军官再一次来到县衙，说自己忘了把回执放在哪里了。等他找到后一定保管好，将来到了年底来的时候一并交给段新高。段新高过于相信军官的为人，所以并没有马上要回执，这才有了后面一系列的问题。就在军官故意引开段新高的时候，司库张某联合书办齐某，把县衙外的陈米和县衙仓库的新米对调后，再把仓库里面的陈米运进战备粮仓。这样一来战备粮仓里面的新米其实是已经不能食用的陈米了。一旦事情暴露的话，作为看管负责人的段新高就是一个死罪。
新米被秘密运出湖北后，高价卖给了外地的商人。这些人一来一去卖了两批粮食不说，而且把段新高彻底装了进去。按照军方的意思，是不要暴露这件事情，等几年后事情爆发了再说。可是马公子和钱师爷为首的地方派不答应，他们等不了这么久，他们要越快看见段新高死越好。这就有了后来的年底查账，发现对不上数目，实地查看粮食发现新米变成不能吃的陈米的事情。
段新高心里很清楚发生了什么事情，但是一来没有证据，第二相关人员不是失踪了就是辞职了。对方不可能给自己解释和调查的机会，更加不可能让自己活下去。为了不连累下属，为了不牵连太多的人，段新高决定自己认下所有的罪名，亲手了结自己的性命。但是段新高的死并没有让这些人清醒，他们变本加厉地对付段新高的家人和当地老百姓。这才有了现在如今的局面，一旦事情公开的话，老百姓就会发生民变，甚至于真的会造反。这也是其他明知道事情真相，却不敢轻易公开的主要原因。段新高当初也是因为这个原因，才不敢说出真相的。一旦段新高说出真相的话，老百姓就会为段新高讨公道，甚至于和官兵发生冲突，到时候段新高就是千古罪人了。为了朝廷的威望，为了局面的稳定，为了老百姓的安宁，段新高这才决定忍辱认下了罪名的。秦泰要是公开了案情真相的话，段新高的牺牲白费了。
秦泰考虑再三决定把这个难题交给朝廷来解决。反正秦泰没有处理这件案子的权利，反正秦泰不想出名。就把这个难题交给高拱和张居正去头疼吧。秦泰把案件的供词和线索分为三份，其中秘密抓捕的司库张某和书办齐某，还有巡抚衙门李某的供词，加上军官秋经武的，全部一式三份。一份秘密送给冯保，一份秘密送给张居正，一份走正常途径给内阁。冯保的信由锦衣卫飞鸽传书送达，最慢三天后可以收到。给张居正的是用锦衣卫的快马急送，估计五天后可以收到。这时候送往内阁的那一份刚刚出湖北，送到京城需要最少十天。这段时间张居正和冯保可以商量对策，是公开审理还是秘密处理，或者是直接销毁所有的证据就当这件事情没有发生过。秦泰的本意是公开审理，还段新高一个公道，还老百姓一个清楚明白。但是这是不大可能的事情，因为朝廷需要脸面，也需要太平。一旦这件事情公开的话，各地衙门就会乱，军营也会乱。就算不牵连到其他地方，这一次也要拿下一大批的文武官员，这么做会影响湖北的局面的。秦泰最不愿意看到最后一种办法。要是张居正和冯保决定不了了之的话，他们就会想办法不让最后一份资料到内阁。这样的话就代表张居正不想处理这件事情，段新高就没有了翻案的机会。秦泰最希望朝廷重视这件事情，派出一个大臣找一个理由去湖北。秘密地处理这件事情，把一些罪大恶极的人找理由处理了。一些涉案不深的官员警告一下，最后在小范围内为段新高恢复名誉。
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