8月11日
美琴与黑子谈论自己的烦恼已经消除了。
8月15日
早上——
闲逛游玩的美琴与自己的克隆人：妹妹（9982号）偶遇，赶到非常震惊。
从两人谈话的中美琴得知某个「实验」的存在以及一个「暗号」，有些疑惑的美琴无法套出更多有用的信息，只好带着妹妹（9982号）游玩了半天。
晚上——
两人分别后，妹妹（9982号）在小巷内与某位白发少年见面。
（21：00——），第九九八二次实验正式开始。
美琴通过初春的帮忙解开「暗号」，并得知了「绝对能力进化实验」的存在。
赶来的美琴在实验现场目睹妹妹（9982号）被白发少年杀害，悲愤之余的她向那位白发少年发起攻击。
白发少年的能力使美琴的攻击全部无效，连必杀技「超电磁炮」的攻击都被反射。
在白发少年发动攻击前，大批妹妹赶来并阻止了两人继续战斗，白发少年受到警告后离开。
离开时，白发少年向美琴告知了自己的名字：一方通行。
8月15日——18日
超电磁炮25－30话
美琴与布束砥信再次见面，表明自己不会就此屈服的决心，之后美琴大肆破坏与「绝对能力进化计划」有关联的研究设施。
破坏活动引起了实验计划高层的关注，实验高层决定雇佣暗部「道具（ite）」四名核心成员接到命令后准备迎击潜入研究所的“破坏者”。
「道具（item）」成员之一的弗兰达在[水穗机构病理解析研究所]埋伏潜入的“破坏者”美琴（为了一半的佣金擅自提前行动），遭到美琴的反制，两人追逐至一个封闭的空间内。
布束砥信被邀请来到了「s制药公司脑神经应用分析所」（与「实验」有关的一处研究所），发现研究人员正在将所有的研究资料进行转移。
在弗兰达的爆破技巧以及欺骗战术的压制下，美琴的能力被迫封锁，遭受弗兰达的打压，但最后还是化险为夷。
正准备审问弗拉达的美琴被赶来的「道具（item）」另外两人：麦野沈利以及泷壶理后逼退到通风管道内。
在实验地另一处的布束砥信正准备趁乱进行妨碍「实验」的工作，被早已埋伏好的「道具（item）」成员娟旗最爱捕获，布束砥信以后的下落不明。
在麦野沈利以及滝壶理后的双重配合之下，美琴渐渐被逼入绝境。
察觉了美琴真实身份的麦野在虚荣心的驱使下，支走了弗兰达以及泷壶理后两人，自己独自留下来想击败美琴。
美琴依靠弗兰达遗留下来的人偶炸弹以及陷阱，将处于绝对优势的麦野沈利击退，并在成功摧毁了设施内部的电脑后逃脱。
留下来的麦野从逃脱的研究员那里抢来了[绝对能力进化实验计划]的资料，得知了该实验的全貌。
时间不明(推断为8月19日）
在深夜使用「钢铁破坏者」狙击一方通行的妹妹（番号不明）被一方通行所杀。
8月20日
上午——
御坂美琴一大早就潜入「s制药公司脑神经应用分析所」内，但发现里面空无一人，因而乐观的以为实验因为她的妨碍被暂停了。
在公园的上条购买饮料的两千日元（纸币）被自动贩卖机吞掉，而在此时路过的美琴则使用能力帮忙，却反而拉响了警报。
上条先后认识了白井黑子以及美琴的“妹妹”（有可能为10032号）两人。
拉走「妹妹」离开的美琴因为无法阻止实验而自责，并且对「妹妹」乱发了一通脾气，两人分别。
下午——傍晚
分别后的上条又在路上偶遇到另一位妹妹（番号不明），「妹妹」帮助他搬运大量的饮料瓶回宿舍。
在宿舍内，上条与「妹妹」见到了土御门元春的义妹——土御门舞夏。
在家门口见到正在为三**斯芬克斯除虱子的茵蒂克丝和姬神秋沙两人，「妹妹」用能力替她们解决了这个问题。
继续调查的美琴发现实验依然在进行，回到宿舍与黑子闲聊后下定决心要彻底解决这个噩梦般的实验。
8月21日
上午——
补习课后想回家的上条在路上碰到了忧郁的美琴，两人谈论了关于超级电脑「树状图的设计者」的话题后分别。
分别后的美琴前往了学院都市二十三学区[宇宙开发区域]，潜入了「树状图的设计者情报收发中心」，发现里面已经因为「树状图的设计者」被摧毁而空无一人
上条又在路上偶遇见想要收养黑猫的妹妹（番号不明），带着她一起去买饲养宠物的书。
上条在买书期间，妹妹在外面的小巷内与一方通行进行战斗实验，被杀害。
从「树状图的设计者情报收发中心」离开的美琴再度潜入与实验有关的一处研究所大肆破坏，但却通过监控室看到了妹妹在小巷内遇害的过程，万念俱灰。
从店内出来的上条在小巷内找到妹妹的尸体，于是赶紧通报警备员，可是尸体却在这期间消失。
充满困惑的上条在小巷深处见到了长着同样模样的数十位「妹妹」以及被杀害的那位妹妹尸体，妹妹们在确认上条无事后先行离开。
晚上——
为了探寻究竟，上条前往常盘台中学宿舍寻找美琴，被白井黑子接待。
白井因为舍监的出现而让上条躲在床底下，离开房间。
在床底下的上条发现了
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