后来胡宗宪的运气越来越好，出任南直隶巡抚不说，后来还当上两江总督。当大明和倭寇全面开战的时候，胡宗宪成为了前线最高指挥官。虽然不能直接指挥战斗，但是属于前线最管级别的官员。严嵩看好这个弟子，为了弟子将来的前途，他为胡宗宪争取了一个兵部侍郎的虚衔。有了这个名义上的职务，胡宗宪就可以直接插手战事，将来一旦打赢战斗的话，胡宗宪的功劳就算不是第一，也会是前三之内。
虽然胡宗宪在东南风光无限，但是危机已经出现了。第一，老师严嵩认为胡宗宪升的太快，担心胡宗宪将来不受自己控制。所以严嵩指使他儿子严世蕃敲打胡宗宪，给胡宗宪一个教训。胡宗宪不但要忍受严世蕃的教训，而且意识到依靠别人总不是最终出路。第二，地方势力开始试探胡宗宪，他们的意思是准备控制胡宗宪。胡宗宪当然不会示弱，他是要控制全局的人，怎么能让人控制住呢？第三，军队的将领对于胡宗宪这个不懂军事的长官插手军务很不满意，准备给胡宗宪一个教训。第四，胡宗宪发展太快，太监来不及监控胡宗宪。当胡宗宪出任巡抚之后，太监想要监视胡宗宪的时候，胡宗宪已经有了自己的势力。太监组织的人企图警告胡宗宪，胡宗宪当时不清楚太监的势力有多大，所以一点面子也不给他们。知道胡宗宪出任两江总督之后，得知前几任总督都是因为得罪了太监，所以才会赶下台，甚至于有两个总督被杀头，有三个总督被暗杀。这时候太监已经和胡宗宪闹僵了，所以胡宗宪很担心太监们会针对他。不过还好胡宗宪发现了秦泰这个刚来南方的“愣头青”。他利用秦泰对付太监，把矛盾转移到太监那里去。同时他秘密和徐阶联系，发展自己的势力，壮大自己的力量。当太监们清醒过来的时候，胡宗宪已经是兵部尚书兼任江南五省的江南总督。这个时候的胡宗宪有权有权，要兵有兵，要钱有钱，已经成为了一方霸主。
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