但是内阁没有直接管理政务的权利，也没有权利管理或者监督地方衙门和六部。他们不但手里没有权没有兵，而且依然要依附在帝王身边，最多只能在私下左右帝王的决定。这些权利要是集中在一个人身上的话，或许已经是一个顶峰了，但是这不是内阁官员全体人可以满足的。他么需要有自己的独立权，需要能够制约别人对权力，至少需要有权利和六部的高官平起平坐才可以。不然的话他们这些内阁官员不会被贵族们重视，不能代表贵族的集体利益。
机会终于来了，明孝宗朱祐樘登基了。他是一个比较没有主见的皇帝，他不但有幼年的阴影，而且有一个强势的妻子，他是古代唯一一个只有一个女人的皇帝。他的怯懦和没有主见，给了内阁官员一个走向辉煌的机会。鉴于明孝宗朱祐樘对于政务的不熟悉，还有明孝宗朱祐樘对宦官的警惕，内阁官员建议他照抄内阁官员的建议。明孝宗朱祐樘试着做了几次，不但没有被大家发现，而且得到了一些大臣们的赞扬。明孝宗朱祐樘索性把批阅奏章的权力交给内阁官员，就连一些重要场合的话也由内阁官员事先整理好。特别是一些事情上的决断，为了不被大家知道明孝宗朱祐樘的无能，所以事先由内阁官员设定好。明孝宗朱祐樘表面上不允许大臣反对自己的建议，其实是担心自己没有办法决断。又不好当着大家的面咨询内阁官员，所以只好硬着头皮不让大家提出不同的看法。这就导致他成为了内阁官员的傀儡，一些重大的决定由内阁官员私下决定好就算数。不可惜这种利用傀儡皇帝控制局势的时间并不久，明孝宗朱祐樘不久之后就一命呜呼了。
还好明孝宗朱祐樘重用内阁官员，还好明孝宗朱祐樘的儿子后来的武宗皇帝朱厚照不爱一本正经的处理军国大事，内阁官员终于走到了权利最高峰。他们有意无意地暗示武宗皇帝朱厚照，就算不用每天上朝，只要有内阁官员帮着看着的话，大明江山不会有大问题。为此对内阁官员有比较大好感的武宗皇帝朱厚照做出了一个惊人的决定，让内阁官员主持朝会，而他不用每天上朝。试用了一段时间后，武宗皇帝朱厚照彻底相信了这个事实，所以决定放下政务去远游。他直接下旨要内阁官员负责全面的政务，遇上大事的时候才可以找他决定。这样一来不就等于把权利完全交给了内阁官员，内阁官员等于超越了六部衙门，成为了最高机构。
这一格局完全改变了局势，另一些人看到了机会，也让一些人看到了危机。功勋和武将，还有一些六部主官觉得这么做不合适，又担心内阁官员的权力过大，所以他们找到了武宗皇帝朱厚照的母亲，也就是当时的太后。内阁官员手里的权力不能太大，也不能什么事情都插手，不然的话就会彻底架空皇室和六部衙门。这对皇室也好，对朝廷也好，都不是一个好现象。
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