明成祖朱棣时期内阁的权利最为压制，起到的作用只不过是打下手的随从。所以朱棣随按离不开内阁官员，但是并不依赖内阁官员。因为处置了解缙，曾经一度导致内阁中断了日常工作，甚至于差点被彻底撤销。内阁正式成员由原来的六名，削减到了四名，一名总负责，三名官员分管政务、军事、民生。四个官员不但不能兼任其他职务，而且不准随意离开皇宫，简直是被朱棣囚禁在皇宫里面。从此内阁四名成员成为了定制，内阁最少有四个成员，但是他们的职务和分管不确定。
朱棣晚年之后，已经没有太多精力事事亲力亲为，所以渐渐对内阁放权。允许内阁协助太子日常事务，帮助太子尽快熟悉日常事务的处理。这就等于确立了内阁的地位，他们不但是朱棣的得力助手更是未来皇帝的重要辅助人。太子为人忠厚，事事不但主动请示父皇，而且经常征求身边大臣们的建议，渐渐地内阁官员有了自主权，协助太子处理一些不太重要的决定。当时内阁官员把自己的建议书面或者直接请示太子，征得太子同意后，把决定写在奏章上。并把这一系列的决定每天汇报给朱棣，朱棣一般情况下默许内阁这么做。
为了给予内阁一定的权力，也为了制约内阁的权利，朱棣为自己的子孙制定了一系列决定。首先，内阁直接对帝王负责，由帝王直接任免，只听从帝王一个人的号令。第二，内阁没有直接代替帝王下决定的权利。所有的决定必须通过帝王的允许，由司礼监发布，不然内阁决议没有任何作用。第三，内阁官员没有权利直接管理或者插手六部以及各级地方衙门。内阁官员不但不是六部官员的上级，而且要接受言官和六部官员的监督。一旦发现内阁官员贪污的话，可以直接上报帝王，永久性的免除这个官员的职权。第四，内阁官员因为接触了太多的军国大事，所以他们不能私下结交外地官员，特别是各地的武将。内阁官员将来可以外放六部，可以担任地方官员，但是不能担任军事主官。第五，内阁官员不得干预帝王家事，不得和皇室成员结亲，不得对家人说不该说的秘密。第六，内阁官员虽然有权利帮助帝王审核各地送来的奏章，但是不能直接批示，也不能在上面做手脚。在一些和内阁官员有直接利益冲突的事情上，内阁官员要实行回避制度。
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