邹鲁也称：“和会决议或不免与各方面的法律有抵触，但现在我们只能处处从共同方面着想，尤应注意的就是不要使和会决议发生摇动，否则散漫无归，一定得不到结果。”
由于粤方坚持捍卫上海和会决议，宁方被迫放弃。但宁方又将攻击矛头转向国家元首的年龄限制问题上。尽管粤方代表一度表示退让，将国家元首年龄限制由60岁降到50岁，但宁方代表仍不依不饶。
张道藩首先质疑粤方制定年龄限制的理由，他说：“年龄的规定应有一定的标准，若昨天定六十岁，今天定五十岁，或者明年定七十岁，后年定八十岁，那么其限定的理由是在什么地方？”
邵力子提醒与会代表：“汪精卫与蒋介石两先生今还不到五十岁，这是我们不能不声明，请各位注意。”
邵元冲也表示：“这是应该在事实方面去求解决，并不要有这许多的考虑。如果要定条文，这一点意思还不充分，应该还要详细一点。所以年龄一项殊可不必规定。”
最后，全会决议把“以年满五十岁，众望素孚者选任之”改为“以年高德劭者选任之”，并明确规定：“国府主席为中华民国元首，对内对外代表国家，但不负实际政治责任，并不兼其他官职；任期二年，得连任一次。”由“行政院长负实际行政责任”。
不难看出，以上规定完全是针对蒋介石而言。
全会依据该案修正通过了新的《国民政府组织法》，推翻了当年6月三届五中全会通过的《国民政府组织法》所赋予蒋介石的一系列特权。
原来经五中全会修正的《国民政府组织法》中，国民政府主席不仅对内对外代表国家，还身兼三军统帅，任期毫无限制，且五院正副院长、陆海空军副司令及直隶于国民政府之各院、部、会长及立法、司法两院委员，均由国府主席提请任命。
而新法则规定各院正、副院长，由中国国民党中央执行委员会选任。行政院各部长、委员长人选、立法、监察两院委员则由院长提请国府主席依法任免。
改组国民政府和国民党中央人事组织，是四届一中全会的另一项重要议题。
会前，胡汉民致电孙科、邹鲁、李文范等人表示：“行政院长汪、孙二兄任属一人，弟均赞成，弟是以在野之身份为两兄之助，庶裨于党国。”
而此时汪精卫已同蒋介石暗中联络成功，他相信蒋介石下野只是暂时的，自然不愿在粤方逼蒋下野的时候出掌行政院，因此称病滞留上海。
胡汉民、蒋介石也都不在南京，行政院长一职就非孙科莫属了。
国民政府主席人选，也可谓是一波三折。粤方最初的人选是唐绍仪，蒋介石则希望林森、孑民(蔡元培)等老人出任，而反对唐少川(唐绍仪)。
上海和谈时，有记者问汪精卫：“设将来主席有更动，对继任何人有谅解否？”汪精卫即答道：“假若余投票愿投孑民也。”
蒋介石原来希望于右任或谭延闿出任国府主席，后因陈铭枢力荐林森，蒋介石才改变初衷，亲笔致信林森，由陈铭枢前往劝驾，林森最终才接受国府主席一职。
国府主席由‘年高德劭’者担任，此四个字是梁寒操想出来的。
蒋介石本属意于于右任与谭延闿做主席，谭延闿主动推辞了这一职位，表示惟愿休养而已，而大家也觉得林森更符合四字的条件，倒是于右任的目的没有达到，听说气得哭了一场。汪精卫到沪后，看到蒋及胡都不会赞成蔡元培，也就不敢提蔡了。”
12月28日，全会最后公布的新任国府主席是林森，五院正副院长的大会选举结果如下：行政院院长孙科、副院长陈铭枢；立法院院长张继、副院长覃振；司法院院长伍朝枢、副院长居正；考试院院长戴季陶、副院长刘芦隐；监察院院长于右任、副院长丁惟汾。
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