十月初六，明珠再次面圣奏说：“若以一人领兵进剿，可得行其志，两人同往，则未免彼此掣肘，不便于行事。照议政王所请，不必令姚启圣同往，着施琅一人进兵似乎可行。”
康熙帝沉思良久，点了点头认可了明珠的话，当日便发布敕谕：“进剿海寇，关系紧要，着福建督、抚同心协力，催趣粮晌，勿致迟误，前姚启圣具题功罪定例，交与施琅遵行，具体战事交由施琅相机自行进剿，极为合宜。”
自此，施琅正式谋得进剿东宁的战事指挥权，姚启圣则被严令全权负责后勤的筹措和补给，被剥夺了战事指挥权。
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