鳌拜与准塔率部渡海发动进攻，不料明军早已严阵以待，一时炮矢齐发，清军进攻受挫，形势紧急。鳌拜见状，奋起大呼，第一个冲向明军阵地，冒着炮火与敌人展开近身肉搏。清军一举跟进，登上皮岛，举火引导主力来攻，皮岛终于被攻克。
捷报传到盛京，皇太极大喜过望，亲自撰文祭告努尔哈赤，以慰其父在天之灵。皇太极认为皮岛虽是区区一岛，但攻克之意义远在占领重城要地之上，所以下令对诸将士从优奖励。鳌拜以首功晋爵三等男，赐号“巴图鲁”(勇士)。
锦州是明朝在辽西地区的军事重镇，当时辽东已经失陷，锦州的地位更加突出。锦州城之南为松山城，锦州西南为杏山城，杏山西南是塔山城，锦州西200里为另一重镇宁远。这些要塞重镇构成了明朝在关外的军事防御体系。从清军方面来说，要想入主中原，必须先取宁、锦等城。明、清双方争夺锦州的战争于是不可避免。
崇德六年(1641)，鳌拜从郑亲王济尔哈朗进围锦州。明蓟辽总督洪承畴率领13万大军来援，于八月初进至松山，与锦州守军祖大寿部遥相呼应，大放火器，猛攻清军。在明军猛烈炮火的攻势下，济尔哈朗指挥的清军右翼失利。武英郡王阿济格派遣精锐护军前来增援。当时鳌拜率领镶黄旗护卫军纛(do)，路遇明军大批骑兵，鳌拜不惧敌众我寡，首当其冲迎头而上，手下兵将深受鼓舞，大家合力跟随鳌拜奋勇向前，以少胜多击败对方，声势大振，鳌拜见战机正好，便不等军令，果断决定乘胜追击，一直打到明军步兵阵地之前，遂令部下将士下马步战，再次大败明军。
鳌拜冲锋陷阵，一马当先，五战皆捷，因功晋爵一等梅勒章京。八月，皇太极亲率大军西援锦州之师。洪承畴指挥明军分路突围，总兵吴三桂、王朴、唐通等人率军沿海边撤退。清军从锦州大路至塔山大路沿途截杀。鳌拜与阿济格、尼堪等率部排列至海截击之，明军大败而溃。
据《清太宗实录》记载，明军被杀得尸横遍野，自杏山沿海至塔山的海面漂满了明军的尸首。松锦一战，关系着明、清双方的生死存亡。自此以后，明朝势力更衰，败局已定。次年六月，鳌拜升为护军统领，成为八旗将领中具有较高地位的人物。
后来闯王李自成领兵攻入北京城，崇祯吊死。吴三桂因刘宗敏强占了自己的爱妾陈圆圆而引清兵入关。
入关以后，鳌拜主要的任务是追击农民军。顺治元年(1644)十月，鳌拜随靖远大将军英亲王阿济格取道陕北，进攻已经退守西安的李自成农民军，率军由内蒙入陕北，攻陷四城，降三十八城，随即挥师南下。后来多铎率军攻进潼关，直逼西安。李自成被迫放弃西安，退往湖广。阿济格奉旨率军剿除“流寇余孽”，鳌拜等遂分翼出师，水陆并进，于河南邓州和湖北承天、德安、武昌等地前后十三战，重创大顺军。顺治二年(1645)六月，李自成于湖北九宫山大败，从此再无音讯，大顺军土崩瓦解。
鳌拜打垮李自成后，清军开始对付大西军。顺治三年(1646)正月，鳌拜又随肃亲王豪格等率军进攻张献忠大西农民军。清军得知张献忠率军已退到西充一带，鳌拜再次充当先锋，率领先头部队前往狙击。两军相遇，鳌拜等人又是身先士卒，往前猛冲。狭路相逢勇者胜，昔日威风一时的大西军抵挡不住鳌拜的勇猛而溃败，张献忠在绝望中被鳌拜擒住斩杀。清军击破大西军营垒130余处，斩首数万级，获马骡牲畜12200余匹。打败大西军主力之后，鳌拜等又继续深入，基本上肃清了四川一带的农民军。
豪格在四川攻陷后上奏表称：击破大西军，擒杀张献忠，鳌拜首功。
顺治皇帝因此册封鳌拜一等公爵，领镶黄旗。还送了他一个“满洲第一勇士”的称号。
鳌拜回京后被委以高官厚禄。顺治皇帝临终前留下遗诏，特命大臣索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜为辅政大臣。
鳌拜这一生战功卓著，对大清朝可谓忠心耿耿。但是自从当上辅政大臣之后，开始居功自傲，结党营私，排除异己。
康熙四年，太皇太后孝庄为康熙选皇后，当时的人选有索尼之孙女，遏必隆之女，鳌拜之女，最让鳌拜对康熙皇帝不满的地方就是册立皇后这件事。孝庄太后当时已经看出了鳌拜的狂傲野心，为了削弱他的力量，制衡于他，便没有选他的女儿做皇后，而是选择了索尼的孙女做了康熙的第一任皇后，这让鳌拜非常恼火，心里恨透了孝庄。于是在朝堂之上欺负康熙年幼，经常刁难康熙，凡遇有大臣为康熙出头，鳌拜便暗暗使人诬告等事，直至将其踢倒，辅政大臣苏克哈萨原本因为圈地之事就与鳌拜有过冲突，后又在朝堂上为康熙撑腰，因此得罪鳌拜，最后遭到鳌拜等人的指控，被灭了满门。
康熙皇帝日渐长大，亲政后对鳌拜相当不满，因他独霸朝野，也是敢怒而不敢言。
索尼之子索额图看出了康熙小皇帝的心思，同时也想除掉这个一直在仕途上压制着他的鳌拜，便秘密进言说愿意帮皇上谋划分忧。
康熙说道：“鳌
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