏文》，偈歌四句，佛念五声，劝诸男女，同修净业，称白莲导师；其徒号白莲菜人。”
白莲教的教义以为，净秽迷悟只是一心所作；根据心的染净程度，众生所生净土才有高下的差别。因此，它要求把修心与修净土结合起来。该教创立不久，便在民众中迅速得到传播。南宋绍兴初年(1131)，当局以“食菜事魔”的罪名将茅子元流配江州(今江西九江)；三年(1133)，子元被赦，宋高宗召见，并赐“劝修净业莲宗导师慈照宗主”的称号。子元死后，小茅阇黎等人继续倡导，使白莲教盛行于南方。
进入元代后，白莲教与民间信仰逐渐融合，群众基础日益广泛，使政府屡屡感到不安。武宗至大元年(1308)，诏令“禁止白莲社，毁其祠宇，以其人还隶名籍。”(《武宗纪》，《元史》卷二二)由于庐山东林寺普度撰《莲宗宝鉴》，解释子元白莲教正义，加上白莲教其他上层人物的积极活动，它的合法地位才一度得以恢复。但白莲宗的下层则已转入秘密发展，教义也有所变化，成了鼓动和组织农民反抗统治者的手段，并终于导致元末农民的大起义。
白云宗原属华严宗的一支，又名“白云菜”或“十地菜”，是由北宋末年杭州白云庵沙门孔清觉(1043-1121)所创。该教团以提倡菜食为主，吸引在家信众。《释门正统》卷四云：
所谓白云者，大观间，西京宝应寺僧孔清觉，称鲁圣之裔，来居杭之白云庵，涉猎释典，立四果十地，以分大小两乘，造论数篇，传于流俗。从者尊之曰“白云和尚”，名其徒曰“白云菜”，亦曰“十地菜”。然论四果，则昧于开权显实；论十地，则不知通别圆异。虽欲对破禅宗，奈教观无归，反成魔说。觉海愚，力排其谬于有司，坐流恩州。其徒甚广，几与白莲相混，特以妻子有无为异耳。亦颇持诵，晨香夕火，供养法宝，躬耕自活，似沮溺荷蓧之风，实不可与事魔妖党同论。
清觉以为，只有《华严经》教义才是“顿教”，属“菩萨十地”中的第十地，因而是引导众生成佛的“佛乘”，需要特别加以弘扬。他依据华严宗圆融无碍之说，着力提倡儒释道三教一致，认为儒教明乎仁义礼智信，忠孝君父；佛教慈悲救苦，化诱群迷；道教则寂默恬淡，无贪无爱。虽然三教各有特点，其义则一。白莲宗僧人可娶妻生子，白云宗则不许娶妻，但强调信徒要耕稼自立。在戒荤戒酒戒杀等方面，两宗大体相同。
在浙江西部农村中，白云宗拥有很多信徒，但据说其中往往有以修忏念佛为名，男女混杂秽乱的情况，故被政府视作“邪教”。北宋政和六年(1116)，清觉被发配广南恩州(今广东恩平)，四年后获释。南宋嘉泰二年(1202)，有司上奏：道民“吃菜事魔，所谓奸民者也。自植党与，十百为群，挟持妖教，聋瞽愚俗。或以修路建桥为名，或效诵经焚香为会，夜聚晓散，男女无别，所至各有渠魁相统……假名兴造，自丰囊囊，创置私庵，以为逋逃渊薮”(《佛祖统纪》卷五四)，请禁止流行。宁宗准奏。
到了元代，白云宗一度有较大发展，杭州南山普宁寺成为该宗的中心。该寺住持道安组织雕刻了又一部大藏经，名《普宁藏》，该藏除复刻宋代思溪《圆觉藏》外，还加入了白云宗的有关撰述和元代新译经典。但至元仁宗延祐七年(1320)，白云宗再次遭到严禁。
清朝时期的白莲教及其分支的起义
清乾隆年间，白莲教支派林立。混元教和收元教是其中重要的两支。
乾隆三十九年（1774）初，河南鹿邑人樊明德在家乡创立混元教，并将其迅速传播到河南归德、陈州、汝宁和安徽颖州等府。第二年便遭到清政府严厉镇压，樊明德等十三人被判处死刑，他的再传弟子刘松被发配到甘肃隆德县，混元教处于瘫痪状态。
乾隆五十三年（1788）三月，混元教徒、安徽太和县人刘之协“来至刘松配所探望，与刘松商复旧教，并以混元教破案已久，人多不信，必须另立教名。随商同刘松，改为三阳教……欲觅一人捏名牛八，凑成朱字，伪称明朝嫡派，将来必然大贵。又指刘松之子刘四儿为弥勒佛转世，保辅牛八，入其教者可免一切水火刀兵灾厄。并推称刘松为老教主”。
乾隆末年，收元教在鄂西北地区进行活动，主要分为襄阳宋之清和房县王应琥两支。
湖北襄阳人宋之清是收元教支派三益教创立者姚应彩的再传弟子。他本人亦收襄阳总差役齐林等人为徒。乾隆五十四
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