下了卫所兵制度，天下兵马尽归五军都督府。统兵、招兵全部归五军都督府管辖，而兵部只有调兵的权力，碰上战乱还好，兵部多少能插手，但太平年代，兵部除了统计兵员，会同户部工部核算军饷、发配兵甲外，根本管不了太多事。起初设五军都督府，目的就是为了军政分离，防止权臣叛乱的事情发生，同样五军都督府军饷兵甲归兵部、户部和工部，这样五军都督府也同样没有造反的资本。五军都督府和六部互相牵制，进一步保证了皇权。其实大明朝实行的军政分离，与后世民主共和的三权分立有着异曲同工之妙，军队不参政，六部只管后勤，不插手军队具体管理，在英宗以前，军中将领升迁，都是五军都督府提名，交到六部备案。
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